Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2013
Autor(a) principal: Brito, Lais Costa
Orientador(a): Euclydes, Ricardo Frederico lattes
Banca de defesa: Silva, Fabyano Fonseca e lattes, Lopes, Paulo Sávio lattes
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa
Programa de Pós-Graduação: Mestrado em Zootecnia
Departamento: Genética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e Forragicul
País: BR
Palavras-chave em Português:
Palavras-chave em Inglês:
Área do conhecimento CNPq:
Link de acesso: http://locus.ufv.br/handle/123456789/5767
Resumo: Considering the importance of raising buffaloes to the national dairy farming, the objective of this study was to model variations in test-day milk yield (TDMY) during the first lactation of Murrah buffaloes by random regression models (RRM), using orthogonal Legendre polynomials (POL) and linear B-splines (BSP). A total of 15,161 test-day records from 1,158 first lactations of Murrah buffaloes breed from herds belonging to São Paulo state, Brazil, with calving recorded from 1988 to 2005, were analyzed. For TDMY, 38 weekly classes of lactation days were considered and analyzed using a single-trait RRM, including the additive genetic, permanent environmental and residual random effects. In addition, contemporary group, linear and quadratic effects of the covariate age of the buffalo at birth, number of milkings and mean lactation curve of the population, modeled using a fourth-order orthogonal Legendre polynomials, were included as fixed effects. Covariance functions of additive genetic and permanent environmental regression coefficients were equally modeled by POL (3th to 6th order) or linear BPL (4 to 6 knots). Residual variances were modeled considering 9 classes uniformly spaced. The (co)variance components of parameters were estimated by Bayesian inference, using the GIBBS3F90 software. The convergence of Gibbs chains was verified by graphic inspection and using BOA package from the R program. The post-gibbs analyses were performed using the POSTGIBBS1F90 software. The selection of the models was based on deviance information criterion (DIC). The average TDMY was 6.31±2.13 kg. The sixth order POL and six-knot BSP (knots at 8, 29, 57, 120, 239 and 267 days), with highest degree of complexity (51 parameters) were considered as the most suitable to describe the TDMY variation. The genetic parameters presented similar tendencies for both models, excepted for genetic variances and heritability, which showed low estimates at first lactation weeks for model BSP6. It was possible realize that, despite the low correlation between the predicted breeding value for 270-day milk yield and lactation persistency, the best models classified the bulls similarly. The results indicate that linear B-spline function with six knots was the most appropriate RRM to genetic evaluation of TDMY of Murrah buffaloes, given that parcimonious models with higher computational advantages to model variations of TDMY are most sought, and given the better control of heritability estimates of the edges of the lactation curve.
id UFV_a78438f1af97e904760a8d4134acc2aa
oai_identifier_str oai:locus.ufv.br:123456789/5767
network_acronym_str UFV
network_name_str LOCUS Repositório Institucional da UFV
repository_id_str
spelling Brito, Lais Costahttp://lattes.cnpq.br/9639684271525678Torres, Robledo de Almeidahttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783366H0Tonhati, Humbertohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783398D1Euclydes, Ricardo Fredericohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788533U6Silva, Fabyano Fonseca ehttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2Lopes, Paulo Sáviohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H12015-03-26T13:55:15Z2013-07-172015-03-26T13:55:15Z2013-03-19BRITO, Lais Costa. Random regression analysis to model test-day milk yield in Murrah buffaloes using bayesian inference. 2013. 59 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e Forragicul) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2013.http://locus.ufv.br/handle/123456789/5767Considering the importance of raising buffaloes to the national dairy farming, the objective of this study was to model variations in test-day milk yield (TDMY) during the first lactation of Murrah buffaloes by random regression models (RRM), using orthogonal Legendre polynomials (POL) and linear B-splines (BSP). A total of 15,161 test-day records from 1,158 first lactations of Murrah buffaloes breed from herds belonging to São Paulo state, Brazil, with calving recorded from 1988 to 2005, were analyzed. For TDMY, 38 weekly classes of lactation days were considered and analyzed using a single-trait RRM, including the additive genetic, permanent environmental and residual random effects. In addition, contemporary group, linear and quadratic effects of the covariate age of the buffalo at birth, number of milkings and mean lactation curve of the population, modeled using a fourth-order orthogonal Legendre polynomials, were included as fixed effects. Covariance functions of additive genetic and permanent environmental regression coefficients were equally modeled by POL (3th to 6th order) or linear BPL (4 to 6 knots). Residual variances were modeled considering 9 classes uniformly spaced. The (co)variance components of parameters were estimated by Bayesian inference, using the GIBBS3F90 software. The convergence of Gibbs chains was verified by graphic inspection and using BOA package from the R program. The post-gibbs analyses were performed using the POSTGIBBS1F90 software. The selection of the models was based on deviance information criterion (DIC). The average TDMY was 6.31±2.13 kg. The sixth order POL and six-knot BSP (knots at 8, 29, 57, 120, 239 and 267 days), with highest degree of complexity (51 parameters) were considered as the most suitable to describe the TDMY variation. The genetic parameters presented similar tendencies for both models, excepted for genetic variances and heritability, which showed low estimates at first lactation weeks for model BSP6. It was possible realize that, despite the low correlation between the predicted breeding value for 270-day milk yield and lactation persistency, the best models classified the bulls similarly. The results indicate that linear B-spline function with six knots was the most appropriate RRM to genetic evaluation of TDMY of Murrah buffaloes, given that parcimonious models with higher computational advantages to model variations of TDMY are most sought, and given the better control of heritability estimates of the edges of the lactation curve.Ao considerar a crescente importância da bubalinocultura na pecuária leiteira nacional, objetivou-se com o presente estudo modelar as variações da produção de leite no dia de controle (PLDC) de búfalas da raça Murrah por meio de modelos de regressão aleatória (polinômios ortogonais de Legendre POL e B-splines BSP lineares). Para tanto, foram analisados 15161 registros semanais de PLDC provenientes da primeira lactação de 1158 búfalas da raça Murrah, com partos registrados entre os anos de 1988 a 2005 e pertencentes a rebanhos do estado de São Paulo, Brasil. As PLDC foram divididas em 38 classes semanais e analisadas considerando modelo animal de regressão aleatória - que incluiu efeitos aleatórios genético-aditivo, de ambiente permanente e residual. Adicionalmente, incluíram-se efeitos fixos de grupo de contemporâneo, a covariável idade da búfala ao parto (efeito linear e quadrático), número de ordenhas e as médias dos coeficientes da curva de lactação representativa da população (sendo esta ajustada por meio de POL de 4ª ordem). As funções de covariâncias relativas aos coeficientes de regressão aleatória dos efeitos genético-aditivo e de ambiente permanente foram igualmente modeladas por meio de POL (3ª à 6ª ordem) ou BSP lineares (4 a 6 nós). A estrutura residual foi considerada heterogênea, contendo nove classes de variâncias. Os componentes de (co)variância dos parâmetros foram estimados via inferência bayesiana, utilizando o programa GIBBS3F90. A convergência das cadeias de Gibbs foi verificada por meio de inspeção gráfica e o pacote BOA, do programa R. As análises pós-gibbs foram feitas utilizando o POSTGIBBS1F90. A seleção dos melhores modelos se deu pela utilização do critério de informação da deviance (DIC). A média de PLDC foi igual a 6,31±2,13 kg. Os modelos POL de sexta ordem POL6, e BSP com seis nós BSP6 (8, 29, 57, 120, 239, 267 dias), com maior número de parâmetros (51) foram considerados os melhores para descrever a variação da PLDC ao longo da lactação. De modo geral, os parâmetros genéticos apresentaram tendências semelhantes para estes modelos, à exceção das estimativas de variância genética aditiva e herdabilidade, menores nas primeiras semanas de lactação para o modelo BSP6. Verificou-se que, apesar de pouco correlacionados, os valores genéticos preditos para produção de leite aos 270 dias e persistência da lactação para os melhores modelos classificam os reprodutores de forma similar. O MRA mais recomendável para avaliação genética da PLDC de búfalos da raça Murrah é uma função B-spline (com seis nós), haja vista a procura por modelos mais parcimoniosos e com maiores vantagens computacionais para modelar variações da PLDC de búfalas da raça Murrah; e dado maior controle das estimativas de herdabilidade referentes aos extremos na curva de lactação.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superiorapplication/pdfporUniversidade Federal de ViçosaMestrado em ZootecniaUFVBRGenética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e ForragiculAvaliação genéticaCaprinos leiteirosCurva de lactaçãoGenetic evaluationDairy goatsLactation curveCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOSRegressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesianaRandom regression analysis to model test-day milk yield in Murrah buffaloes using bayesian inferenceinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALtexto completo.pdfapplication/pdf1554500https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5767/1/texto%20completo.pdfd9400566acf11c9dff69fd60fcda665eMD51TEXTtexto completo.pdf.txttexto completo.pdf.txtExtracted texttext/plain94643https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5767/2/texto%20completo.pdf.txte4146c9d5a931640d3034e145e66fbefMD52THUMBNAILtexto completo.pdf.jpgtexto completo.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg3512https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5767/3/texto%20completo.pdf.jpgeb437ef0b3412a50ce675e11e57e2be2MD53123456789/57672016-04-10 23:20:42.491oai:locus.ufv.br:123456789/5767Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452016-04-11T02:20:42LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false
dc.title.por.fl_str_mv Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana
dc.title.alternative.eng.fl_str_mv Random regression analysis to model test-day milk yield in Murrah buffaloes using bayesian inference
title Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana
spellingShingle Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana
Brito, Lais Costa
Avaliação genética
Caprinos leiteiros
Curva de lactação
Genetic evaluation
Dairy goats
Lactation curve
CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOS
title_short Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana
title_full Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana
title_fullStr Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana
title_full_unstemmed Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana
title_sort Regressão aleatória na avaliação da produção de leite de búfalas Murrah utilizando inferência bayesiana
author Brito, Lais Costa
author_facet Brito, Lais Costa
author_role author
dc.contributor.authorLattes.por.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/9639684271525678
dc.contributor.author.fl_str_mv Brito, Lais Costa
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Torres, Robledo de Almeida
dc.contributor.advisor-co1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783366H0
dc.contributor.advisor-co2.fl_str_mv Tonhati, Humberto
dc.contributor.advisor-co2Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783398D1
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Euclydes, Ricardo Frederico
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788533U6
dc.contributor.referee1.fl_str_mv Silva, Fabyano Fonseca e
dc.contributor.referee1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2
dc.contributor.referee2.fl_str_mv Lopes, Paulo Sávio
dc.contributor.referee2Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1
contributor_str_mv Torres, Robledo de Almeida
Tonhati, Humberto
Euclydes, Ricardo Frederico
Silva, Fabyano Fonseca e
Lopes, Paulo Sávio
dc.subject.por.fl_str_mv Avaliação genética
Caprinos leiteiros
Curva de lactação
topic Avaliação genética
Caprinos leiteiros
Curva de lactação
Genetic evaluation
Dairy goats
Lactation curve
CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOS
dc.subject.eng.fl_str_mv Genetic evaluation
Dairy goats
Lactation curve
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOS
description Considering the importance of raising buffaloes to the national dairy farming, the objective of this study was to model variations in test-day milk yield (TDMY) during the first lactation of Murrah buffaloes by random regression models (RRM), using orthogonal Legendre polynomials (POL) and linear B-splines (BSP). A total of 15,161 test-day records from 1,158 first lactations of Murrah buffaloes breed from herds belonging to São Paulo state, Brazil, with calving recorded from 1988 to 2005, were analyzed. For TDMY, 38 weekly classes of lactation days were considered and analyzed using a single-trait RRM, including the additive genetic, permanent environmental and residual random effects. In addition, contemporary group, linear and quadratic effects of the covariate age of the buffalo at birth, number of milkings and mean lactation curve of the population, modeled using a fourth-order orthogonal Legendre polynomials, were included as fixed effects. Covariance functions of additive genetic and permanent environmental regression coefficients were equally modeled by POL (3th to 6th order) or linear BPL (4 to 6 knots). Residual variances were modeled considering 9 classes uniformly spaced. The (co)variance components of parameters were estimated by Bayesian inference, using the GIBBS3F90 software. The convergence of Gibbs chains was verified by graphic inspection and using BOA package from the R program. The post-gibbs analyses were performed using the POSTGIBBS1F90 software. The selection of the models was based on deviance information criterion (DIC). The average TDMY was 6.31±2.13 kg. The sixth order POL and six-knot BSP (knots at 8, 29, 57, 120, 239 and 267 days), with highest degree of complexity (51 parameters) were considered as the most suitable to describe the TDMY variation. The genetic parameters presented similar tendencies for both models, excepted for genetic variances and heritability, which showed low estimates at first lactation weeks for model BSP6. It was possible realize that, despite the low correlation between the predicted breeding value for 270-day milk yield and lactation persistency, the best models classified the bulls similarly. The results indicate that linear B-spline function with six knots was the most appropriate RRM to genetic evaluation of TDMY of Murrah buffaloes, given that parcimonious models with higher computational advantages to model variations of TDMY are most sought, and given the better control of heritability estimates of the edges of the lactation curve.
publishDate 2013
dc.date.available.fl_str_mv 2013-07-17
2015-03-26T13:55:15Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2013-03-19
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2015-03-26T13:55:15Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv BRITO, Lais Costa. Random regression analysis to model test-day milk yield in Murrah buffaloes using bayesian inference. 2013. 59 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e Forragicul) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2013.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://locus.ufv.br/handle/123456789/5767
identifier_str_mv BRITO, Lais Costa. Random regression analysis to model test-day milk yield in Murrah buffaloes using bayesian inference. 2013. 59 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e Forragicul) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2013.
url http://locus.ufv.br/handle/123456789/5767
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Viçosa
dc.publisher.program.fl_str_mv Mestrado em Zootecnia
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFV
dc.publisher.country.fl_str_mv BR
dc.publisher.department.fl_str_mv Genética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e Forragicul
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Viçosa
dc.source.none.fl_str_mv reponame:LOCUS Repositório Institucional da UFV
instname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)
instacron:UFV
instname_str Universidade Federal de Viçosa (UFV)
instacron_str UFV
institution UFV
reponame_str LOCUS Repositório Institucional da UFV
collection LOCUS Repositório Institucional da UFV
bitstream.url.fl_str_mv https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5767/1/texto%20completo.pdf
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5767/2/texto%20completo.pdf.txt
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5767/3/texto%20completo.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv d9400566acf11c9dff69fd60fcda665e
e4146c9d5a931640d3034e145e66fbef
eb437ef0b3412a50ce675e11e57e2be2
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)
repository.mail.fl_str_mv fabiojreis@ufv.br
_version_ 1794528719418687488