Identificação de RNAs não codificadores longos regulados pelo oncogene KRAS em câncer de pâncreas - Corrêa, Thalita Bueno (2022)
O adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) induzido por KRAS oncogênica é uma doença frequente, para a qual ainda não existem terapias eficazes, e a identificação de alvos de KRAScom potencial terapêutico é extremamente necessária. Embora os RNAs longos não codificadores (lncRNAs) sejam mediadores importantes do processo oncogênico, lncRNAs envolvidos no PDAC induzido por KRAS oncogênica permanecem desconhecidos. Portanto, nosso objetivo foi identificar lncRNAs que desempenham um papel importante no PDAC induzido por KRAS. Nós utilizamos dados públicos disponíveis de sequenciamento de exoma e RNA-Seq de PDAC de 145 casos gerados pelo consórcio The Cancer Genome Atlas (TCGA) e 98 gerados pelo International Cancer Genome Consortium (ICGC) para identificar lncRNAs diferencialmente expressos de acordo com o status de KRAS (mutado ou selvagem), e correlacionamos sua expressão com níveis de expressão de KRAS e seus tipos de mutação. Também analisamos a expressão diferencial dos lncRNAs em dados de RNA-Seq de amostras pareadas de tecido tumoral de PDAC versus tecido normal adjacente de 14 pacientes, para identificar seu potencial oncogênico. Em seguida, usamos duas abordagens para confirmar a regulação por KRAS dos lncRNAs identificados: (1) a expressão do lncRNA foi avaliada em linhagens celulares de PDAC KRAS mutantes após silenciamento de KRAS por siRNA; (2) a expressão dos lncRNAs identificados foi medida em células epiteliais ductais pancreáticas humanas primárias imortalizadas com baixa passagem (HPDE) e seu par isogênico transformado com KRAS (HPDE-KR). Em seguida validamos a expressão diferencial dos lncRNAs mais promissores em amostras de pacientes e avaliamos seu impacto funcional em ensaios celulares. Também usamos dados clínicos e de expressão das amostras de PDAC disponíveis no TCGA e ICGC para determinar o valor da expressão desses lncRNAs sobre o prognóstico. Através destas análises, identificamos 13 lncRNAs diferencialmente expressos, incluindo lncRNAs intergênicos (lincRNAs) e antissenso (lncRNA-AS). Usando ensaios celulares, confirmamos que KRAS regula a expressão de 5 lincRNAs (LINC00941, LINC01764, RP11-400N13.3, LINC01133 e MIR3142HG) e 2 RNAs codificadores que se sobrepõem a lncRNAs-AS diferencialmente expressos (FAM83A e FLNB). Ao avaliarmos todos os lncRNAs identificados, bem como os genes codificadores a eles sobrepostos, vimos que a expressão de LINC00941, LINC01764, FAM83A-AS1, FLNB-AS1, FAM83A e FLNB está associada a pior prognóstico em PDAC, sendo que FAM83A promove a viabilidade celular. Dos 2 lincRNAs associados a um pior prognóstico em PDAC (LINC00941 e LINC01764), o silenciamento mediado por siRNA de LINC01764 em linhagens pancreáticas KRAS mutantes reduz a migração celular, mas promove invasão e formação de tumoresferas, além de ser co-regulado com UCA1, outro lincRNA descrito no câncer, que também se mostrou regulado por KRAS em PDAC. O silenciamento do LINC00941 em linhagens celulares de PDAC KRAS mutantes reduz a migração e invasão, diminui a capacidade de reparo de DNA e sensibiliza células de PDAC ao tratamento com gemcitabina, modulando a expressão de genes envolvidos nas vias de reparo de DNA e quimiorresistência. Em conclusão, nossos resultados mostram que a KRAS oncogênica regula a expressão de lncRNAs em PDAC que possuem valor prognóstico e funcional, podendo representar novos biomarcadores ou alvos terapêuticos.