Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Mayer, Amanda de Menezes
Orientador(a): Thompson, Claudia Elizabeth
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/276132
Resumo: Com a emergência da pandemia da COVID-19, iniciada em 2020, diversos estudos vêm sendo conduzidos para entender a epidemiologia e a evolução do vírus SARS-CoV-2. É de extrema importância a análise desses trabalhos, em especial de suas metodologias, tal como realizado na revisão sistemática apresentada, que teve como foco avaliar estudos de prevalência da COVID-19. Desde a identificação do vírus SARS-CoV-2 como novo agente etiológico, diversas variantes já foram descritas e mutações definidoras de linhagem analisadas sob o ponto de vista funcional e evolutivo. Dentre elas, a mutação E484K, na proteína spike, se mostrou cada vez mais frequente e de importância nas linhagens onde se faz presente, principalmente por estar relacionada à indução de evasão imune. Este trabalho focou prioritariamente na análise genômica de amostras do estado do Rio Grande do Sul, em especial da cidade de Esteio, buscando entender o comportamento do SARS-CoV-2 dentro do território estadual. Dessa forma, obtivemos um panorama das mutações presentes nos genomas virais circulantes no estado, além de entendermos o comportamento evolutivo do vírus nesta localidade. Além disso, foi possível realizar testes de evolução molecular a fim de identificar possíveis evidências de pressão seletiva adaptativa e purificadora em sítios de proteínas estruturais do vírus, bem como analisar o efeito de diferentes mutações sobre a estabilidade molecular das mesmas. Por meio destes estudos, foi possível ampliar a compreensão da dinâmica genômica e evolutiva do vírus, bem como seus padrões de propagação pelo estado do Rio Grande do Sul.
id URGS_4324f744334f17f96e074a9a314e5778
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/276132
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str
spelling Mayer, Amanda de MenezesThompson, Claudia ElizabethSilva, Lívia Kmetzsch Rosa e2024-07-10T06:25:03Z2022http://hdl.handle.net/10183/276132001193869Com a emergência da pandemia da COVID-19, iniciada em 2020, diversos estudos vêm sendo conduzidos para entender a epidemiologia e a evolução do vírus SARS-CoV-2. É de extrema importância a análise desses trabalhos, em especial de suas metodologias, tal como realizado na revisão sistemática apresentada, que teve como foco avaliar estudos de prevalência da COVID-19. Desde a identificação do vírus SARS-CoV-2 como novo agente etiológico, diversas variantes já foram descritas e mutações definidoras de linhagem analisadas sob o ponto de vista funcional e evolutivo. Dentre elas, a mutação E484K, na proteína spike, se mostrou cada vez mais frequente e de importância nas linhagens onde se faz presente, principalmente por estar relacionada à indução de evasão imune. Este trabalho focou prioritariamente na análise genômica de amostras do estado do Rio Grande do Sul, em especial da cidade de Esteio, buscando entender o comportamento do SARS-CoV-2 dentro do território estadual. Dessa forma, obtivemos um panorama das mutações presentes nos genomas virais circulantes no estado, além de entendermos o comportamento evolutivo do vírus nesta localidade. Além disso, foi possível realizar testes de evolução molecular a fim de identificar possíveis evidências de pressão seletiva adaptativa e purificadora em sítios de proteínas estruturais do vírus, bem como analisar o efeito de diferentes mutações sobre a estabilidade molecular das mesmas. Por meio destes estudos, foi possível ampliar a compreensão da dinâmica genômica e evolutiva do vírus, bem como seus padrões de propagação pelo estado do Rio Grande do Sul.With the emergency of COVID-19 pandemic starting in 2020, research has been conducted to understand the evolution and epidemiology of SARS-CoV-2 virus. It is of extreme importance the analysis of these studies, especially their methodologies, such as the presented systematic review which evaluated studies related to the prevalence of COVID-19. As the SARS-CoV-2 virus identification as a new etiological agent, several variants were described, and lineage-defining mutations were analyzed in evolutionary and structural point of views. Among them, the E484K mutation, in spike protein, became increasingly frequent and important in the strains where it is present, mainly because it is related to immune evasion. This work was focused on genomic analysis of samples of Rio Grande do Sul state, primarily from the city of Esteio, with the objective of understanding the behavior of SARS-CoV-2 inside the state territory. Thus, we got a wider view of the mutations present in the circulating viral genomes in the state, besides understanding the viral evolution behavior in that place. Furthermore, it was possible to realize molecular evolution analysis to identify the adaptive and purifying selective pressure evidence in structural proteins sites of the virus, as well analyze the mutational effects on its molecular stability. Through these studies, it was possible to expand the understanding of the viral genomic and evolutive dynamics, as well as their spreading patterns in the Rio Grande do Sul state.application/pdfporSARS-CoV-2GenômicaEpidemiologiaEpidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sulinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulCentro de Biotecnologia do Estado do Rio Grande do SulPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e MolecularPorto Alegre, BR-RS2022mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001193869.pdf.txt001193869.pdf.txtExtracted Texttext/plain93065http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/276132/2/001193869.pdf.txt03a92c3a82bde782038fb0862287de0fMD52ORIGINAL001193869.pdfTexto completoapplication/pdf2099478http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/276132/1/001193869.pdf2c6cf5630f1d884d783a53c960109470MD5110183/2761322024-07-11 05:40:11.807028oai:www.lume.ufrgs.br:10183/276132Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532024-07-11T08:40:11Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul
title Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul
spellingShingle Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul
Mayer, Amanda de Menezes
SARS-CoV-2
Genômica
Epidemiologia
title_short Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul
title_full Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul
title_fullStr Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul
title_full_unstemmed Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul
title_sort Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul
author Mayer, Amanda de Menezes
author_facet Mayer, Amanda de Menezes
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Mayer, Amanda de Menezes
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Thompson, Claudia Elizabeth
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Silva, Lívia Kmetzsch Rosa e
contributor_str_mv Thompson, Claudia Elizabeth
Silva, Lívia Kmetzsch Rosa e
dc.subject.por.fl_str_mv SARS-CoV-2
Genômica
Epidemiologia
topic SARS-CoV-2
Genômica
Epidemiologia
description Com a emergência da pandemia da COVID-19, iniciada em 2020, diversos estudos vêm sendo conduzidos para entender a epidemiologia e a evolução do vírus SARS-CoV-2. É de extrema importância a análise desses trabalhos, em especial de suas metodologias, tal como realizado na revisão sistemática apresentada, que teve como foco avaliar estudos de prevalência da COVID-19. Desde a identificação do vírus SARS-CoV-2 como novo agente etiológico, diversas variantes já foram descritas e mutações definidoras de linhagem analisadas sob o ponto de vista funcional e evolutivo. Dentre elas, a mutação E484K, na proteína spike, se mostrou cada vez mais frequente e de importância nas linhagens onde se faz presente, principalmente por estar relacionada à indução de evasão imune. Este trabalho focou prioritariamente na análise genômica de amostras do estado do Rio Grande do Sul, em especial da cidade de Esteio, buscando entender o comportamento do SARS-CoV-2 dentro do território estadual. Dessa forma, obtivemos um panorama das mutações presentes nos genomas virais circulantes no estado, além de entendermos o comportamento evolutivo do vírus nesta localidade. Além disso, foi possível realizar testes de evolução molecular a fim de identificar possíveis evidências de pressão seletiva adaptativa e purificadora em sítios de proteínas estruturais do vírus, bem como analisar o efeito de diferentes mutações sobre a estabilidade molecular das mesmas. Por meio destes estudos, foi possível ampliar a compreensão da dinâmica genômica e evolutiva do vírus, bem como seus padrões de propagação pelo estado do Rio Grande do Sul.
publishDate 2022
dc.date.issued.fl_str_mv 2022
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2024-07-10T06:25:03Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/276132
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001193869
url http://hdl.handle.net/10183/276132
identifier_str_mv 001193869
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/276132/2/001193869.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/276132/1/001193869.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 03a92c3a82bde782038fb0862287de0f
2c6cf5630f1d884d783a53c960109470
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1831316179052920832