Avaliação genômica multirracial em animais de diferentes grupos genéticos (Nelore, Aberdeen Angus e Cruzados) com o uso de metafundadores
| Ano de defesa: | 2024 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-16122024-164417/ |
Resumo: | A genômica oferece oportunidades significativas para aumentar o ganho genético em sistemas de produção de gado de corte, mas a implementação em larga escala no Brasil enfrenta desafios devido ao custo elevado da genotipagem. Uma solução econômica é o desenvolvimento de painéis de marcadores SNP personalizados, que são mais acessíveis e focados em objetivos específicos de melhoramento genético. O presente estudo utilizou dados genômicos para identificar indivíduos ou animais fundadores por meio da metodologia de metafundadores (MFs) e implementar matrizes genômicas ponderadas para integrar informações das raças Nelore e Angus, utilizando o método single-step genomic BLUP (ssGBLUP) para características de crescimento, como peso ajustado aos 120 dias de idade (P120) e peso ao desmame (P210). Foram avaliados três cenários para estimação de componentes de variância e predição de valores genéticos: BLUP tradicional, ssGBLUP com dois MFs (Nelore e Cruzados) e ssGBLUP com três MFs (Nelore, Angus e Cruzados). Objetivou-se alinhar as informações genômicas e de pedigree, reduzir o viés nas predições e aumentar a precisão dos dados, especialmente para o cruzamento Nelore x Angus. A análise comparativa das características P120 e P210 revelou diferenças importantes em termos de viés, dispersão e acurácia. A inclusão de metafundadores melhorou a precisão dos modelos preditivos para a raça Nelore, demonstrada pela redução do viés e aumento da acurácia, especialmente para o cenário P120. Embora a utilização de metafundadores tenha trazido melhorias significativas para a raça Nelore, a adaptação dos modelos ssGBLUP às diferentes estruturas genéticas é crucial. A abordagem multirracial, evidenciada pelo impacto menor na acurácia em bovinos cruzados, sugere que futuras avaliações genéticas devem considerar a ampliação da base de dados e a inclusão de características genéticas específicas de populações de cruzamento. Isso permitirá um planejamento estratégico mais preciso e um aprimoramento na produção de carne de valor agregado, beneficiando a indústria da carne, ao melhorar o desempenho dos produtos e a valorização das matrizes zebuínas no processo comercial. |
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Avaliação genômica multirracial em animais de diferentes grupos genéticos (Nelore, Aberdeen Angus e Cruzados) com o uso de metafundadoresMultibreed genomic evaluation in animals from different genetic groups (Nellore, Aberdeen Angus and Crossbreds) using metafoundersCrossbreedingCruzamentoGenótipoGenotypeHabilidade de prediçãoPredictive abilitySeleçãoSelectionA genômica oferece oportunidades significativas para aumentar o ganho genético em sistemas de produção de gado de corte, mas a implementação em larga escala no Brasil enfrenta desafios devido ao custo elevado da genotipagem. Uma solução econômica é o desenvolvimento de painéis de marcadores SNP personalizados, que são mais acessíveis e focados em objetivos específicos de melhoramento genético. O presente estudo utilizou dados genômicos para identificar indivíduos ou animais fundadores por meio da metodologia de metafundadores (MFs) e implementar matrizes genômicas ponderadas para integrar informações das raças Nelore e Angus, utilizando o método single-step genomic BLUP (ssGBLUP) para características de crescimento, como peso ajustado aos 120 dias de idade (P120) e peso ao desmame (P210). Foram avaliados três cenários para estimação de componentes de variância e predição de valores genéticos: BLUP tradicional, ssGBLUP com dois MFs (Nelore e Cruzados) e ssGBLUP com três MFs (Nelore, Angus e Cruzados). Objetivou-se alinhar as informações genômicas e de pedigree, reduzir o viés nas predições e aumentar a precisão dos dados, especialmente para o cruzamento Nelore x Angus. A análise comparativa das características P120 e P210 revelou diferenças importantes em termos de viés, dispersão e acurácia. 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Isso permitirá um planejamento estratégico mais preciso e um aprimoramento na produção de carne de valor agregado, beneficiando a indústria da carne, ao melhorar o desempenho dos produtos e a valorização das matrizes zebuínas no processo comercial.Genomics offers reasonable opportunities to increase genetic gain in beef cattle production systems, but large-scale implementation in Brazil faces challenges due to the high cost of genotyping. A cost-effective solution is the development of customized SNP marker panels, which are more accessible and focused on specific breeding objectives. The present study used genomic data to identify founder individuals or animals through the metafounders (MFs) methodology and implement weighted genomic matrices to integrate information from the Nellore and Angus breeds using the single-step genomic BLUP (ssGBLUP) method for growth traits, such as adjusted weight at 120 days of age (W120) and weaning weight (W210). Three scenarios were evaluated for variance component testing and genetic value prediction: traditional BLUP, ssGBLUP with two MFs (Nellore and Crossbreds), and ssGBLUP with three MFs (Nellore, Angus, and Crossbreds). The objective was to align genomic and pedigree information, reduce prediction wins, and increase data accuracy, especially for Nellore x Angus crosses. The comparative analysis of the P120 and P210 scenarios revealed important differences in terms of vision, dispersion, and accuracy. The inclusion of metafounders improved the accuracy of predictive models for the Nellore breed, demonstrated by the reduction of bias and increase in accuracy, especially in the P120 scenario. Although the use of metafounders brought significant improvements for the Nellore breed, the adaptation of ssGBLUP models to different genetic structures is crucial. The multibreed approach, evidenced by the lower impact on accuracy in crossbreeds, suggests that future genetic evaluations should consider expanding the database and including specific genetic traits from crossbreeds. This will allow more accurate strategic planning and an improvement in the production of value-added meat, benefiting the meat industry to improve product performance and valorization of zebu matrices in the commercial process.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPPereira, Angélica Simone CravoSilva, Maria Isabela Azeredo2024-09-27info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-16122024-164417/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-10-14T18:36:08Zoai:teses.usp.br:tde-16122024-164417Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-10-14T18:36:08Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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