Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno. - Ris, Marcelo (2008)
Esta pesquisa de doutorado apresenta resultados em três áreas distintas: (i) Ciência da Computação e Estatística -- devido ao desenvolvimento de uma nova solução para o problema de seleção de características, um problema conhecido em Reconhecimento de Padrões; (ii) Bioinformática -- em razão da construção de um método baseado em um \\textit de algoritmos, incluindo o de seleção de características, visando abordar o problema de identificação de arquiteturas de redes de expressão gênica; e (iii) Biologia -- ao relacionar o estrógeno com uma nova função biológica, após analisar informações extraídas de séries temporais de \\textit pelas novas ferramentas computacionais-estatísticas desenvolvidas. O estrógeno possui um importante papel nos tecidos reprodutivos. O crescimento das gândulas mamárias e do endométrio durante a gravidez e o ciclo menstrual são estrógeno dependentes. O crescimento das células tumorais nesses órgãos podem ser estimuladas pela simples presença de estrógeno; mais de $300$ genes são conhecidos por terem regulação positiva ou negativa devido a sua presença. A motivação inicial desta pesquisa foi a construção de um método que possa servir de ferramenta para a identificação de genes que tenham seu nível de expressão alterado a partir de uma resposta induzida por estrógeno, mais precisamente, um método para modelar os inter-relacionamentos entre os diversos genes dependentes do estrógeno. Apresentamos um novo \\textit de algoritmos que, a partir de dados temporais de \\textit e um conjunto inicial de genes que compartilham algumas características comuns, denominados de \\textit{genes sementes}, devolve como saída a arquitetura de uma rede gênica representada por um grafo dirigido. Para cada nó da rede, uma tabela de predição do gene representado pelo nó em função dos seus genes preditores (genes que apontam para ele) pode ser obtida. O método foi aplicado em estudo de série-temporal de \\textit para uma cultura de células \\textit submetidas a tratamento com estrógeno, e uma possível rede de regulação foi obtida. Encontrar o melhor subconjunto preditor de genes para um dado gene pode ser estudado como um problema de seleção de características, no qual o espaço de busca pode ser representado por um reticulado Booleano e cada um de seus elementos representa um subconjunto candidato. Uma característica importante desse problema é o fato de que para cada elemento existe uma função custo associada, e esta possui forma de curva em U para qualquer cadeia maximal do reticulado. Para esse problema, apresentamos um nova solução, o algoritmo ewindex. Esse algoritmo é um método do tipo \\textit, o qual utiliza a estrutura do reticulado Booleano e a característica de curva em U da função custo para explorar um subconjunto do espaço de busca equivalente à busca completa. Nosso método obteve excelentes resultados em eficiência e valores quando comparado com as heurísticas mais utilizadas (SFFS e SFS). A partir de um método baseado no \\textit e de um conjunto inicial de genes regulados \\textit pelo estrógeno, identificamos uma evidência de envolvimento do estrógeno em um processo biológico ainda não relacionado: a adesão celular. Esse resultado pode direcionar os estudos sobre estrógeno e câncer à investigação de processo metastático, o qual é influenciado por genes relacionados à adesão celular.