Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre - Franco, Raquel Riyuzo de Almeida (2022)
O microbioma intestinal é um ambiente complexo e desempenha um papel fundamental na fisiologia e no metabolismo do hospedeiro. O microbioma intestinal de macacos bugios da espécie Alouatta pigra tem sido investigado, mas pouco se sabe sobre o microbioma de bugios das espécies Alouatta caraya (bugio-preto-e-ruivo) e Alouatta guariba clamitans (bugio-ruivo). Nesta tese de doutorado investigamos o microbioma fecal de macacos bugios, de cativeiro e vida livre, da espécie A. caraya e A. guariba clamitans utilizando abordagens dependentes e independentes de cultivo. A partir do material fecal foi estabelecida e caracterizada uma coleção de isolados cultiváveis, dos quais dois foram selecionados para sequenciamento genômico completo. A análise genômica aponta o isolado HMB01 como forte candidato a nova espécie do gênero Pseudochrobactrum enquanto o isolado HMB02 corresponde à espécie Limosilactobacillus gorillae e possui características genômicas essenciais para um organismo probiótico. A composição bacteriana da microbiota fecal foi acessada do sequenciamento de amplicons (região V3-V4) do gene do rRNA 16S e de metagenômica shotgun de 25 amostras de fezes de indivíduos de cativeiro e de vida livre coletadas em diferentes épocas entre 2013 e 2016. As análises indicaram uma clara separação entre amostras de bugios de cativeiro e bugios de vida livre, em termos de composição microbiana e categorias funcionais COG. O grupo de vida livre apresentou a diversidade alfa (FaithPD) relativamente maior quando comparamos com indivíduos de cativeiro. Em ambos os grupos, os filos mais abundantes foram Bacteroidetes e Firmicutes. Em indivíduos de vida livre foi observado maior abundância relativa e prevalência de táxons relacionados a saúde do hospedeiro como as famílias Prevotellaceae e Ruminoccoccae; os gêneros Prevotella e Ruminococcus e a espécie Faecalibacterium prausnitzii. No grupo cativo os táxons Succinivibrio, Treponema 2 e Prevotella 9 apresentaram maior abundância relativa (p<0,05). Recuperamos 58 genomas a partir de dados de metegenômica MAGs, destes, 26 apontam para potenciais novas espécies bacterianas, a maioria deles (n=21) recuperados de bugios de vida livre, revelando novidades taxonômicas e genomas específicos do hospedeiro, enquanto os MAGs de bugios de cativeiro foram taxonomicamente classificados em grupos mais conhecidos Não encontramos diferença significativa na degradação de biomassa e a produção de SCAFs entre os dois grupos, mas a presença de enzimas degradadoras de biomassa e enzimas relacionadas a produção de acetato e butirato nos MAGs, indicam a presença de uma comunidade bacteriana enriquecida em produtoras de SCAFs. A busca por genes de resistência a antibióticos (ARGs) indicou que a microbiota de bugios de cativeiro carrega mais genes de resistência a antibióticos quando comparado a bugios de vida livre. Por fim, neste trabalho mostramos que a compreensão completa do microbioma intestinal de animais de cativeiro e vida livre pode nos fornecer novas informações para identificação de novas espécies e o entendimento do papel funcional que esta microbiota desempenha na saúde do hospedeiro pode auxiliar numa reintrodução bem-sucedida de animais de cativeiro em seu habitat natural.