Determinação da acurácia do teste de amplificação isotérmica de ácidos nucleicos mediada por alça (LAMP) para a confirmação de infecção pelos vírus linfotrópicos para células T humanas dos tipos 1 e 2 (HTLV-1/2)

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Gomes, Yago Côrtes Pinheiro
• Orientador(a): Silva, Marcus Tulius Teixeira da
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Link de acesso: https://arca.fiocruz.br/handle/icict/62720
• topic: LAMP; HTLV-1; HTLV-2; Acurácia; Diagnóstico Confirmatório; PCR; LAMP; HTLV-1; HTLV-2; Accuracy; Confirmatory Diagnostic; PCR; Vírus Linfotrópico T Tipo 1 Humano; Vírus Linfotrópico T Tipo 2 Humano; Confiabilidade dos Dados; Diagnóstico; Reação em Cadeia da Polimerase

O grupo de vírus linfotrópicos para células T humanas (HTLV) apresenta quatro integrantes: HTLV-1, 2, 3 e 4. Contudo, somente HTLV-1 e 2 apresentam relevância epidemiológica, com prevalência média de 0,46% em doadores de sangue no Brasil. Conforme o Ministério da Saúde, o diagnóstico de HTLV-1/2 é realizado por triagem com ELISA, seguida de confirmação pelos testes de Western blot (WB), imunoensaio em linha (INNO-LIA) ou reação em cadeia da polimerase (PCR). O teste de INNO-LIA possui uma alta sensibilidade, resolvendo até 98% dos casos, embora tenha um alto custo, enquanto o WB pode apresentar resultados indeterminados em 30-60% dos casos. Em contrapartida à sensibilidade inferior, a PCR possui alta especificidade em comparação a estes métodos. Em virtude disso, os testes de amplificação isotérmica de ácidos nucléicos mediada por alça (LAMP) para HTLV-1/2 estabelecidos por nosso grupo poderiam ser incorporados à rotina diagnóstica como alternativa à PCR com análise de polimorfismo do tamanho dos fragmentos de restrição (PCR-RFLP) ou à PCR em tempo real (qPCR). Portanto, este estudo teve como objetivo otimizar os testes de LAMP e determinar sua acurácia, sensibilidade e concordância frente aos resultados do testes confirmatórios sorológicos (WB e INNO-LIA) e moleculares (qPCR e PCR-RFLP) com amostras de indivíduos monoinfectados por HTLV-1 e 2 (n=144) ou coinfectados por HIV (n=92). Devido ao baixo desempenho de LAMP para HTLV-1 inicialmente, foram desenhados novos iniciadores e ajustadas as concentrações de betaína e magnésio. Após, este teste foi realizado na população coinfectada e mostrou uma acurácia de 90,24% em comparação com a qPCR, de 88,89% com a PCR-RFLP, e de 86,59% com o WB e INNO-LIA. Em relação ao resultado do diagnóstico definitivo, o teste de LAMP para HTLV-1 apresentou sensibilidade de 79,49%, resultando em valores similares à qPCR e à PCR-RFLP, que apresentaram taxas de 74,39% de 81,58%, respectivamente. LAMP para HTLV-2 obteve acurácia de 92,69% na comparação com a qPCR, de 96,30% com a PCR-RFLP, de 82,93% com o WB, e de 81,71% com o INNO-LIA. Na comparação com o diagnóstico final, LAMP para HTLV-2 obteve sensibilidade de 51,43%, contra 62,86% na qPCR e 54,29% na PCR-RFLP. De acordo com os critérios do índice Kappa de Cohen, o teste de LAMP para HTLV-1 teve concordância considerada substancial com todas as demais técnicas, enquanto para HTLV-2 foi quase perfeita na comparação com a PCR-RFLP, substancial com a qPCR, e moderada com as técnicas sorológicas. As taxas de acurácia dos testes de LAMP em pacientes monoinfectados por HTLV1/2 foram de 89,26%, 89,58% e 87,50% nas comparações com o WB, a qPCR e a PCR-RFLP, respectivamente. Em relação ao diagnóstico final destas amostras, o teste de LAMP mostrou maior sensibilidade para HTLV-1 (92,00%) e HTLV-2 (68,42%) na comparação com a qPCR (86,40% e 36,84%, respectivamente). De modo geral, os testes de LAMP para HTLV-1 e 2 tiveram performance semelhante às outras técnicas moleculares. Por isso, estas técnicas representam uma alternativa vantajosa no diagnóstico destas infecções, pois possuem custo reduzido, necessitam de estrutura laboratorial simples e apresentam menor de tempo de execução