Métodos para a avaliação da integração entre caracteres filogenéticos discretos - Silva, Maria Luiza Matos (2024)
Filogenética é a área que busca compreender as relações existentes entre diferentes organismos no que diz respeito ao seu desenvolvimento e evolução. Uma questão fundamental é avaliar a integração e a modularidade de diferentes características de indivíduos. A integração refere-se a associação entre as características e a modularidade trata da investigação de grupos de caracteres que possuem mais dependência com uns do que com outros. Dentro desse campo de estudo, existem uma abundância de trabalhos com dados contínuos, porém há poucos artigos para o caso discreto. Neste trabalho propomos uma abordagem para avaliar a integração entre caracteres filogenéticos discretos, e para isso a metodologia consiste em dois passos. A primeira etapa é calcular a similaridade entre os caracteres, utilizando correlações simples (Pearson e Spearman) e com a utilização da topologia (Threshold Model e Phylogenetic Logistic Regression - PLR). Na utilização da PLR consideramos os valores absolutos dos coeficientes e o valor-p como medidas de associação. O segundo passo consiste em utilizar a informação obtida anteriormente para construir o Cluster hierárquico, a fim de se obter a visualização dos módulos. Utilizamos base de dados simulados dos modelos de Markov e Threshold. Para confrontar os resultados de cada técnica, empregamos três métricas: Rand Index (RI), Normalized Mutual nformation (NMI) e o Fowlkes Mallows Index (FMI). Assim, pudemos avaliar como a incorporação da informação sobre a filogenia impacta nas análises por meio da simulação dos dados.