Alinhamento de seqüências biológicas em arquiteturas com memória distribuída

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2005
Autor(a) principal: Peranconi, Daniela Saccol
Orientador(a): Cavalheiro, Gerson Geraldo Homrich
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade do Vale do Rio do Sinos
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Computação Aplicada
Departamento: Escola Politécnica
País: Brasil
Palavras-chave em Português:
memória distribuída
mensagens ativas
multiprogramação leve
processamento de alto desempenho
alinhamento de seqüências
Multiprogramação
Palavras-chave em Inglês:
active aessages
distributed memory
high performance processing
multithreading
sequence alignment
Área do conhecimento CNPq:
Ciências Exatas e da Terra
Link de acesso: http://www.repositorio.jesuita.org.br/handle/UNISINOS/2203
Resumo: A utilização de aglomerados de computadores na solução de problemas que demandam grande quantidade de recursos computacionais vem se mostrando uma alternativa interessante. aglomerados são economicamente viáveis e de fácil manutenção, oferecendo poder computacional equivalente ao de supercomputadores. No entanto, o desenvolvimento de aplicações para este tipo de arquitetura é complexo, uma vez que envolve questões não presentes na programação seqüencial, como a comunicação de dados e a sincronização de tarefas concorrentes, problemas estes que, em geral, são tratados em supercomputadores por pacotes de software especializados. Neste contexto, este trabalho apresenta o desenvolvimento de um mecanismo de suporte à comunicação sobre aglomerados de computadores, focado na exploração desta plataforma de hardware para o processamento de alto desempenho. O mecanismo criado e disponibilizado sob a forma de uma biblioteca de funções em C, é baseado no modelo de Mensagens Ativas. Sua implementação é realizada na cama
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description A utilização de aglomerados de computadores na solução de problemas que demandam grande quantidade de recursos computacionais vem se mostrando uma alternativa interessante. aglomerados são economicamente viáveis e de fácil manutenção, oferecendo poder computacional equivalente ao de supercomputadores. No entanto, o desenvolvimento de aplicações para este tipo de arquitetura é complexo, uma vez que envolve questões não presentes na programação seqüencial, como a comunicação de dados e a sincronização de tarefas concorrentes, problemas estes que, em geral, são tratados em supercomputadores por pacotes de software especializados. Neste contexto, este trabalho apresenta o desenvolvimento de um mecanismo de suporte à comunicação sobre aglomerados de computadores, focado na exploração desta plataforma de hardware para o processamento de alto desempenho. O mecanismo criado e disponibilizado sob a forma de uma biblioteca de funções em C, é baseado no modelo de Mensagens Ativas. Sua implementação é realizada na cama
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