Análise da expressão de RNAs longos não codificantes em tumores metastáticos de câncer de mama - Barros, Isabela Ichihara de (2016)
O câncer de mama é um dos que mais afeta mulheres em todo o mundo e em 2016 estima-se que haverá aproximadamente 58 mil novos casos no Brasil. É uma doença caracteristicamente heterogênea, o que dificulta o diagnóstico, prognóstico e a abordagem terapêutica utilizada. Os biomarcadores já existentes para câncer de mama não são suficientes para explicar a ocorrência de metástase, que é a principal causa de morte entre os pacientes. Neste sentido, os RNAs longos não codificadores (lncRNAs) vêm se estabelecendo como importantes moléculas regulatórias em diversos processos biológicos e alguns têm sido associados com o desenvolvimento e a progressão do câncer de mama. Apesar disso, muito ainda precisa ser elucidado a respeito dessa nova classe de ncRNAs e seu envolvimento na metástase. Desta forma, determinar uma assinatura de lncRNAs em tumores metastáticos de mama pareados com seus respectivos tumores primários pode sugerir novas moléculas envolvidas no mecanismo de metástase. Neste estudo, foram analisadas amostras de cinco tumores primários de mama e seus correspondentes metastáticos em Sistema Nervoso Central (n=2) e em linfonodos (n=3). O RNA total de cada amostra foi extraído e avaliado quanto à sua qualidade para obtenção do transcriptoma pelo método de RNA-Seq. Para o tratamento dos dados foram usados os aplicativos: Tophat para o alinhamento das reads, o Cufflinks para a montagem e quantificação dos transcritos e o pacote DESeq2 para análise de expressão diferencial. O resultado da análise demonstrou que os lncRNAs com íntrons retidos são os mais abundantes e que as amostras de tumores primários e metastáticos compartilham a maioria dos lncRNAs expressos, tornando-os qualitativamente bastante semelhantes entre si. Dentre os lncRNAs diferencialmente expressos, doze são comuns entre os tumores primários, independente dos subtipos moleculares das amostras, e não há transcritos comuns às amostras metastáticas. A análise de agrupamento hierárquico definiu três assinaturas de expressão de lncRNAs para as amostras de tumores primários, metástase em cérebro e em linfonodos, podendo indicar lncRNAs potencialmente envolvidos no mecanismo de metástase.