Estudo das interações não-nativas, eletrostáticas e hidrofóbicas, no processo de enovelamento de proteínas utilizando modelos minimalistas - Silva, Fernando Bruno da (2021)
O estudo do enovelamento proteína nesse trabalho tem como base o uso do modelo baseado em estrutura, modelo no qual apenas as interações nativas são consideradas como favoráveis durante o enovelamento. Entretanto, as interações ditas como não favoráveis são consideradas pelo modelo. Dessa forma, o objetivo geral desse trabalho buscou averiguar os efeitos das interações não-nativas durante o processo enovelamento. Os potencias não-nativos adotados são: potencial eletrostático (Elec), hidrofóbico (HP) e de dessolvatação (db ou dsb). Esses potenciais foram combinados de diferentes formas e adicionados no modelo SBM-Cα. Portanto, o trabalho desenvolvido buscou compreender como as interações não-nativas e os estados metaestáveis podem estar correlacionados. O primeiro trabalho desenvolvido envolve a proteina CI2, onde foram analisados diferentes grupos mutacionais para obter uma proteína mais termoestável. O modelo computacional adotado foi o SBM-Cα + Elec + HP. O segundo trabalho foi com os domínios R15, R16 e R16M5 da α-espectrina, esse estudo é continuação dos trabalhos realizadas anteriormente com os domínios R15, R16 e R17. O modelo computacional utilizado foi o mesmo proposto para CI2 e tem como objetivo analisar os fatores mutacionais envolvidos na redução do tempo de enovelamento devido a um grupo mutacional específico. Além disso, por meio do método ELViM, foram averiguados os perfis energéticos dessas proteínas. Por fim, no terceiro trabalho foi investigado os estados intermediários das proteínas Im7 e Im9, pois em diferentes valores de pH, esses estados apresentam diferentes comportamentos. Portanto, o modelo computacional adotado foi o SBM-Cα + Elec + HP + db. Afim de reproduzir o sistema em diferentes valores de pH, foram alterados os valores de carga dos resíduos ionizáveis.