Determinação, síntese e aplicação de peptídeos imunogênicos da proteína estrutural S do vírus SARS-CoV-2 - Pinheiro, Anderson Amendola [UNESP] (2022)
A Pandemia de COVID-19 já custou ao mundo incontáveis perdas humanas, sociais e econômicas. SARS-CoV-2, seu agente etiológico, é um Betacoronavirus envelopado com um genoma composto por RNA de fita simples e senso positivo que codifica quatro proteínas estruturais, sendo a glicoproteína Spike a mais importante devido a sua função de reconhecer o receptor ACE2 e ancorar o vírus na superfície da células hospedeira. Dado o knowhow de nosso grupo em desenvolver métodos diagnósticos inovadores para vírus de RNA, o presente trabalho propôs identificar e caracterizar na glicoproteína Spike alvos moleculares para serem aplicados em um sensor imunoeletroquímico. Para tal, um método combinatório baseado em inteligência artificial identificou 13 potenciais sítios imunodominantes espalhados por toda proteína S. Estes sítios variam de 12 a 22 aminoácidos de extensão. Através de experimentos de Dinâmica Molecular pudemos caracterizar tais epítopos e avaliar parâmetros bioquímicos e biofísicos importantes para o processo de interação antígeno-anticorpo. Foi constatado que tanto a proteína S quanto os nossos sítios apresentam boa estabilidade conformacional. Também pudemos avaliar a Área Superficial Acessível ao Solvente (SASA) em duas condições e determinar que, para os epítopos encontrados na região RBD, a mais relevante para o reconhecimento dos anticorpos, essa acessibilidade varia de acordo com a conformação adotada pelo RBD. Quando este encontra-se fechado, os epítopos estão mais inacessíveis, e quando ele está aberto, os epítopos são significativamente mais acessíveis. Por fim, após implementarmos e validarmos uma estratégia de Síntese de Peptídeos em Fase Sólida no laboratório, pudemos obter quatro epítopos a fim de os validarmos no sensor eletroquímico. Foram produzidos um epítopo Controle, publicado na literatura como sítio antigênico, e os epítopos E7, E8 e E9, alguns dos mais interessantes em termos de localização e propriedades bioquímicas. O epítopo E7 foi utilizado para validarmos o sistema sensor com bons resultados preliminares.