pGReMLIN: prediction of ligands using conserved substructures in protein-protein interaction

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Adeagbo, Moruf Adedeji
• Orientador(a): Silveira, Sabrina de Azevedo
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: eng
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa
• Programa de Pós-Graduação: Ciência da Computação
• Área do conhecimento CNPq: Ciência da Computação
• Link de acesso: https://locus.ufv.br//handle/123456789/30520; https://doi.org/10.47328/ufvbbt.2023.006

Uma das fontes de dados para o conjunto de dados de proteínas que está sendo explorado em bioinformática é o Protein Data Bank (PDB). A busca por estruturas conservadas semelhantes em problemas biológicos foi uma tentativa inicial e ainda é um método popular amplamente utilizado por pesquisadores. Neste trabalho, uma abordagem baseada em gráficos chamada pGReMLIN é proposta, que prediz estruturas similares em complexos proteína-proteína ou proteína-peptídeo usando os arranjos estruturais conservados estabelecidos de Serina protease e BCL-2. Os complexos proteína-proteína ou proteína-peptídeo são baixados do PDB, e a interface entre as proteínas no nível atômico é modelada como um gráfico, com os átomos como nós e as interações não covalentes entre os átomos como arestas. O cálculo de um padrão semelhante de arranjo estrutural no gráfico de dados foi obtido usando um conjunto de pares candidatos de gráfico de dados D(G) e gráfico de consulta Q(G) com base na representação do espaço de estado e regras de viabilidade que incorporam a igualdade de estrutura e atributos . pGReMLIN foi capaz de calcular, no gráfico de dados, um arranjo estrutural conservado que representa interações altamente conservadas na interface de ligação de especificidade de tripsina e proteínas semelhantes a tripsina. Além disso, nosso método foi capaz de identificar padrões semelhantes com tamanho de padrão grande no gráfico de dados comum à serina protease e BCL-2 e também exclusivo para serina protease e BCL-2. Além disso, pGReMLIN foi capaz de apresentar vários grandes padrões de padrões conservados semelhantes que podem ser mais explorados para determinar sua potência. Portanto, a presença de padrões semelhantes em nosso conjunto de dados proteína-proteína indica a possibilidade de que os padrões encontrados em nosso conjunto de dados tenham funções semelhantes às estruturas conservadas. Palavras-chave: Interação proteína-proteína. Isomorfismo grafo-subgrafo. previsão de ligantes.