Classificação e evolução de GTPases da classe TRAFAC: a história evolutiva das septinas/parasseptinas. - Gomes, Guilherme Bastos (2020)
Existem diversas proteínas capazes de ligar e hidrolisar moléculas de nucleotídeo fosfato e grande parte delas são necessárias para a manutenção da vida. As GTPases são proteínas do fold P-loop NTPases com capacidade de catalisar moléculas de GTP e ATP para efetuar e regular processos celulares como a iniciação e elongamento da tradução, remodelamento ou organização de membranas, sinalização, síntese de nutrientes e imunidade. As GTPases são divididas em duas classes com base em suas sinapomorfias: TRAFAC e SIMIBI. Neste trabalho nos concentramos na história evolutiva de GTPases da classe TRAFAC (de translation factors ), que agrega diversas famílias de proteínas altamente divergentes que partilharam ancestralidade comum como: os fatores de tradução, a superfamília Ras de transdutores de sinal, a família FeoB de transportadores de ferro, as dinaminas e as septinas que participam de processos de remodelamento e tráfego de vesículas, entre outras. A última classificação massiva desses grupos de GTPases baseada nas estruturas e caracteres compartilhados a nível de sequência foi proposta no início deste século, precisamente em 2002, e por esse motivo esse trabalho objetivou comparar as sequências e estruturas disponíveis dessas GTPases desenvolvendo uma metodologia reprodutível baseada na similaridade entre as sequências e em perfis de sequências baseados em HMMs, seguidas de análises de redes, de modo a construir uma classificação evolutiva natural e atualizada e inferir hipóteses evolutivas a respeito da origem e diversificação desses grupos de genes amplamente divergentes. Além disso, aprofundamos o debate sobre a história evolutiva das septinas nos organismos eucariotos e da relação evolutiva desse grupo com as famílias semelhantes as septinas como GIMAP e Toc, e de um grupo relacionado ainda não caracterizado experimentalmente das parasseptinas bacterianas.