Autoregressive model for genetic evaluation of reproductive traits in dairy cattle

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Silva, Hugo Teixeira
• Orientador(a): Lopes, Paulo Sávio
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: eng
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa
• Programa de Pós-Graduação: Zootecnia
• Área do conhecimento CNPq: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Link de acesso: https://locus.ufv.br//handle/123456789/29394

Nas últimas décadas têm-se observado a queda na performance reprodutiva dos rebanhos leiteiros; uma consequência das respostas correlacionadas desaforáveis em decorrência da intensa seleção para aumentar a produção leite. Para contornar este problema, programas de melhoramento genético de bovinos leiteiro no mundo todo tem incluído características reprodutivas em seus objetivos de seleção. Os programas de melhoramento de bovinos de leite do Brasil e de Portugal também têm apresentado interesse em incluir características reprodutivas nas avaliações genéticas. No entanto, ainda são necessários mais estudos em relação as características e metodologias estatísticas a serem implementadas nos processos de avaliação. As análises genéticas envolvendo características reprodutivas longitudinais têm sido realizadas a partir do modelo de repetibilidade tradicional (REP), que assume que os componentes ambientais associados às medidas longitudinais de um animal são igualmente correlacionadas, o que é questionável, visto que espera-se que medidas consecutivas sejam mais associadas do que medidas mais distantes. Uma alternativa seria ajustar uma estrutura de covariância autorregressiva para descrever os diferentes níveis de associações que podem existir entre eventos consecutivos ao longo do tempo. Neste sentido, o objetivo geral nesta tese foi avaliar o modelo autorregressivo (AR) para a análise genética de características reprodutivas longitudinais nos rebanhos de bovinos da raça Holstein do Brasil e de Portugal. Primeiramente foi avaliada a performance do modelo AR na população de bovinos da raça Holandesa de Portugal. As características reprodutivas consideradas foram intervalo entre o parto e o primeiro serviço (IPS), dias em aberto (DA), intervalo de parto (IP) e taxa de prenhes das filhas (TPF), medidas durante as três primeiras ordens de parto. De uma forma geral, o modelo AR foi superior ao modelo REP nas análises de todas características avaliadas, apresentando melhor ajuste aos dados reprodutivos além de maiores confiabilidades para os valores genéticos dos touros. No segundo capítulo desta tese foi realizado uma avaliação similar na população de bovinos da raça Holandesa do Brasil. As características avaliadas foram apenas DA, IP e TPF. Mais uma vez o modelo AR mostrou ser superior ao modelo REP, com maiores acurácias e maior impacto na classificação dos melhores touros da população. Os resultados mostrados nos dois primeiros estudos desta tese sugerem que o modelo AR proposto é uma alternativa viável para a avaliação genética de características reprodutivas longitudinais em bovinos de leite. No último capítulo desta tese foi realizado um estudo para avaliar a aplicabilidade do método ssGLUBUP associado ao modelo autorregressivo (H-AR) para a avaliação genômica de características reprodutivas em bovinos da raça Holandesa de Portugal. O modelo H-AR apresentou maiores estimativas de confiabilidade para os valores genéticos dos touro quando comparado com as estimativas obtidas a partir modelo autorregressivo tradicional (A-AR). As análises de validação também foram favoráveis para o modelo H-AR, correspondendo a menores níveis de viés e maiores estimativas de confiabilidade. Além disso, ao avaliar a performance do modelo H-AR considerando diferentes fontes de informação genômica, observou-se que a inclusão de vacas genotípicas nas análises das características reprodutivas proporcionou repostas favoráveis para predição genômica dos touros. No entanto, melhores resultados foram obtidos quando touros sem informação de filhas ou parentesco foram desconsiderados das análises. Em geral, os resultados apresentados nos dois primeiros estudos desta tese sugerem que que o modelo AR é uma alternativa adequada para as análises genéticas das características reprodutivas longitudinais de bovinos da raça Holandesa do Brasil e de Portugal. Além disso, os resultados apresentados no terceiro trabalho demonstraram que o suo metodologia ssGBLUP associada ao modelo autorregressivo é uma abordagem adequada e viável para ser utilizado nas análises genômicas das características. Palavras-chave: Avaliação genômica. Autocorrelação. Características longitudinais. Holstein. Repetibilidade. ssGBLUP.