Simulação computacional distribuída: aplicação a problemas de folding de heteropolímeros - Silva, Pablo Andrei (2017)
Nesta dissertação apresentamos o desenvolvimento de ferramentas computacionais dedicadas a racionalizar processos que envolvem simulações Monte Carlo e análises de suas aplicações; são evocados conceitos pertinentes às principais áreas envolvidas (computação, tecnologia da informação, matemática e física). São introduzidas e discutidas técnicas de simulação computacional distribuída e o método Monte Carlo, com ênfase à aplicação em heteropolímeros. Exemplos ilustrativos de aplicação da ferramenta também são providos, mediante simulações e análise dos resultados de três tipos de cadeias heteropoliméricas em rede regular: cadeia polar (todos monômeros polares); cadeia hidrofóbica (todos monômeros apolares); cadeia com mescla de monômeros polares e apolares (modelo HP). O propósito motivador deste trabalho é o estudo do problema de folding de heteropolímeros, o que inclui proteínas. Contudo, a ferramenta em questão, poderá ser generalizada e aplicada a praticamente todos os tipos de polímeros lineares em rede, pois o usuário poderá definir e implementar o modelo de cadeia que desejar