Identificação de marcadores genéticos em populações de Hoplosternum littorale (Siluriformes: Catllichtchyidae)

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Andrade, Paula Cristina Cordeiro de
• Orientador(a): Vicente, Ana Carolina Paulo, Parente, Thiago Estevam
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Link de acesso: https://arca.fiocruz.br/handle/icict/74604
• topic: Peixes - Gato; Marcadores Genéticos; Siluriformes; Biomarcadores Ambientais; 03 Saúde e Bem-Estar

O uso crescente do sequenciamento de alto desempenho (NGS) e a produção de grande volume de dados genéticos de forma rápida e com baixo custo demandam o uso de ferramentas de bioinformática na análise desses dados. O sequenciamento de RNA é uma importante ferramenta em estudos ecológicos e evolutivos. Bancos de dados montados a partir de transcriptomas têm sido utilizados para a identificação e validação de marcadores populacionais e biomarcadores de poluição em diversos organismos não modelo, incluindo espécies de peixes, com a finalidade de descrever a diversidade molecular, de realizar estudos populacionais e de investigar adaptações moleculares. O peixe de água doce Hoplosternum littorale (HANCOCK, 1828) pertence a subfamília Callichthyinae, ordem Siluriformes, e caracteriza-se por sua ampla distribuição geográfica na região neotropical, apesar de não ter comportamento migratório. Diversos estudos morfológicos corroboram a unidade desta espécie, no entanto, ainda há poucos dados genéticos disponíveis que reforçam essa hipótese. Utilizando o sequenciamento de alto desempenho, tecnologia Illumina Hiseq 2500, foram sequenciados transcriptomas de dois indivíduos de Hoplosternum littorale de populações isoladas geograficamente e com diferentes perfis de poluição das águas. Produzimos cerca de 80 milhões de leituras utilizadas para montar mais de 90 mil transcritos. Neste banco de dados produzido, identificamos mais de 37 mil variantes de nucleotídeo único (SNVs) e quase 3 mil inserções e deleções (indels) distribuídos no transcriptoma dos dois indivíduos de Hoplosternum littorale. A partir da análise desses dados, sugerimos 26 transcritos com pelo menos três SNVs e três transcritos com indels como sendo os mais adequados para aplicação em trabalhos relacionados a estudos populacionais desta espécie. Além disso, com base nos seus perfis de expressão sugerimos sete transcritos relacionados à biotransformação de xenobióticos compo potenciais biomarcadores de exposição a poluição. As informações e o banco de dados produzidos podem ser usados para estudar a estrutura da população destes indivíduos assim como podem contribuir para o uso desta espécie como sentinela ambiental em programas de biomonitoramento das águas.