Suporte à geração de dados abertos ligados em bioinformática

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Gabriel do Couto Seabra Gusmão de Paula
• Orientador(a): Clever Ricardo Guareis de Farias
• Banca de defesa: Jose Eduardo Santarem Segundo, Marilde Terezinha Prado Santos, Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade de São Paulo
• Programa de Pós-Graduação: Computação Aplicada
• País: BR
• Link de acesso: https://doi.org/10.11606/D.59.2020.tde-21012020-225928

Diferentes conjuntos de dados na web encontram-se em formatos que dificultam o processamento e a extração automática de informação. A transformação desses dados em Dados Abertos Ligados (DAL) pode facilitar o processamento e a obtenção de novos conhecimentos. DAL define um conjunto de dados compreendido/interpretável por computadores, interconectado e semanticamente anotado. Diversos domínios de conhecimento podem ser beneficiados com o uso de DAL, dentre os quais destaca-se a bioinformática. A bioinformática é caracterizada pelo uso e a disponibilização de grandes quantidades de dados na web, normalmente armazenados em arquivos texto semiestruturados. Existem diferentes abordagens de transformação de dados estruturados e semiestruturados para DAL no domínio biomédico. Porém, essas abordagens não podem ser facilmente estendidas para a bioinformática. Este trabalho teve por objetivo propor uma abordagem de transformação de dados semiestruturados de bioinformática para DAL, chamada de SSD2LOD Transformation Approach. Esta abordagem é composta por quatro atividades, as quais orientam a definição de questões de competência (perguntas de interesse), a especificação de regras de transformação, a transformação dos dados, e, finalmente, a exploração do conjunto DAL resultante. Adicionamente, desenvolvemos um conjunto de ferramentas de suporte para executar o processo de transformação e exploração dos dados, de modo a facilitar a aplicação da abordagem. Na sequência, aplicamos a abordagem proposta em uma prova de conceito utilizando dados de um experimento de genômica funcional disponibilizado na plataforma ArrayExpress. A abordagem SSD2LOD Transformation Approach representa uma solução adequada para a transformação de dados de bioinformática em DAL, permitindo alcançar os benefícios da web semântica neste domínio.