Docking e análise do modo de ligação de três moléculas pequenas, um benzimidazol e dois compostos de crômio, nos sulcos do DNA 5'-CGCGAATTCGCG-3 - Reis, Esther Camilo dos [UNESP] (2008)
Neste trabalho foi estudado o modo de ligação de três moléculas pequenas ao DNA 5'-CGCGAATTCGCG-3', através da simulação computacional e análise em tela gráfica. Verificou-se que é possível utilizar o programa GOLD, baseado em algoritmos genéticos, em estudos envolvendo o DNA, uma vez que até o momento há apenas dois trabalhos publicados na base de dados Scopus (Portal de Periódicos da Capes) onde esta metodologia é utilizada. Também foi verificado que 1vzk, complexo cristalográfico do DNA com 2-(5-{4-[amino (imino)metil]fenil}-2-tienil)-1h-benzimidazol-6-carboximida (DB818), obtido do PDB é uma estrutura representativa para estudos no sulco menor. Foram investigados os modos de ligação dos seguintes ligantes: (a) DB818, obtido a partir da estrutura cristalográfica 1 vzk; (b) DAZJOE; [Cr(1,2-bis(naftilidenoamino)etano)(H2O)2], estrutura obtida do Cambridge Structural Database e (c) CR3NC, [Cr(2,3-bis{[(2-hidroxi-4-dietilamino) (fenil) (metileno)]amino}2-butenodinitrila) (H2O)2], cuja estrutura foi obtida por modelagem molecular, tomando como modelo DAZJOE. Os estudos de docking do DAZJOE em DNA sugerem que seu modo de ligação seria no sulco menor, porém sua interação não se dá com as bases AATTC como no caso do DB818, mas sim entre as bases ATTC. Quando os cálculos de docking foram realizados com a molécula CR3NC, que tem volume maior e mais flexibilidade nas extremidades, observou-se que a mesma posiciona-se no sulco maior. Este resultado está em concordância com dados experimentais disponíveis. Um mecanismo de quebra do DNA é sugerido, não devido à influência do crômio, mas sim devido à presença dos nitrogênios. Observou-se que a influência do metal é menor do que a da molécula complexada ao íon nas interações.