Atividade anti-Trypanosoma cruzi de agentes não-peptídicos como inibidores da cisteíno protease cruzaína - Lameiro, Rafael da Fonseca (2020)
A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, foi descrita pela primeira vez em 1909 pelo médico brasileiro Carlos Chagas. Apesar de ser conhecida há mais de cem anos, os tratamentos para essa parasitose são hoje limitados a apenas dois medicamentos que, além de gerar efeitos colaterais, não são capazes de eliminar os parasitos do corpo do hospedeiro na fase crônica da doença. No contexto de desenvolvimento de novos fármacos para o tratamento da doença de Chagas, a cisteíno protease cruzaína destaca-se como alvo molecular para inibição devido ao seu papel essencial no ciclo de vida do tripanossoma. Nesse trabalho, foram produzidos compostos derivados de um inibidor de cruzaína e agente tripanossomicida desenvolvido anteriormente no NEQUIMED/IQSC/USP, denominado Neq0594. Esses derivados têm sua estrutura baseada em peptídeos, que são o substrato natural da cruzaína, mas, por apresentarem o grupo 2,2,2-trifluoroetilamina no lugar de uma ligação peptídica, e átomos de flúor substituindo átomos de hidrogênio, apresentam maior biodisponibilidade e estabilidade metabólica em comparação a seus análogos peptídicos e ao Neq0594. Quinze derivados do Neq0594 foram sintetizados, purificados e caracterizados (RMN-1H, RMN-13C, FTIR, HRMS, polarimetria e ponto de fusão) para os estudos de relação estrutura-atividade.  Os compostos foram testados contra as enzimas cruzaína, LmCPB e catepsina L e apresentaram afiidade maior ou igual à do composto protótipo na cruzaína. Também foi observada a preferência dessa enzima por compostos contendo o grupo isobutila em P2 e de isomeria (S,S), bem como o bioisosterismo da substituição H/F. Os resultados também sugerem a existência de relações estrutura-atividade (SAR) cruzadas entre as cisteíno proteases de agentes infecciosos (cruzaína e LmCPB). Além disso, simulações computacionais empregando o método de dinâmica molecular foram realizadas com o objetivo de explorar as interações de três compostos com a cruzaína. As simulações demonstraram as principais ligações de hidrogênio com os resíduos Gly66 e Asp161, interações hidrofóbicas em P2 e P3 e a ausência de interações polares com os átomos de flúor na posição P3.