Genetic diversity and genome introgression in coffee

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2009
Autor(a) principal: Setotaw, Tesfahun Alemu
Orientador(a): Sakiyama, Ney Sussumu lattes
Banca de defesa: Pereira, Antonio Alves lattes, Oliveira, Antônio Carlos Baião de lattes
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: eng
Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa
Programa de Pós-Graduação: Doutorado em Genética e Melhoramento
Departamento: Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me
País: BR
Palavras-chave em Português:
Palavras-chave em Inglês:
Área do conhecimento CNPq:
Link de acesso: http://locus.ufv.br/handle/123456789/1304
Resumo: Para estudar a diversidade genética e o padrão de melhoramento entre cultivares de C. arabica lançados entre 1939 e 2009, foi utilizado um total de 110 cultivares. A fim de avaliar a introgressão do genoma do Híbrido de Timor e sua relação com outras espécies de café, foram utilizados cinco acessos de C. arabica, dez de C. canephora var conilon, quinze de C. canephora var robusta e quarenta e seis de Híbrido de Timor, com os marcadores moleculares AFLP, RAPD e SSR. O coeficiente de parentesco estimado entre cultivares de C. arabica foi usado para o estudo da diversidade genética e do padrão de melhoramento do café arábica no Brasil, mostrando uma baixa diversidade genética. O padrão de melhoramento de C. arabica no Brasil foi definido pelas treze linhagens ancestrais. Entre elas, Bourbon Vermelho, Sumatra e Híbrido de Timor contribuíram com mais de 80.00% dos genes para os cultivares de C. arabica. As duas primeiras progênies, Mundo Novo e Icatu Vermelho, contribuíram com 87.56% dos genes para os cultivares de C. arabica no Brasil. A diversidade genética entre cultivares de C. arabica lançados recentemente foi aumentada com a introdução de novas linhagens parentais no programa de melhoramento. O estudo de relação genética entre Híbrido de Timor e outras espécies mostrou alta similaridade genética entre Híbrido de Timor e C. arabica. A análise de introgressão do genoma entre Híbrido de Timor CIFC 4106 com C. arabica e C. canephora var robusta mostrou 18.9% de introgressão do genoma de C. canephora. A mesma análise, considerando todos os acessos de Híbrido de Timor, foi de 10.00%, o que confirma a baixa introgressão de C. canephora. Este resultado confirma que Híbrido de Timor não é planta F1, mas que é proveniente de, no mínimo, dois retrocruzamentos com C. arabica. Além disso, este estudo mostrou a existência de alta diversidade genética entre acessos de Híbrido de Timor, o que é importante no melhoramento de C. arabica no Brasil e no mundo, uma vez que Híbrido de Timor é usado como fonte de resistência para doenças e pragas no café.
id UFV_52ef9206774119c02c712962fba4e12b
oai_identifier_str oai:locus.ufv.br:123456789/1304
network_acronym_str UFV
network_name_str LOCUS Repositório Institucional da UFV
repository_id_str
spelling Setotaw, Tesfahun Alemuhttp://lattes.cnpq.br/5397970352610395Caixeta, Eveline Teixeirahttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728636Z7Cruz, Cosme Damiãohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788274A6Sakiyama, Ney Sussumuhttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781483H8Pereira, Antonio Alveshttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780579Y1Oliveira, Antônio Carlos Baião dehttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782833P52015-03-26T12:45:23Z2011-03-232015-03-26T12:45:23Z2009-12-11SETOTAW, Tesfahun Alemu. Diversidade genética e introgressão do genoma em café. 2009. 82 f. Tese (Doutorado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2009.http://locus.ufv.br/handle/123456789/1304Para estudar a diversidade genética e o padrão de melhoramento entre cultivares de C. arabica lançados entre 1939 e 2009, foi utilizado um total de 110 cultivares. A fim de avaliar a introgressão do genoma do Híbrido de Timor e sua relação com outras espécies de café, foram utilizados cinco acessos de C. arabica, dez de C. canephora var conilon, quinze de C. canephora var robusta e quarenta e seis de Híbrido de Timor, com os marcadores moleculares AFLP, RAPD e SSR. O coeficiente de parentesco estimado entre cultivares de C. arabica foi usado para o estudo da diversidade genética e do padrão de melhoramento do café arábica no Brasil, mostrando uma baixa diversidade genética. O padrão de melhoramento de C. arabica no Brasil foi definido pelas treze linhagens ancestrais. Entre elas, Bourbon Vermelho, Sumatra e Híbrido de Timor contribuíram com mais de 80.00% dos genes para os cultivares de C. arabica. As duas primeiras progênies, Mundo Novo e Icatu Vermelho, contribuíram com 87.56% dos genes para os cultivares de C. arabica no Brasil. A diversidade genética entre cultivares de C. arabica lançados recentemente foi aumentada com a introdução de novas linhagens parentais no programa de melhoramento. O estudo de relação genética entre Híbrido de Timor e outras espécies mostrou alta similaridade genética entre Híbrido de Timor e C. arabica. A análise de introgressão do genoma entre Híbrido de Timor CIFC 4106 com C. arabica e C. canephora var robusta mostrou 18.9% de introgressão do genoma de C. canephora. A mesma análise, considerando todos os acessos de Híbrido de Timor, foi de 10.00%, o que confirma a baixa introgressão de C. canephora. Este resultado confirma que Híbrido de Timor não é planta F1, mas que é proveniente de, no mínimo, dois retrocruzamentos com C. arabica. Além disso, este estudo mostrou a existência de alta diversidade genética entre acessos de Híbrido de Timor, o que é importante no melhoramento de C. arabica no Brasil e no mundo, uma vez que Híbrido de Timor é usado como fonte de resistência para doenças e pragas no café.To study the genetic diversity among cultivars of C. arabica released from 1939 to 2009 and to study the breeding pattern, a total of 110 cultivars were included. Five C. arabica, ten C. canephora var conilon, fifteen C. canephora var robusta and forty six accessions of Híbrido de Timor were included to study the genome introgression of C. canephora into Híbrido de Timor and its relationship with other coffee species. To study the genome introgression and the genetic diversity within Híbrido de Timor, AFLP, RAPD and SSR molecular markers were used. The estimated coefficient of parentage among cultivars of C. arabica was used to study the genetic diversity and the breeding pattern of C. arabica in Brazil. The study showed low genetic diversity among Brazilian C. arabica cultivars. The breeding pattern of cultivars of C. arabica was defined by 13 ancestral lines. Among them, Bourbon Vermelho, Sumatra and Híbrido de Timor contributed more than 80% of the gene to C. arabica cultivars in Brazil. Mundo Novo and Icatu Vermelho, the first progenies, contributed 87.65% of the gene to Brazilian C. arabica cultivars. The genetic diversity among cultivars released in recent years increased due to the introduction of new parental lines in the breeding program of C. arabica. The genetic relationship study between Híbrido de Timor and other species showed high genetic similarity between Híbrido de Timor and C. arabica. The genome introgression analysis between Híbrido de Timor CIFC 4106 with C. arabica and C. canephora showed 18.9% of the genome of Híbrido de Timor introgressed from C. canephora. The mean genome introgression of C. canephora into Híbrido de Timor considering all accessions of Híbrido de Timor was 10.00%, which confirmed Híbrido de Timor is not an F1 plant instead at least two times backcrossed with C. arabica. In addition, the study demonstrated the existence of high genetic diversity among accessions of Híbrido de Timor, which is important for the future breeding program of arabica coffee, since it is used as source for resistance gene for diseases and pests.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológicoapplication/pdfengUniversidade Federal de ViçosaDoutorado em Genética e MelhoramentoUFVBRGenética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; MeGenetic diversityCoffee arabicaHíbrido de TimorMolecular markersGenome introgressionDiversidade genéticaCoffee arabicaHíbrido de TimorMarcadores molecularesIntrogressão do genomaCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETALGenetic diversity and genome introgression in coffeeDiversidade genética e introgressão do genoma em caféinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALtexto completo.pdfapplication/pdf1092722https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1304/1/texto%20completo.pdf0b5f3a1dd02485203ac7ca97f0054ba5MD51TEXTtexto completo.pdf.txttexto completo.pdf.txtExtracted texttext/plain145082https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1304/2/texto%20completo.pdf.txta3733aeba78cac544fbc41145d362be2MD52THUMBNAILtexto completo.pdf.jpgtexto completo.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg3455https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1304/3/texto%20completo.pdf.jpgd43944fd2d962e5d64f9011cbe0f5881MD53123456789/13042016-04-07 23:02:49.128oai:locus.ufv.br:123456789/1304Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452016-04-08T02:02:49LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false
dc.title.eng.fl_str_mv Genetic diversity and genome introgression in coffee
dc.title.alternative.por.fl_str_mv Diversidade genética e introgressão do genoma em café
title Genetic diversity and genome introgression in coffee
spellingShingle Genetic diversity and genome introgression in coffee
Setotaw, Tesfahun Alemu
Genetic diversity
Coffee arabica
Híbrido de Timor
Molecular markers
Genome introgression
Diversidade genética
Coffee arabica
Híbrido de Timor
Marcadores moleculares
Introgressão do genoma
CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETAL
title_short Genetic diversity and genome introgression in coffee
title_full Genetic diversity and genome introgression in coffee
title_fullStr Genetic diversity and genome introgression in coffee
title_full_unstemmed Genetic diversity and genome introgression in coffee
title_sort Genetic diversity and genome introgression in coffee
author Setotaw, Tesfahun Alemu
author_facet Setotaw, Tesfahun Alemu
author_role author
dc.contributor.authorLattes.por.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/5397970352610395
dc.contributor.author.fl_str_mv Setotaw, Tesfahun Alemu
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Caixeta, Eveline Teixeira
dc.contributor.advisor-co1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728636Z7
dc.contributor.advisor-co2.fl_str_mv Cruz, Cosme Damião
dc.contributor.advisor-co2Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788274A6
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Sakiyama, Ney Sussumu
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781483H8
dc.contributor.referee1.fl_str_mv Pereira, Antonio Alves
dc.contributor.referee1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780579Y1
dc.contributor.referee2.fl_str_mv Oliveira, Antônio Carlos Baião de
dc.contributor.referee2Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782833P5
contributor_str_mv Caixeta, Eveline Teixeira
Cruz, Cosme Damião
Sakiyama, Ney Sussumu
Pereira, Antonio Alves
Oliveira, Antônio Carlos Baião de
dc.subject.eng.fl_str_mv Genetic diversity
Coffee arabica
Híbrido de Timor
Molecular markers
Genome introgression
topic Genetic diversity
Coffee arabica
Híbrido de Timor
Molecular markers
Genome introgression
Diversidade genética
Coffee arabica
Híbrido de Timor
Marcadores moleculares
Introgressão do genoma
CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETAL
dc.subject.por.fl_str_mv Diversidade genética
Coffee arabica
Híbrido de Timor
Marcadores moleculares
Introgressão do genoma
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETAL
description Para estudar a diversidade genética e o padrão de melhoramento entre cultivares de C. arabica lançados entre 1939 e 2009, foi utilizado um total de 110 cultivares. A fim de avaliar a introgressão do genoma do Híbrido de Timor e sua relação com outras espécies de café, foram utilizados cinco acessos de C. arabica, dez de C. canephora var conilon, quinze de C. canephora var robusta e quarenta e seis de Híbrido de Timor, com os marcadores moleculares AFLP, RAPD e SSR. O coeficiente de parentesco estimado entre cultivares de C. arabica foi usado para o estudo da diversidade genética e do padrão de melhoramento do café arábica no Brasil, mostrando uma baixa diversidade genética. O padrão de melhoramento de C. arabica no Brasil foi definido pelas treze linhagens ancestrais. Entre elas, Bourbon Vermelho, Sumatra e Híbrido de Timor contribuíram com mais de 80.00% dos genes para os cultivares de C. arabica. As duas primeiras progênies, Mundo Novo e Icatu Vermelho, contribuíram com 87.56% dos genes para os cultivares de C. arabica no Brasil. A diversidade genética entre cultivares de C. arabica lançados recentemente foi aumentada com a introdução de novas linhagens parentais no programa de melhoramento. O estudo de relação genética entre Híbrido de Timor e outras espécies mostrou alta similaridade genética entre Híbrido de Timor e C. arabica. A análise de introgressão do genoma entre Híbrido de Timor CIFC 4106 com C. arabica e C. canephora var robusta mostrou 18.9% de introgressão do genoma de C. canephora. A mesma análise, considerando todos os acessos de Híbrido de Timor, foi de 10.00%, o que confirma a baixa introgressão de C. canephora. Este resultado confirma que Híbrido de Timor não é planta F1, mas que é proveniente de, no mínimo, dois retrocruzamentos com C. arabica. Além disso, este estudo mostrou a existência de alta diversidade genética entre acessos de Híbrido de Timor, o que é importante no melhoramento de C. arabica no Brasil e no mundo, uma vez que Híbrido de Timor é usado como fonte de resistência para doenças e pragas no café.
publishDate 2009
dc.date.issued.fl_str_mv 2009-12-11
dc.date.available.fl_str_mv 2011-03-23
2015-03-26T12:45:23Z
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2015-03-26T12:45:23Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv SETOTAW, Tesfahun Alemu. Diversidade genética e introgressão do genoma em café. 2009. 82 f. Tese (Doutorado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2009.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://locus.ufv.br/handle/123456789/1304
identifier_str_mv SETOTAW, Tesfahun Alemu. Diversidade genética e introgressão do genoma em café. 2009. 82 f. Tese (Doutorado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2009.
url http://locus.ufv.br/handle/123456789/1304
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Viçosa
dc.publisher.program.fl_str_mv Doutorado em Genética e Melhoramento
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFV
dc.publisher.country.fl_str_mv BR
dc.publisher.department.fl_str_mv Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Viçosa
dc.source.none.fl_str_mv reponame:LOCUS Repositório Institucional da UFV
instname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)
instacron:UFV
instname_str Universidade Federal de Viçosa (UFV)
instacron_str UFV
institution UFV
reponame_str LOCUS Repositório Institucional da UFV
collection LOCUS Repositório Institucional da UFV
bitstream.url.fl_str_mv https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1304/1/texto%20completo.pdf
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1304/2/texto%20completo.pdf.txt
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1304/3/texto%20completo.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 0b5f3a1dd02485203ac7ca97f0054ba5
a3733aeba78cac544fbc41145d362be2
d43944fd2d962e5d64f9011cbe0f5881
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)
repository.mail.fl_str_mv fabiojreis@ufv.br
_version_ 1794528762421837824