Dinâmica de Biomoléculas em Água: Simulações com Representação Explícita do Solvente

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 1998
Autor(a) principal: Marta Maria Cassiano
Orientador(a): Paulo Mascarello Bisch
Banca de defesa: Jose Alfredo Gomes Areas, Luiz Carlos Gomide Freitas, Isabelle Ortmans, José Roberto Ruggiero
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade de São Paulo
Programa de Pós-Graduação: Física
Departamento: Não Informado pela instituição
País: BR
Link de acesso: https://doi.org/10.11606/T.43.1998.tde-21022014-174534
Resumo: O programa THOR de dinâmica e mecânica molecular foi aprimorado com a introdução de técnicas que permitem a modelagem de sistemas biomoleculares na presença do solvente representado explicitamente. Essas técnicas incluem o emprego de condições de contorno periódicas, raio de corte, potencial eletrostático modificado e método shake para vínculos de distância. Além disso, a técnica da lista de vizinhos foi implementada devido ao grande aumento no número de átomos do sistema, pela inclusão explícita do solvente. Alguns sistemas foram modelados e a influência do solvente sobre suas propriedades conformacionais foi analisada, respondendo às expectativas baseadas em previsões teóricas e evidências experimentais.
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spelling info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis Dinâmica de Biomoléculas em Água: Simulações com Representação Explícita do Solvente Dynamics Biomolecules Water Simulations Explicit Representation Solvent 1998-04-29Paulo Mascarello BischAmando Siuiti ItoJose Alfredo Gomes AreasLuiz Carlos Gomide FreitasIsabelle OrtmansJosé Roberto RuggieroMarta Maria CassianoUniversidade de São PauloFísicaUSPBR Biologia molecular Condensed matter Matéria condensada Molecular biology O programa THOR de dinâmica e mecânica molecular foi aprimorado com a introdução de técnicas que permitem a modelagem de sistemas biomoleculares na presença do solvente representado explicitamente. Essas técnicas incluem o emprego de condições de contorno periódicas, raio de corte, potencial eletrostático modificado e método shake para vínculos de distância. Além disso, a técnica da lista de vizinhos foi implementada devido ao grande aumento no número de átomos do sistema, pela inclusão explícita do solvente. Alguns sistemas foram modelados e a influência do solvente sobre suas propriedades conformacionais foi analisada, respondendo às expectativas baseadas em previsões teóricas e evidências experimentais. The computational package THOR for molecular mechanic and dynamics simulation was improved by the introduction of techniques for modeling of biomolecular systems with explicit representation of solvent molecules. Those techniques include the application of periodic boundary conditions, the use of a cut-off sphere for the potential, with modifications in the electrostatic potential, and the utilization of the method shake to impose distance constraints. Furthermore, a neighbours list was implemented, due to the high number of atoms to be dealt with when the solvent is explicity represented. Simulations were performed on some systems of biological interest, and the influence of the solvent on their conformational properties was analysed. The results are in good agreement with theoretical previsions and experimental data. https://doi.org/10.11606/T.43.1998.tde-21022014-174534info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USP2023-12-21T19:45:31Zoai:teses.usp.br:tde-21022014-174534Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:11:47Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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