Biogeografia e filogeografia comparada das aves do Centro de Endemismo Pernambuco utilizando Elementos Ultra Conservados (UCEs) - Bocalini, Fernanda (2019)
O Centro de Endemismo Pernambuco (CEP) é a região da Mata Atlântica (MA) que mais sofreu com o desmatamento e fragmentação. As relações biogeográficas entre o CEP, a MA do Sul e a Amazônia (AM) não ainda foram abordadas de forma abrangente em estudos recentes. Processos que contribuem para a origem da biodiversidade Neotropical podem ocorrer por meio de diferentes modelos de diversificação como os refúgios florestais e a hipótese dos rios como barreira e ambos podem ser testados com as espécies do CEP. Além disso, conexões entre a AM e a MA poderiam ter um papel importante no processo de diversificação do CEP, sendo proposta uma possível relação entre a distribuição atitudinal e a origem de uma linhagem. Foi realizado um estudo filogenômico comparado de 7 táxons de aves endêmicas do CEP para esclarecer sua história biogeográfica e detalhar o histórico de conexões entre a AM e o CEP utilizando o sequenciamento de elementos ultraconservados (UCEs) e um gene mitocondrial. Foi sequenciado o gene ND2 e extraído SNPs de aproximadamente 5000 UCEs que foram utilizados para reconstruir as relações filogenéticas entre as populações, descrever a estrutura populacional e testar cenários demográficos alternativos. Análises de DNA mitocondrial e SNPs das UCEs apresentaram, em geral, um padrão congruente, em que as populações do CEP são mais próximas das populações da MA do Sul sem relação com a distribuição altitudinal, em alguns táxons o CEP não é identificado como uma linhagem evolutiva independente. Análises de demografia histórica recuperaram um padrão de divergência com fluxo gênico, a população do CEP se originou de uma população amazônica por meio de múltiplas conexões durante o Plioceno e Pleistoceno, posteriormente esta população expandiu para o sul colonizando regiões ao sul do rio São Francisco, processos de migração posterior a divergência foram identificados em todos os táxons e entre todas as regiões resultando em contato secundário. As mudanças climáticas do Pleistoceno foram as grandes responsáveis pela geração de biodiversidade na MA e por promover conexões entre a AM e a MA, no entanto, os padrões de divergência e migração recuperados são, em geral, idiossincráticos, indicando que diferenças nos atributos ecológicos de cada espécie podem ser decisivas em sua história evolutiva. A origem da comunidade de aves do CEP é caracterizada como um processo prolongado e não simultâneo em que múltiplas conexões com a Amazônia conjuntamente com as diversas variações climáticas do Pleistoceno contribuíram para a formação da sua diversidade atual