Estudos conformacionais em peptídeos através da transferência de energia ressonante de Förster - Katagiri, Alberto Hayato (2004)
Elaboramos inicialmente uma educação semiclássica para calcular a taxa de transferência de energia ressonante de Förster (FRET) entre duas moléculas que formam um par doador-aceitador. Neste modelo, fundamentado na teoria de perturbação tempo-dependente de primeira ordem, o aceitador é considerado como um sistema quântico que interage com um dipolo elétrico hertziano, o doador, através de fraco campo clássico de radiação eletromagnética em região de zona próxima. Dentro da aproximação adotada, a taxa obtida de transferência de energia por FRET coincide com as deduções clássica e quântica encontradas em literatura. Em seguida, valemo-nos do FRET como técnica: para a relização de experimentos de fluorescênica com resolução temporal, onde determinamos as distribuições de distânicas intramoleculares entre duas sonadas - ácido o-aminobenzóico (o-Abz, doador) e o grupo Gln-[N-(2,4-dinitrofenil)etileno-diamina] (Q-EDDnp, aceitador)-acopladas covalentemente às extremidades N-terminal e C-terminal de um peptídeo em particular, o RKK4, que se notabiliza pela habilidade de formar complexos com heparina de baixo peso molecular. Distribuições de distâncias foram recuperadas de perfis de decaimento fluorescente através do programa computacional CONTIN. Elaboramos também o programa INPUT como uma ferramenta para a validação dos resultados gerados pelo CONTIN. Acompanhamos mudanças na distribuição de distâncias do peptídeo devido a interações com proporções distintas de solvente indutor de \'alfa\'-hélice (mistura TFE/tampão hepes) e com agregados micelares de SDS. Experimentos complementares foram feitos através de espectroscopia de dicroísmo circular (CD), comparando-se seus espectros com as distribuições de distâncias. Houve boa concordância entre ambos os resultados: os dados de CD indicaram a ocorrência de uma transição de estrutura aleatória (random coil), em meio aquoso, para um arranjo mais compacto em \'alfa\'-hélice ) nas soluções que apresentaram porcentagem v/v de TFE acima de 30%, ao passo que a distribuição de distâncias recuperada pelo CONTIN mostrou redução tanto na posição do pico de distribuição como na medida de dispersão FWHM (Full Width at Half-Maximum). Conclui-se , assim, tornando a cadeia peptídica mais curta e rígida.Na presença de micelas de SDS, uma forma conformacional mais compacta coexiste com a estendida e menos organizada encontrada em meio aquoso