Identificação de genes por comparação de seqüências - Adi, Said Sadique (2005)
Com os avanços das técnicas de sequenciamento das moléculas de DNA, nos deparamos atualmente com um número expressivo de seqüências genômicas a serem analisadas. Dentre as várias informações de interesse guardadas em uma seqüência desse tipo está a localização de cada um de seus genes. O problema da identificação de genes em seqüências eucarióticas continua em aberto mesmo após os avanços obtidos com o desenvolvimento de métodos e ferramentas computacionais dedicadas a ele. Nesse trabalho propomos três heurísticas distintas para a tarefa de localização dos genes em uma seqüência de DNA eucariótica. Todas elas se baseiam na comparação de duas ou mais seqüências genômicas. A primneira dessas heurísticas trata a tarefa de identificar os genes em uma seqüência de interesse comparando-a com uma seqüência de cDNA. Isso é feito por meio da busca por um alinhamento especial entre duas seqüências denominado alinhamento spliced. Na segunda heurística, abordamos o problema do alinhamento sintênico entre duas seqüências e sua aplicação na tarefa de identificação de genes. Por último, temos uma heurística que trata o problema da identificação de genes seguindo uma nova abordagem. Nela, várias seqüências genômicas são comparadas na busca pelos seus genes. A precisão de cada um dos nossos programas compara-se àquelas de outros programas de predição descritos na literatura.