Identificação de biomarcadores de desfecho terapêutico utilizando dados públicos de transcriptomas da leishmaniose cutânea

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2025
Autor(a) principal: Amaral, Raissa Vieira do
Orientador(a): Tavares, Natalia Machado
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Área do conhecimento CNPq:
Ciências da Saúde
Link de acesso: https://arca.fiocruz.br/handle/icict/74724
Resumo: INTRODUÇÃO: A leishmaniose é uma doença infecciosa de importância global, caracterizada por lesões ulcerativas com bordas elevadas e inflamação exacerbada. A principal terapia de primeira linha, o antimônio pentavalente (Sb⁵⁺), apresenta eficácia limitada, com frequentes taxas de falha terapêutica. Nesse contexto, análises transcriptômicas surgem como ferramentas promissoras para a identificação de biomarcadores com potencial preditivo de resposta ao tratamento. OBJETIVO: Este estudo teve como objetivo principal comparar assinaturas transcricionais a partir de diferentes dados públicos obtidos de biópsias de indivíduos com leishmaniose cutânea causada por Leishmania braziliensis, seguidas de validação ex vivo. MATERIAL E MÉTODOS: Foram utilizados dados dos repositórios GSE214397 e GSE127831 (RNA-Seq, plataforma Illumina) e GSE55664 (microarranjo, plataforma Illumina), comparando-se a expressão gênica entre indivíduos com cura e falha ao tratamento com Sb⁵⁺. Posteriormente, biópsias de lesões de uma nova coorte clínica foram analisadas por RT-qPCR. As análises contemplaram expressão diferencial, correlação com parâmetros clínicos (tempo de cura, DTH, tamanho da lesão), curva ROC e regressão logística. RESULTADOS: A análise exploratória do GSE214397 identificou dez genes diferencialmente expressos, cuja expressão apresentou correlação com o desfecho terapêutico. Entre esses genes, dois se destacaram: CCL7 e RETN, cuja expressão mostrou-se intimamente associada à falha terapêutica. Esses achados foram validados na nova coorte por RT-qPCR. CONCLUSÃO: Os genes CCL7 e RETN foram identificados como candidatos promissores a biomarcadores de falha terapêutica na leishmaniose cutânea, com potencial aplicação clínica.
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OBJETIVO: Este estudo teve como objetivo principal comparar assinaturas transcricionais a partir de diferentes dados públicos obtidos de biópsias de indivíduos com leishmaniose cutânea causada por Leishmania braziliensis, seguidas de validação ex vivo. MATERIAL E MÉTODOS: Foram utilizados dados dos repositórios GSE214397 e GSE127831 (RNA-Seq, plataforma Illumina) e GSE55664 (microarranjo, plataforma Illumina), comparando-se a expressão gênica entre indivíduos com cura e falha ao tratamento com Sb⁵⁺. Posteriormente, biópsias de lesões de uma nova coorte clínica foram analisadas por RT-qPCR. As análises contemplaram expressão diferencial, correlação com parâmetros clínicos (tempo de cura, DTH, tamanho da lesão), curva ROC e regressão logística. RESULTADOS: A análise exploratória do GSE214397 identificou dez genes diferencialmente expressos, cuja expressão apresentou correlação com o desfecho terapêutico. Entre esses genes, dois se destacaram: CCL7 e RETN, cuja expressão mostrou-se intimamente associada à falha terapêutica. Esses achados foram validados na nova coorte por RT-qPCR. CONCLUSÃO: Os genes CCL7 e RETN foram identificados como candidatos promissores a biomarcadores de falha terapêutica na leishmaniose cutânea, com potencial aplicação clínica.INTRODUCTION: Leishmaniasis is an infectious disease of global importance, characterized by ulcerative lesions with raised borders and exacerbated inflammation. The main first-line therapy, pentavalent antimony (Sb⁵⁺), has limited efficacy, with frequent treatment failure rates. In this context, transcriptomic analyses have emerged as promising tools for identifying biomarkers with predictive potential for treatment response. OBJECTIVE: This study aimed to compare transcriptional signatures from different public datasets obtained from biopsies of patients with cutaneous leishmaniasis caused by Leishmania braziliensis, followed by ex vivo validation. METHODS: Data were obtained from the repositories GSE214397 and GSE127831 (RNA-Seq, Illumina platform) and GSE55664 (microarray, Illumina platform), comparing gene expression between patients who were cured and those who experienced treatment failure with Sb⁵⁺. Subsequently, biopsies from lesions of a new clinical cohort were analyzed by RT-qPCR. Analyses included differential gene expression, correlation with clinical parameters (healing time, DTH, lesion size), ROC curve, and logistic regression. RESULTS: Exploratory analysis of GSE214397 identified ten differentially expressed genes, whose expression was correlated with treatment outcomes. Among these, two genes stood out: CCL7 and RETN, whose expression was strongly associated with therapeutic failure. These findings were validated in the new cohort by RT-qPCR. CONCLUSION: The CCL7 and RETN genes were identified as promising candidates for biomarkers of treatment failure in cutaneous leishmaniasis, with potential clinical application.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia (FAPESB). Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ( CNPq).Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.porLeishmaniose cutâneaLeishmania braziliensisTranscriptomaFalha terapêuticaCutaneous leishmaniasisL. braziliensisTranscriptomeTherapeutic failureLeishmaniose CutâneaLeishmania BraziliensisTranscriptomaFalha terapêutica03 Saúde e Bem-EstarCiências da SaúdeIdentificação de biomarcadores de desfecho terapêutico utilizando dados públicos de transcriptomas da leishmaniose cutâneaIdentification of therapeutic outcome biomarkers using public transcriptome data from cutaneous leishmaniasisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2025Instituto Gonçalo MonizMestrado AcadêmicoSalvadorPrograma de Pós-Graduação em Patologiainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da Fiocruz (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://arca.fiocruz.br/bitstreams/36fe59d3-22b2-4173-bfa8-6dc92c48edff/download8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51falseAnonymousREADORIGINALraissa_amaral_fioba_mest_2025.pdfapplication/pdf2068412https://arca.fiocruz.br/bitstreams/56b98e9a-aedf-4f11-8656-fbefd55cab22/downloadb285c22d2257efa61a1199e8cd9bfdf0MD52trueAnonymousREADTEXTraissa_amaral_fioba_mest_2025.pdf.txtraissa_amaral_fioba_mest_2025.pdf.txtExtracted texttext/plain102862https://arca.fiocruz.br/bitstreams/c5ccc3bd-1d75-43ce-9b88-c0ac0555ea0b/downloadd13ac0304dc100f8169c6a828088e702MD53falseAnonymousREADTHUMBNAILraissa_amaral_fioba_mest_2025.pdf.jpgraissa_amaral_fioba_mest_2025.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg18674https://arca.fiocruz.br/bitstreams/c23f02db-7893-40c2-9468-51323577a128/download5cf1d43e6c5dbe29106d35d03b80abd4MD54falseAnonymousREADicict/747242026-01-23 12:05:30.601open.accessoai:arca.fiocruz.br:icict/74724https://arca.fiocruz.brRepositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352026-01-23T15:05:30Repositório Institucional da Fiocruz (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz)falseTk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=
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