Multiplex PCR para identificação de S. aureus, S. intermedius e S. hyicus.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2008
Autor(a) principal: Bastos, Caroline Peixoto
Orientador(a): Silva, Wladimir Padilha da
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Pelotas
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia Agroindustrial
Departamento: Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel
País: BR
Palavras-chave em Português:
PCR
Palavras-chave em Inglês:
PCR
Área do conhecimento CNPq:
Link de acesso: http://repositorio.ufpel.edu.br/handle/ri/1310
Resumo: Staphylococcus aureus, Staphylococcus hyicus e Staphylococcus intermedius are species of genus Staphylococcus capable of producing enterotoxins, as well as the enzymes termonuclease and coagulase, and are called Staphylococcus Coagulase Positive (SCP). They show very similar biochemical and morphological characteristics, this fact, makes their differentiation and they identification in food by phenotypic techniques very difficult. In this way, the aim of this work was the development of a Multiplex PCR (mPCR), targetting the nuc gene (encoding for thermonuclease) as target, for the identification of S. aureus, S. intermedius, and S. hyicus. Initially, the mPCR was standartizeted using reference strains of S. aureus, S. warneri, S. lugdunensis and Listeria monocytogenes and isolates of S. hyicus and S. intermedius, affer words it was tested with 16 isolates of the three species of SCP. The primers annealing to each of the three species, the conditions for mPCR, the suitability of the Internal Amplification Control (IAC) for the genus Staphylococcus, and the sequences obtained through the amplification by PCR were evaluated. After this, the results were compared with those achieved by biochemical tests for differentiation of SCP. Primers NUC1-NUC2 (for sequences of the S. aureus nuc gene), NUC5-NUC6 (for sequences of the S. intermedius nuc gene), NUC7-NUC8 (for sequences of the S. hyicus nuc gene) and, as IAC, the primers 16S1 16S2 (for sequences of the 16S of rRNA gene) were used. The mPCR proposed enable the identification of S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, and the IAC was suitable for the genus. The sequences obtained in PCR showed a high degree of similarity with the sequences of the thermonuclease gene deposited in GenBank. The mPCR showed greater discriminatory power that the biochemical tests for identification the vii S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, as well as reduced the time required for the identification of ECP (reduction of 24h) or identification of specie (reduction of 72h).
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In this way, the aim of this work was the development of a Multiplex PCR (mPCR), targetting the nuc gene (encoding for thermonuclease) as target, for the identification of S. aureus, S. intermedius, and S. hyicus. Initially, the mPCR was standartizeted using reference strains of S. aureus, S. warneri, S. lugdunensis and Listeria monocytogenes and isolates of S. hyicus and S. intermedius, affer words it was tested with 16 isolates of the three species of SCP. The primers annealing to each of the three species, the conditions for mPCR, the suitability of the Internal Amplification Control (IAC) for the genus Staphylococcus, and the sequences obtained through the amplification by PCR were evaluated. After this, the results were compared with those achieved by biochemical tests for differentiation of SCP. Primers NUC1-NUC2 (for sequences of the S. aureus nuc gene), NUC5-NUC6 (for sequences of the S. intermedius nuc gene), NUC7-NUC8 (for sequences of the S. hyicus nuc gene) and, as IAC, the primers 16S1 16S2 (for sequences of the 16S of rRNA gene) were used. The mPCR proposed enable the identification of S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, and the IAC was suitable for the genus. The sequences obtained in PCR showed a high degree of similarity with the sequences of the thermonuclease gene deposited in GenBank. The mPCR showed greater discriminatory power that the biochemical tests for identification the vii S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, as well as reduced the time required for the identification of ECP (reduction of 24h) or identification of specie (reduction of 72h).Staphylococcus aureus, Staphylococcus hyicus e Staphylococcus intermedius são espécies do gênero Staphylococcus com capacidade de produzir enterotoxinas, bem como as enzimas termonuclease e coagulase, sendo denominadas de Estafilococos Coagulase Positiva (ECP). Apresentam características morfológicas e bioquímicas extremamente semelhantes, o que torna difícil sua diferenciação assim como sua identificação em alimentos através de técnicas fenotípicas de análise microbiológica. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de um Multiplex PCR (mPCR), tendo-se como alvo o gene nuc (codifica para a termonuclease), para a identificação de S. aureus, S. intermedius e S. hyicus. Inicialmente, o mPCR foi padronizado utilizando-se cepas padrão de S. aureus, S. warneri, S. lugdunensis e Listeria monocytogenes e isolados de S. hyicus e S. intermedius, e, posteriormente, foi testado em 16 isolados das três espécies de ECP. Foram avaliadas a sensibilidade dos primers para cada uma das três espécies, as condições da mPCR, a sensibilidade do Controle Interno de Amplificação (IAC) para o gênero Estafilococos, e as seqüências obtidas através da amplificação por PCR. Posteriormente, os resultados foram comparados aos obtidos com testes bioquímicos de diferenciação de ECP. Foram utilizados os primers NUC1-NUC2 (para seqüências do gene nuc de S. aureus), NUC5-NUC6 (para seqüências do gene nuc de S. intermedius), NUC7-NUC8 (para seqüências do gene nuc de S. hyicus) e, para amplificação do IAC, os primers 16S1 16S2 (para seqüências do gene 16S do rRNA). O mPCR proposto possibilitou a identificação das espécies S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, bem como o IAC utilizado apresentou sensibilidade para o gênero. As seqüências obtidas na PCR apresentaram elevado v grau de similaridade com as seqüências do gene da termonuclease depositadas no GenBank. A mPCR apresentou maior poder discriminatório que os testes bioquímicos para identificação de S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, bem como reduziu significativamente o tempo necessário para a identificação de ECP (redução de 24h) ou de identificação em nível de espécie (redução de 72h).application/pdfporUniversidade Federal de PelotasPrograma de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia AgroindustrialUFPelBRFaculdade de Agronomia Eliseu MacielEstafilococos coagulase positivaControle interno de amplificaçãoPCRStaphylococcus coagulase positiveInternal amplification controlPCRCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::CIENCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS::TECNOLOGIA DE ALIMENTOSMultiplex PCR para identificação de S. aureus, S. intermedius e S. hyicus.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFPel - Guaiacainstname:Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)instacron:UFPELORIGINALDissertacao_ Caroline_Peixoto_ Bastos.pdfapplication/pdf482424http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/123456789/1310/1/Dissertacao_%20Caroline_Peixoto_%20Bastos.pdf0f1a1fb787f50f0f7f89d2501df4b4dbMD51open accessTEXTDissertacao_ Caroline_Peixoto_ Bastos.pdf.txtDissertacao_ Caroline_Peixoto_ Bastos.pdf.txtExtracted Texttext/plain89666http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/123456789/1310/2/Dissertacao_%20Caroline_Peixoto_%20Bastos.pdf.txt3aa9c715a14a77c6a1023be6e151569bMD52open accessTHUMBNAILDissertacao_ Caroline_Peixoto_ Bastos.pdf.jpgDissertacao_ Caroline_Peixoto_ Bastos.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1253http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/123456789/1310/3/Dissertacao_%20Caroline_Peixoto_%20Bastos.pdf.jpg795117ae5d7c46a98c2c5bdfbf3bcac5MD53open access123456789/13102022-12-14 18:39:18.638open accessoai:guaiaca.ufpel.edu.br:123456789/1310Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpel.edu.br/oai/requestrippel@ufpel.edu.br || repositorio@ufpel.edu.br || aline.batista@ufpel.edu.bropendoar:2022-12-14T21:39:18Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca - Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)false
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