Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias
Ano de defesa: | 2007 |
---|---|
Autor(a) principal: | |
Orientador(a): | |
Banca de defesa: | , |
Tipo de documento: | Dissertação |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
Idioma: | por |
Instituição de defesa: |
Universidade de São Paulo
|
Programa de Pós-Graduação: |
Doenças Infecciosas e Parasitárias
|
Departamento: |
Não Informado pela instituição
|
País: |
BR
|
Link de acesso: | https://doi.org/10.11606/D.5.2007.tde-05082008-151021 |
Resumo: | A reação em cadeia por polimerase (PCR) e suas variantes tem sido, desde o isolamento do metapneumovírus humano (hMPV), a técnica mais utilizada para a detecção do vírus em secreções respiratórias de diferentes grupos de pacientes. Entretanto, a interpretação de estudos abordando aspectos epidemiológicos e patogenéticos da infecção pelo hMPV tem sido dificultada pelo uso de uma grande variedade de técnicas de PCR \"in house\" na ausência de uma técnica \"padrão ouro\" claramente definida. A avaliação da sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade de qualquer técnica molecular \"in house\" é um passo crucial para podermos comparar estudos realizados por diferentes grupos de pesquisa e diferentes grupos de pacientes. Este estudo teve como objetivos a padronização de duas técnicas de PCR - convencional e em tempo real - para a detecção do hMPV em secreções respiratórias e a avaliação da concordância existente entre as técnicas. Entre 228 amostras de lavado de nasofaringe coletadas de receptores de transplante de células tronco hematopoiéticas com sintomas de infecção respiratória aguda, 10 (4,4%) foram positivas para a presença do hMPV pela técnica de PCR convencional enquanto que 11 (4,8%) foram positivas pela técnica de PCR em tempo real. A concordância entre as técnicas, medida pelo índice Kappa para um intervalo de confiança de 95%, foi de 0,95, ou seja, quase perfeita. |
id |
USP_aaac5ac7e6fb0c37c56ca1fd99c4a9dd |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:teses.usp.br:tde-05082008-151021 |
network_acronym_str |
USP |
network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
repository_id_str |
|
spelling |
info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias Standardization and comparison of polymerase chain reaction assays to the detection of human metapneumovirus at respiratory specimens 2007-10-17Claudio Sergio PannutiNancy Cristina Junqueira BelleiVanda Akico UedaRenato dos Reis OliveiraUniversidade de São PauloDoenças Infecciosas e ParasitáriasUSPBR Diagnostic techniques and procedures Human metapneumovirus/diagnosis Infecções respiratórias Metapneumovírus humano/diagnóstico Polymerase chain reaction Reação da cadeia da polimerase Respiratory tract infections Técnicas de diagnóstico e procedimento A reação em cadeia por polimerase (PCR) e suas variantes tem sido, desde o isolamento do metapneumovírus humano (hMPV), a técnica mais utilizada para a detecção do vírus em secreções respiratórias de diferentes grupos de pacientes. Entretanto, a interpretação de estudos abordando aspectos epidemiológicos e patogenéticos da infecção pelo hMPV tem sido dificultada pelo uso de uma grande variedade de técnicas de PCR \"in house\" na ausência de uma técnica \"padrão ouro\" claramente definida. A avaliação da sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade de qualquer técnica molecular \"in house\" é um passo crucial para podermos comparar estudos realizados por diferentes grupos de pesquisa e diferentes grupos de pacientes. Este estudo teve como objetivos a padronização de duas técnicas de PCR - convencional e em tempo real - para a detecção do hMPV em secreções respiratórias e a avaliação da concordância existente entre as técnicas. Entre 228 amostras de lavado de nasofaringe coletadas de receptores de transplante de células tronco hematopoiéticas com sintomas de infecção respiratória aguda, 10 (4,4%) foram positivas para a presença do hMPV pela técnica de PCR convencional enquanto que 11 (4,8%) foram positivas pela técnica de PCR em tempo real. A concordância entre as técnicas, medida pelo índice Kappa para um intervalo de confiança de 95%, foi de 0,95, ou seja, quase perfeita. The polymerase chain reaction (PCR) has been, since the isolation of the virus in 2001, the most used technique for detection of human metapneumovirus (hMPV) in respiratory specimens of several groups of patients. However, the interpretation of studies regarding the epidemiology and pathogenesis of hMPV infection has been hindered by the use of a great variety of PCRs techniques for hMPV detection, in the absence of a clearly defined \"gold standard\". The assessment of the sensitivity, specificity and reproducibility of any in-house molecular technique is a crucial step to allow the comparison of studies conducted in different settings and different groups of patients. The aim of the present study was to standardize two in-house PCR assays a conventional PCR and a real-time PCR for detecting hMPV in nasopharyngeal aspirates and to evaluate the agreement between the two assays. Of 228 samples of nasopharyngeal aspirates obtained from hematopoietic stem cell transplant recipients with acute respiratory symptoms, 10 (4.4%) were positive for hMPV by conventional PCR whereas 11 (4.8%) were positive by real-Time PCR. The agreement of both assays, measured by Kappa Index, was almost perfect (0.95, 95% confidence interval). https://doi.org/10.11606/D.5.2007.tde-05082008-151021info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USP2023-12-21T18:16:17Zoai:teses.usp.br:tde-05082008-151021Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:09:56Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
dc.title.pt.fl_str_mv |
Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias |
dc.title.alternative.en.fl_str_mv |
Standardization and comparison of polymerase chain reaction assays to the detection of human metapneumovirus at respiratory specimens |
title |
Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias |
spellingShingle |
Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias Renato dos Reis Oliveira |
title_short |
Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias |
title_full |
Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias |
title_fullStr |
Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias |
title_full_unstemmed |
Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias |
title_sort |
Padronização e comparação de técnicas de reação em cadeia por polimerase (PCR) para detecção do metapneumovírus humano em secreções respiratórias |
author |
Renato dos Reis Oliveira |
author_facet |
Renato dos Reis Oliveira |
author_role |
author |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Claudio Sergio Pannuti |
dc.contributor.referee1.fl_str_mv |
Nancy Cristina Junqueira Bellei |
dc.contributor.referee2.fl_str_mv |
Vanda Akico Ueda |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Renato dos Reis Oliveira |
contributor_str_mv |
Claudio Sergio Pannuti Nancy Cristina Junqueira Bellei Vanda Akico Ueda |
description |
A reação em cadeia por polimerase (PCR) e suas variantes tem sido, desde o isolamento do metapneumovírus humano (hMPV), a técnica mais utilizada para a detecção do vírus em secreções respiratórias de diferentes grupos de pacientes. Entretanto, a interpretação de estudos abordando aspectos epidemiológicos e patogenéticos da infecção pelo hMPV tem sido dificultada pelo uso de uma grande variedade de técnicas de PCR \"in house\" na ausência de uma técnica \"padrão ouro\" claramente definida. A avaliação da sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade de qualquer técnica molecular \"in house\" é um passo crucial para podermos comparar estudos realizados por diferentes grupos de pesquisa e diferentes grupos de pacientes. Este estudo teve como objetivos a padronização de duas técnicas de PCR - convencional e em tempo real - para a detecção do hMPV em secreções respiratórias e a avaliação da concordância existente entre as técnicas. Entre 228 amostras de lavado de nasofaringe coletadas de receptores de transplante de células tronco hematopoiéticas com sintomas de infecção respiratória aguda, 10 (4,4%) foram positivas para a presença do hMPV pela técnica de PCR convencional enquanto que 11 (4,8%) foram positivas pela técnica de PCR em tempo real. A concordância entre as técnicas, medida pelo índice Kappa para um intervalo de confiança de 95%, foi de 0,95, ou seja, quase perfeita. |
publishDate |
2007 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2007-10-17 |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://doi.org/10.11606/D.5.2007.tde-05082008-151021 |
url |
https://doi.org/10.11606/D.5.2007.tde-05082008-151021 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade de São Paulo |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Doenças Infecciosas e Parasitárias |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
USP |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
BR |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade de São Paulo |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP instname:Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP |
instname_str |
Universidade de São Paulo (USP) |
instacron_str |
USP |
institution |
USP |
reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP) |
repository.mail.fl_str_mv |
virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br |
_version_ |
1786376581170593792 |