Análise in silico de relações filogenéticas de plantas baseadas no gene ga20ox

• Ano de defesa: 2012
• Autor(a) principal: Machado, Lilian de Oliveira
• Orientador(a): Stefenon, Valdir Marcos
• Banca de defesa: Nodari, Rubens Onofre , Mantovani, Adelar , Ribeiro, José Ricardo Inácio
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal do Pampa
• Programa de Pós-Graduação: Mestrado Acadêmico em Ciências Biológicas
• Departamento: Campus São Gabriel
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Genética; Gene nuclear; Gene - cloroplasto; Sistemática de plantas; Banco de dados genéico; Genetics; Nuclear gene; Chloroplast gene; Systematics of plants; Genetic database
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
• Link de acesso: http://dspace.unipampa.edu.br:8080/jspui/handle/riu/3821

Há inúmeros bancos de dados genéticos distribuídos por países da Europa e Ásia, mas todos trocam informações 24 horas por dia com o NCBI, considerado o mais importante. Dados on-line são submetidos e consultados nesses bancos remotos. Atualmente existe no NCBI aproximadamente 127 milhões de sequências de DNA, possibilitando a realização de inúmeros estudos in silico, incluindo estudos de sistemática. Os genes plastidiais são amplamente utilizados nas análises filogenéticas devido a sua eficácia, enquanto os genes nucleares têm sido pouco explorados nesse âmbito, deixando um vasto campo para estudos preliminares. Neste trabalho investigou-se a eficácia do gene nuclear GA20ox1 na resolução das relações filogenéticas em eudicotiledôneas. Sequências do gene rbcL foram utilizadas para comparação. Todas as sequências foram obtidas diretamente no GenBank. A eficácia deste gene foi avaliada determinando-se a proporção de transversões/transições, número de caracteres parcimônio-informativos, índice de retenção (IR) e índice de consistência (IC) e através da construção de árvores filogenéticas. A proporção de mutações de transição/transversão e proporção de caracteres parcimônio-informativos do gene GA20ox1 sugere alta capacidade informativa, apesar de os valores de IR e IC serem relativamente baixos. A árvore filogenética baseada no gene GA20ox1 foi parcialmente congruente com as reconstruções filogenéticas baseadas nas sequências rbcL e com a árvore reconhecida pelo APG III. As incongruências observadas refletem os diferentes caminhos evolutivos seguidos pelos diferentes grupos de plantas com relação a este gene. Os resultados obtidos revelaram suficiente sinal filogenético no gene GA20ox1 para agrupar espécies em nível de família, sendo útil para resolver as relações filogenéticas em níveis taxonômicos inferiores e aprimorar nossos conhecimentos sobre a evolução das plantas com flores.