Dinâmica de polímeros lineares em armadilhas tipo delta

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2019
Autor(a) principal: Costa, Salomão dos Santos
Outros Autores: http://lattes.cnpq.br/8748341107536498
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal do Amazonas
Instituto de Ciências Exatas
Brasil
UFAM
Programa de Pós-graduação em Física
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6989
Resumo: A micromanipulação de polímeros tem se tornando cada dia mais viável (através de meios óticos, ou magnéticos, ou aplicando campos elétricos em unidades de polímero carregadas). Uma das técnicas em destaque nesse campo é a eletroforese capilar. Essa técnica envolve a separação de polieletrólitos por tamanhos usando um campo elétrico externo. O modelo deste trabalho foi proposto observando as característica da técnica de eletroforese. Estudos teóricos e modelos computacionais se tornam cada vez mais relevantes para entender a dinâmica de polímeros, apontar possíveis novas técnicas, aplicações e reduzir custos. Assim sendo, no presente trabalho estudou-se a dinâmica de polímeros lineares através de simulações. Propomos a construção matemática de um polímero linear através de uma caminhada de $N$ monômeros, ligados entre si, formando uma estrutura periódica. Usando como base o modelo computacional de vínculos flutuantes (Bond-Fluctuation Model [BFM]), criamos um programa para simular o movimento de um polímero sob influência de armadilhas. Para fitar as curvas das simulações usaremos o resultado analítico dos modos de vibração do polímero, em outras palavras das formas como a estrutura pode se deslocar com o tempo. Para esse fim utilizamos o modelo de Rouse que é um dos modelos teoricos mais simples e pode ser solucionado analiticamente. Descrevemos a dinâmica desses polímeros no modelo de Rouse pela equação de Langevin, que pode ser resolvida analiticamente com o uso do modelo de estruturas Gaussianas generalizadas. Desta maneira analisaremos o comportamento dinâmico de polímeros lineares em potenciais do tipo delta periódicos. Usamos nossos resultados de simulação para verificar o deslocamento do polímero em diferentes configurações das armadilhas e fitando os resultados computacionais com os resultados analíticos.
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Propomos a construção matemática de um polímero linear através de uma caminhada de $N$ monômeros, ligados entre si, formando uma estrutura periódica. Usando como base o modelo computacional de vínculos flutuantes (Bond-Fluctuation Model [BFM]), criamos um programa para simular o movimento de um polímero sob influência de armadilhas. Para fitar as curvas das simulações usaremos o resultado analítico dos modos de vibração do polímero, em outras palavras das formas como a estrutura pode se deslocar com o tempo. Para esse fim utilizamos o modelo de Rouse que é um dos modelos teoricos mais simples e pode ser solucionado analiticamente. Descrevemos a dinâmica desses polímeros no modelo de Rouse pela equação de Langevin, que pode ser resolvida analiticamente com o uso do modelo de estruturas Gaussianas generalizadas. Desta maneira analisaremos o comportamento dinâmico de polímeros lineares em potenciais do tipo delta periódicos. Usamos nossos resultados de simulação para verificar o deslocamento do polímero em diferentes configurações das armadilhas e fitando os resultados computacionais com os resultados analíticos.The polymer micromanipulation have become more viable every day (by optical or magnetic means, or by applying electric fields on charged polymer units). One of the most important tecnique from this field is electrophoresis. This technique involves the separation of polyelectrolytes by size, by making usse of an external electric field. The toy model used in this work was proposed by a careful observation of the electrophoresis tecnique. Theoretical studies and computational models become increasingly relevant in order to understand the polymer dynamics, pointing out possible new techniques, applications and to reduce the costs. Thus, in the present work the dynamics of linear polymers was studied through computer simulations. We propose a mathematical construction for a linear polymer through a random walk of $N$ monomers, which are linked together, forming a periodic structure. Using the Bond-Fluctuation Model (BFM) as a basis, we created a program to simulate the movement of a polymer under the influence of traps. In order to fit the simulation's results we use the analytical results obtained from a normal modes analyse of the polymer, in other words the paths in which the structure can walk in time. For this purpose we use the Rouse model, which is one of the simplest theoretical model and it can be solved analytically. The dynamics of the polymer within Rouse model can be described by the Langevin equation, which can be solved analytically by making use of the generalized Gaussian structures model. In this way we analyze the dynamical behavior of linear polymers in periodic delta potentials. We use our simulation results to check the polymer displacement in different traps' configurations and by fitting our computational results with the analytical results.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorUniversidade Federal do AmazonasInstituto de Ciências ExatasBrasilUFAMPrograma de Pós-graduação em FísicaGaliceanu, Mircea Danielhttp://lattes.cnpq.br/8251039594746344Salmon, Octavio Daniel Rodriguezhttp://lattes.cnpq.br/8617565470648034Chaudhuri, Puspitapallabhttp://lattes.cnpq.br/7716968611856757Costa, Salomão dos Santoshttp://lattes.cnpq.br/87483411075364982019-03-01T13:40:38Z2019-02-15info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfCOSTA, Salomão dos Santos. Dinâmica de polímeros lineares em armadilhas tipo delta. 2019. 61 f. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus, 2019.https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6989porhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAMinstname:Universidade Federal do Amazonas (UFAM)instacron:UFAM2019-03-02T05:03:48Zoai:https://tede.ufam.edu.br/handle/:tede/6989Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://200.129.163.131:8080/PUBhttp://200.129.163.131:8080/oai/requestddbc@ufam.edu.br||ddbc@ufam.edu.bropendoar:65922019-03-02T05:03:48Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM - Universidade Federal do Amazonas (UFAM)false
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