Caracterização de Acinetobacter spp. multirresistentes produtores de carbapenemases, dos tipos OXA e NDM, isolados de diferentes regiões do Brasil

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2015
Autor(a) principal: Chagas, Thiago Pavoni Gomes
Orientador(a): Asensi, Marise Dutra
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Link de acesso: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/23208
Resumo: Acinetobacter spp. é importante patógeno oportunista devido às suas associações às graves infecções em pacientes criticamente debilitados em diferentes regiões do mundo. No Brasil, Acinetobacter spp. tem sido, particularmente, problemático devido a sua prevalência e perfis de resistência aos antimicrobianos. A disseminação de Acinetobacter no ambiente hospitalar pode ser explicada por vários fatores, incluindo a resistência aos antibióticos, a capacidade de adaptação às condições ambientais desfavoráveis e a formação de biofilmes. O primeiro artigo avaliou os perfis de resistência e o polimorfismo genético de 155 isolados clínicos de A.baumannii provenientes de 11 estados brasileiros do período de 2008 a 2011. Os testes de suscetibilidade aos antimicrobianos foram realizados através do método de disco difusão e E-test. A detecção dos genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-143-like, blaKPC, blaNDM e ISAba1 foi feita através da PCR (Reação em Cadeia da Polimerase). O polimorfismo genético e a relação de clonalidade dos isolados form avaliados com auxílio de Eletroforese de Campo Pulsado em Gel de Agarose (PFGE) e Multilocus Sequence Typing (MLST). Taxas significativas de resistência foram observadas, especialmente, para os carbapenêmicos. O gene blaOXA-51-like, intrínseco à espécie A. baumannii, foi detectado em todos os isolados e blaOXA-23-like, foi positivo para 146 (94.2%). Os demais genes de carbapenemases não foram detectados. Na maioria dos isolados produtores de OXA-23, o gene blaOXA-23-like estava associado a ISAba1. Através do PFGE, os 146 isolados produtores de OXA-23 foram agrupados em 28 genótipos. Foi possível identificar 13 sequence types (ST) através do MLST. Os perfis do PFGE mais prevalentes foram designados como ST15 (CC15), ST1 (CC1) e ST79 (CC79). Os resultados revelaram a disseminação de dois grandes complexos clonais (CC15 e CC79) de A. baumannii produtores de OXA-23 em diferentes estados. No segundo artigo, o projeto de sequência do genoma de uma cepa A. baumannii multirresistente pertencente ao ST15/CC15 isolada em 2009 no Espírito Santo foi descrito. Observou-se, em um genoma com um tamanho estimado de 3.862 pb, genes que conferem resistência a beta-lactâmicos (blaOXA-51, blaOXA-23, blaTEM-1), aos aminoglicosídeos (aphA(6) e aac(3)-IIa) e às sulfonamidas (sul2). No terceiro estudo, foi relatado A. bereziniae produtor de carbapenemase do tipo NDM isolado de um paciente internado em um hospital de Santa Catarina. PCR para genes das carbapenemases e o sequenciamento de DNA permitiu identificar a presença de blaNDM-1. O gene foi localizado inserido em um transposon Tn125 dentro de um plasmídeo de tamanho de 41 kb. Relatos de Acinetobacter spp. resistentes aos carbapenêmicos estão aumentando em todo o mundo e as carbapenemases do tipo OXA compreendem os principais mecanismos associados. Nesta perspectiva da resistência aos antimicrobianos, Acinetobacter spp. estabelece um grande desafio à terapia antimicrobiana e a disseminação dos seus genes de resistência parecem adquirir novas dinâmicas. A associação de um gene de carbapenemase e A. bereziniae, uma espécie que raramente é encontrada em amostras clínicas humanas, alerta para a emergência de espécies de Acinetobacter não-baumannii multirresistentes e sugere que estas podem servir como um reservatório para a transferência de determinantes genéticos de resistência.
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A disseminação de Acinetobacter no ambiente hospitalar pode ser explicada por vários fatores, incluindo a resistência aos antibióticos, a capacidade de adaptação às condições ambientais desfavoráveis e a formação de biofilmes. O primeiro artigo avaliou os perfis de resistência e o polimorfismo genético de 155 isolados clínicos de A.baumannii provenientes de 11 estados brasileiros do período de 2008 a 2011. Os testes de suscetibilidade aos antimicrobianos foram realizados através do método de disco difusão e E-test. A detecção dos genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-143-like, blaKPC, blaNDM e ISAba1 foi feita através da PCR (Reação em Cadeia da Polimerase). O polimorfismo genético e a relação de clonalidade dos isolados form avaliados com auxílio de Eletroforese de Campo Pulsado em Gel de Agarose (PFGE) e Multilocus Sequence Typing (MLST). Taxas significativas de resistência foram observadas, especialmente, para os carbapenêmicos. O gene blaOXA-51-like, intrínseco à espécie A. baumannii, foi detectado em todos os isolados e blaOXA-23-like, foi positivo para 146 (94.2%). Os demais genes de carbapenemases não foram detectados. Na maioria dos isolados produtores de OXA-23, o gene blaOXA-23-like estava associado a ISAba1. Através do PFGE, os 146 isolados produtores de OXA-23 foram agrupados em 28 genótipos. Foi possível identificar 13 sequence types (ST) através do MLST. Os perfis do PFGE mais prevalentes foram designados como ST15 (CC15), ST1 (CC1) e ST79 (CC79). Os resultados revelaram a disseminação de dois grandes complexos clonais (CC15 e CC79) de A. baumannii produtores de OXA-23 em diferentes estados. No segundo artigo, o projeto de sequência do genoma de uma cepa A. baumannii multirresistente pertencente ao ST15/CC15 isolada em 2009 no Espírito Santo foi descrito. Observou-se, em um genoma com um tamanho estimado de 3.862 pb, genes que conferem resistência a beta-lactâmicos (blaOXA-51, blaOXA-23, blaTEM-1), aos aminoglicosídeos (aphA(6) e aac(3)-IIa) e às sulfonamidas (sul2). No terceiro estudo, foi relatado A. bereziniae produtor de carbapenemase do tipo NDM isolado de um paciente internado em um hospital de Santa Catarina. PCR para genes das carbapenemases e o sequenciamento de DNA permitiu identificar a presença de blaNDM-1. O gene foi localizado inserido em um transposon Tn125 dentro de um plasmídeo de tamanho de 41 kb. Relatos de Acinetobacter spp. resistentes aos carbapenêmicos estão aumentando em todo o mundo e as carbapenemases do tipo OXA compreendem os principais mecanismos associados. Nesta perspectiva da resistência aos antimicrobianos, Acinetobacter spp. estabelece um grande desafio à terapia antimicrobiana e a disseminação dos seus genes de resistência parecem adquirir novas dinâmicas. A associação de um gene de carbapenemase e A. bereziniae, uma espécie que raramente é encontrada em amostras clínicas humanas, alerta para a emergência de espécies de Acinetobacter não-baumannii multirresistentes e sugere que estas podem servir como um reservatório para a transferência de determinantes genéticos de resistência.Acinetobacter spp. is a Gram-negative bacilli recognized to be an opportunistic pathogen increasingly affecting severely ill patients around the world. In Brazil, Acinetobacter has become particularly problematic because of its prevalence and the profiles resistance. The ability to survive under a wide range of environmental conditions and to persist for extended periods of time on surfaces and develop antimicrobial resistance make it an important health care\2013associated pathogen. The first study investigated the resistance profiles and the genetic relationship of 155 Acinetobacter baumannii clinical isolated from inpatients during 2008 to 2011 from 11 Brazilian states. Antimicrobial susceptibility profile was determined by disc diffusion method and Etest. PCR (Polymerase chain reaction) was applied for carbapenemase genes (blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-143-like, blaKPC and blaNDM) and ISAba1. Isolates were subjected to PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis) and MLST (Multilocus Sequence Typing ) for molecular typing. Most of the isolates showed high resistance rates to antibiotics tested, especially carbapenems. The blaOXA-51-like gene was found in all isolates and 146 (94.2%) isolates were positive for blaOXA-23-like. By additional screening, genes encoding for KPC and NDM were not found. In the most OXA-23-producing isolates the blaOXA- 23-like gene was accompanied by ISAba1. A total of 146 OXA-23-producing isolates were clustered into twenty-eight genotypes by PFGE, while molecular analysis by MLST identified 13 sequence types (ST). The most prevalent PFGE profiles were designated as ST15 (CC15), ST1 (CC1) and ST79 (CC79). This study showed the widespread of clonal complexes (CC15 and CC79) of A. baumannii harbouring the blaOXA-23-like gene in different Brazilian states. In the second study presented, the draft genome sequence of a multidrug-resistant A. baumannii (ST15/CC15) isolated in 2009 from Espírito Santo State (South-east, Brazil) was described. We observed important resistance determinant genes in an estimated genome size of 4.102.788 bp with 3.862 predicted coding regions. Our analyses revealed genes conferring resistance to beta-lactams (blaOXA-51, blaOXA-23 and blaTEM-1), to aminoglycosides (aphA(6) and aac(3)-IIa) and to sulphonamides (sul2). In the third study, the first description of NDM-producing Acinetobacter bereziniae in Brazil was reported. A Carbapenemresistant A. bereziniae was recovered from a blood sample of a 21-year-old-man hospitalized patient admitted in a hospital from State of Santa Catarina, Southern Brazil. PCR screening for carbapenemase genes and DNA sequencing allowed us to identify the presence of blaNDM-1. We observed blaNDM-1 gene in a ~41 kb plasmid and located inside a transposon Tn125. In the last years, carbapenem resistant Acinetobacter is increasing worldwide usually related to oxacilinases, mostly involving OXA-23 producers. Acinetobacter spp. has established a great challenge for antimicrobial therapy and its spread and its resistance genes seem to acquire novel dynamics. Here, we also showed an association of a carbapenemase gene (blaNDM) with Acinetobacter bereziniae, a species which is rarely found in human clinical specimens. Emergence of multidrug resistant non-baumannii Acinetobacter suggests that this species may serve as a reservoir for transferring resistance encondig genes to other bacterial species.2018-01-09Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porAcinetobacterResistência Microbiana a Medicamentosbeta-LactamasesEletroforese em Gel de Campo PulsadoTipagem de Sequências MultilocusOxacilinaOxacilinaAcinetobacterResistência Microbiana a Medicamentosbeta-LactamasesEletroforese em Gel de Campo PulsadoTipagem de Sequências MultilocusCaracterização de Acinetobacter spp. multirresistentes produtores de carbapenemases, dos tipos OXA e NDM, isolados de diferentes regiões do Brasilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2015Pós-Graduação em Medicina TropicalFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo CruzRio de Janeiro/RJPrograma de Pós-Graduação em Medicina Tropicalinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/23208/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALthiago_chagas_ioc_dout_2015.pdfthiago_chagas_ioc_dout_2015.pdfapplication/pdf2372533https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/23208/2/thiago_chagas_ioc_dout_2015.pdf470167f64921cfffed5f604c2356cfb7MD52TEXTthiago_chagas_ioc_dout_2015.pdf.txtthiago_chagas_ioc_dout_2015.pdf.txtExtracted texttext/plain272860https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/23208/3/thiago_chagas_ioc_dout_2015.pdf.txta9ae78b65b679f77c47659d4feb61f16MD53icict/232082023-09-04 11:49:32.688oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352023-09-04T14:49:32Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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