Análise da dinâmica das variantes de preocupação (VOCs) de SARS-CoV-2 no Brasil e levantamento de amostras com intra-hospedeiro no estado do Paraná - Souza, Raphael Luiz Lobo da Silva (2025)
Em dezembro de 2019, um surto de pneumonia de origem desconhecida teve início em Wuhan, localizada na província de Hubei, China, gerando preocupações globais devido à sua alta transmissibilidade. Estudos identificaram o coronavírus da síndrome respiratória aguda grave tipo 2 (SARS-CoV-2) como o agente causador da COVID-19, inicialmente referido como 2019-nCoV ou HCoV-19. A COVID-19 pode se manifestar de forma sintomática ou assintomática, com sintomas que variam de leves a moderados ou graves, podendo evoluir para óbito. O SARS-CoV-2 é um vírus de RNA de fita simples pertencente à grande família dos coronavírus. Durante o processo de replicação viral, ocorrem mutações em larga escala, e, quando essas mutações específicas se tornam frequentes, o sequenciamento do genoma torna-se essencial para os estudos iniciais. Entre as linhagens do SARS-CoV-2, algumas circularam com maior frequência e foram classificadas como Variantes de Preocupação (VOCs, do inglês Variants of Concern) durante o período da pandemia: Alfa (B.1.1.7), identificada pela primeira vez no Reino Unido em setembro de 2020; Beta (B.1.351), identificada pela primeira vez na África do Sul em maio de 2020; Gama (P.1), identificada pela primeira vez no Brasil em novembro de 2020; Delta (B.1.617.2), identificada pela primeira vez na Índia em outubro de 2020; e Ômicron (B.1.1.529), registrada pela primeira vez em Botsuana e Zâmbia. O objetivo deste estudo foi observar e analisar a dinâmica das VOCs do SARS-CoV-2 no Brasil e realizar um levantamento de amostras com transmissão intra-hospedeiro no estado do Paraná. Um total de 159 amostras foi coletado de indivíduos infectados pela COVID-19 no Paraná. O RNA dessas amostras foi meticulosamente extraído e utilizado para preparar bibliotecas, posteriormente sequenciadas em uma plataforma de sequenciamento de nova geração (NGS, do inglês Next Generation Sequencing). As sequências foram pré-processadas com ferramentas específicas para avaliação de qualidade e anotação das variantes do SARS-CoV-2. Para a análise intra-hospedeiro, foi utilizado o fluxo de trabalho ViralFlow, uma ferramenta robusta e confiável. As amostras analisadas mostraram alta positividade para transmissão intra-hospedeiro, com maior prevalência das variantes B.1.1.28/P.2 no Brasil. Os casos de transmissão intra-hospedeiro parecem ser mais comuns do que o relatado na literatura, mas não são fatores determinantes para desfechos clínicos graves. Os achados sugerem que a combinação de variantes intra-hospedeiro com comorbidades clínicas pode desempenhar um papel importante em desfechos clínicos adversos, abrindo novas perspectivas para pesquisas e intervenções potenciais.