Busca de um tamanho otimo de gene e proteina para maximização da qualidade da filogenia resultante

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2010
Autor(a) principal: Sampaio, Claudio Luis Marques
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: [s.n.]
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Filogenia
Entropia
DNA
Phylogeny
Entropy
Link de acesso: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1612095
Resumo: Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
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spelling Busca de um tamanho otimo de gene e proteina para maximização da qualidade da filogenia resultanteThe search for an optimal size of gene and protein for maximum philogeny qualityFilogeniaEntropiaDNAPhylogenyEntropyDNAOrientador: Gonçalo Amarante Guimarães PereiraDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: Um problema recorrente em Filogenética é saber de antemão que melhores tamanhos de genes ou proteínas se deve ter para a construção de dendrogramas mais precisos. Neste trabalho, examinamos quais os efeitos de variados tamanhos de um alinhamento conhecido na qualidade da inferência de filogenia, em particular a filogenia dos fungos, utilizando 198 táxons fungais e 16 de grupo externo. Adicionalmente, calculamos a entropia de Shannon de cada ponto do alinhamento e fizemos iterações semelhantes por seus limiares. Para isto construímos um programa open-source baseado no toolkit bioperl que calcula estes dados. Concluímos que tanto para as iterações por tamanho quanto os para entropia, os limiares ideais são aquém do tamanho total do gene, podendo justificar uso de drafts de seqüenciamentos em inferências filogenéticas usando um pequeno número de regrasAbstract: A recurring issue in phylogenetics is knowing beforehand which best sizes for genes or proteins one should have for building more accurate cladograms. Herein we examine the effects or varying sizes of a known aligment on the quality of its inferred phylogeny, specifically considering the fungi phylogeny by using 198 fungal taxa plus 16 outgroup taxa. Additionally, we calculate the Shannon entropy of each point of the alignment and iterate similarly by its thresholds. To that end, we developed an open-source software based on the bioperl toolkit to calculate this data. Finally, we concluded that either for the size iterations or for the entropy iterations, the ideal thresholds are below the gene full size, justifying the use of sequencing drafts in phylogenetic inferrences using a handful of rulesMestradoBioinformáticaMestre em Genética e Biologia Molecular[s.n.]Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães, 1964-Martinez-Rossi, Nilce MariaBrocchi, MarceloUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASSampaio, Claudio Luis Marques2010info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf86 p. : il.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1612095SAMPAIO, Claudio Luis Marques. Busca de um tamanho otimo de gene e proteina para maximização da qualidade da filogenia resultante. 2010. 86 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1612095. Acesso em: 25 abr. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/768763porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T05:52:23Zoai::768763Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T05:52:23Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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