"Pseudomona"s spp. associadas ao cafeeiro : genômica comparativa, especificidade de nicho e potencial biotecnológico = "Pseudomonas" spp. associated with coffee plants: comparative genomics, niche specificity and biotechnological potential

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: Sousa, Leandro Pio de, 1989-
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: [s.n.]
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Pseudomonas
Cafeeiro
Genômica
Coffee plant
Genomics
Link de acesso: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1639879
Resumo: Orientador: Jorge Mauricio Costa Mondego
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spelling "Pseudomona"s spp. associadas ao cafeeiro : genômica comparativa, especificidade de nicho e potencial biotecnológico = "Pseudomonas" spp. associated with coffee plants: comparative genomics, niche specificity and biotechnological potential"Pseudomonas" spp. associated with coffee plants : comparative genomics, niche specificity and biotechnological potentialPseudomonasCafeeiroGenômicaPseudomonasCoffee plantGenomicsOrientador: Jorge Mauricio Costa MondegoTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: "Pseudomonas" é um grupo bacteriano com capacidade de colonizar uma grande gama de ambientes. As do grupo fluorescente são conhecidas principalmente por serem benéficas aos vegetais, conferindo um ganho na produção e dando maior proteção contra possíveis patógenos. Durante as anotações do banco de ESTs de Coffee arabica detectou-se uma grande quantidade de sequências de "Pseudomonas" no banco. Através de isolamentos feitos nas folhas, rizosfera e das raízes de Coffea arabica constatou-se a presença destas bactérias e, posteriormente, foram selecionados três isolados distintos de cada ambiente mencionado; seus genomas foram sequenciados e em paralelo foram executados experimentos para verificar diferenças fisiológicas entre os isolados. Os genes identificados a partir do isolado de folha sugerem que ele está adaptado às tensões abióticas do ambiente da superfície foliar, o que confirmamos por experimentos de estresse osmótico e privação de ferro. O isolado a partir da região interna das raízes possui receptores sideróforos de acromobactina e aerobactina, mas não possui os genes responsáveis pela produção desses sideróforos, sugerindo uma interessante estratégia de competição baseada no furto de sideróforos de outras espécies. Todas as três bactérias foram capazes de aumentar o crescimento de plântulas de alface, principalmente o isolado de rizosfera. Curiosamente, o isolado de folha foi capaz de colonizar as folhas das plantas após a bacterização das sementes, sugerindo uma inespecificidade quanto ao hospedeiro. Além disso, os três isolados foram capazes de degradar compostos fenólicos, e em alguns casos utilizando-os como fonte metabólica. Entretanto, elas não foram capazes de utilizarem cafeína como fontes de nitrogênio e carbono. Em termos de análise de controle biológico, o isolado de folha foi capaz de diminuir o dano provocado pela ferrugem-do-café, podendo ser uma alternativa para o controle dessa praga. A partir dos nossos dados, discutimos a relação entre o conteúdo gênico e os dados experimentais indicando que existem adaptações dessas bactérias para viverem em associação com o cafeeiro em diferentes nichosAbstract: "Pseudomonas" is a bacterial group capable of colonizing a wide range of environments. The fluorescent group are known mainly for being beneficial to plants, providing a gain in production and providing great protection against possible pathogens. During the annotations of the EST bank of Coffee arabica, a large number of "Pseudomonas" sequences were detected in the bank. Through isolations made on the leaves, rhizosphere and roots of Coffea arabica, the presence of these bacteria was found and, subsequently, three distinct isolates from each mentioned environment were selected; their genomes were sequenced and in parallel experiments were performed to verify physiological differences between the isolates. The genes identified from the leaf isolate suggest that it is adapted to the abiotic stresses of the leaf surface environment, which is confirmed by experiments on osmotic stress and iron deprivation. The isolate from the inner region of the roots has siderophores of acromobactin and aerobactin receptors, but does not have the genes responsible for the production of these siderophores, suggesting an interesting competition strategy based on the theft of siderophores of other species. All three bacteria were able to increase the growth of lettuce seedlings, mainly the rhizosphere isolate. Interestingly, the leaf isolate was able to colonize the leaves of the plants after bacterization of the seeds, suggesting a non-specificity regarding the host. In addition, the three isolates were able to degrade phenolic compounds, and in some cases using them as a metabolic source. However, they were unable to use caffeine as sources of nitrogen and carbon. In terms of biological control analysis, the leaf isolate was able to reduce the damage caused by coffee rust, and could be an alternative for the control of this pathogen. From our data, we discussed the relationship between gene content and experimental data indicating that there are adaptations of these bacteria to live in association with coffee in different nichesDoutoradoMicrobiologiaDoutor em Genética e Biologia MolecularFAPESP2014/11544-4[s.n.]Mondego, Jorge Mauricio Costa, 1976-Harakava, RicardoAndrade, Sara Adrián López deDestéfano, Suzete Aparecida LanzaCarazzolle, Marcelo FalsarellaUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASSousa, Leandro Pio de, 1989-20202020-08-12T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online (97 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1639879SOUSA, Leandro Pio de. 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