Mudanças estruturais na proteína príon celular induzidas por alteração de pH - Thompson, Helen Nathalia (2012)
Os príons são proteínas que causam um grupo de doenças neurodegenerativas invariavelmente fatais, sendo uma das mais conhecidas a encefalopatia espongiforme bovina (ou doença da vaca louca). A proteína príon celular (PrPc), rica em estrutura α-helicoidal, sofre uma mudança na sua estrutura secundária produzindo a proteína patológica (PrPSc; o príon) na qual prevalecem folhas-β. Devido a falta de dados de estruturais de alta resolução dos príons, simulações de DM podem ser particularmente úteis para estudar o redobramento de PrP. Estudos experimentais e computacionais, descritos na literatura, indicam que a utilização de pH ácido é capaz de criar alguma instabilidade estrutural, produzindo um ganho de estrutura-β na região N-terminal antes desestruturada. Este trabalho se propõe a investigar computacionalmente as mudanças estruturais na proteína príon celular do hamster Sírio induzidas por alteração de pH. Para isso, foi avaliada a influência do uso de diferentes campos de força (GROMOS, AMBER e OPLS), diferentes estados de protonação dos resíduos de histidina, diferentes condições iniciais e diferentes métodos de cálculo de interações eletrostáticas de longo alcance (GRF e SPME). A partir da evolução temporal das estruturas secundárias, foi observada uma forte dependência dos resultados com o uso de diferentes parâmetros de simulação. De fato, a tendência de pH descrita na literatura não foi claramente observada neste trabalho. Isso pode estar associado com a necessidade de se investir mais em múltiplas simulações de dinâmica molecular para quantificar com maior precisão o comportamento estrutural dos fragmentos protéicos em cada pH de estudo.