Caracterização do transcriptoma de folhas e frutos de Coffea eugenioides e identificação de polimorfismos de acessos de Coffea arabica da Etiópia

• Ano de defesa: 2014
• Autor(a) principal: Priscila Mary Yuyama
• Orientador(a): Luiz Filipe Protasio Pereira .
• Banca de defesa: Eveline Teixeira Caixeta, Jorge Mauricio Costa Mondego, Luiz Gonzaga Esteves Vieira, Ricardo Vilela Abdelnoor
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual de Londrina, EMBRAPA, Instituto Agronômico do Paraná.
• País: BR
• Link de acesso: http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000206462

O café é uma das principais commodities agrícolas do mundo e o Brasil ocupa a posição de maior produtor e exportador de café mundial. Coffea arabica e C. canephora respondem pela maior parte dessa produção. As espécies do gênero são diplóides, exceto C. arabica, um alotetraplóide formado de uma recente hibridação de duas espécies diplóides, C. canephora e C. eugenioides. C. arabica apresenta uma estreita base genética, principalmente pelas suas características biológicas, recente história evolutiva e origem das espécies cultivadas. O RNA-Seq tem sido utilizado em trabalhos de anotação e identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) em plantas, com obtenção de um grande volume de dados e resultados robustos. Neste trabalho, foram obtidos 98.635.514 reads em Coffea a partir da tecnologia de sequenciamento Illumina. As sequências foram obtidas de folhas e frutos a partir de genótipos selvagens de C. arabica originários da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e C. eugenioides. No primeiro trabalho, foi feita a caracterização do transcriptoma de C. eugenioides a partir de 36.935 contigs, obtidos de uma montagem de novo. As sequências foram anotadas baseadas em bancos de dados de proteínas não-redundantes (nr) do GenBank, Swiss-Prot, Gene Ontology (GO), InterproScan, PlantCyc e KEGG. Além disso, 10 contigs com maior expressão em órgãos de folha e fruto de C. eugenioides foram selecionados para validar a sua expressão por qPCR. O segundo trabalho desenvolveu análises de RNA-Seq de todos os genótipos sequenciados. Foi possível identificar 1.410 SNPs potenciais em cinco genótipos de C. arabica a partir de uma referência de novo de C. canephora. Um total de 311 SNPs foram validados em 128 genótipos selvagens de C. arabica e cinco cultivares de C. arabica através do Sequenom MassARRAY. A análise da estrutura da coleção com o programa Strucutre demonstrou quatro sub-populações. Assim, foi desenvolvido um atlas do transcriptoma de C. eugenioides como potencial referência para estudos futuros em Coffea e foram obtidos um grupo de SNPs validados. Esses resultados podem beneficiar o desenvolvimento de estudos de associação genética e auxiliar nos trabalhos de melhoramento de cafeeiros.