Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Barata, Rafael Ribeiro
• Orientador(a): Nunes, Márcio Roberto Teixeira
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: MS/SVS/Instituto Evandro Chagas
• Link de acesso: https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4153
• topic: Micovírus / isolamento & purificação; Micovírus / classificação; Fungos; Microbiologia do Solo; Área de Proteção Ambiental (PA); Ilha do Combu (PA)

Estima-se que existam milhões de espécies de fungos não descobertas no mundo, e grande parte dessa biodiversidade está concentrada em áreas tropicais, como a Amazônia. Nesta região, espécies pouco conhecidas de fungos do solo podem abrigar uma vasta variedade de espécies de vírus, conhecidos como micovírus. Neste estudo, descrevemos três novas espécies de micovírus obtidas do solo da Área de Proteção Ambiental da Ilha do Combu, localizada no estado do Pará, na Amazônia brasileira. Amostras de solo foram coletadas em cinco pontos ao longo de trilhas florestais. Cada amostra foi posteriormente inoculada em placas de Petri contendo ágar batata dextrose para diferenciação entre colônias morfologicamente distintas e isolamento fúngico. O RNA total dos isolados foi extraído e sequenciado usando o Illumina HiSeq 2500. As leituras foram montadas pelo método de novo, e os contigs gerados foram comparados usando Blastx. Os genes ribossomais foram preditos e utilizados para identificação dos fungos usando a região ITS. Os micovírus foram comparados com outros vírus similares disponíveis no banco de dados NCBI através de inferências filogenéticas de máxima verossimilhança baseadas no gene da polimerase. Dos nove fungos isolados, dois continham micovírus. Um micovírus de dsRNA e um de ssRNA positivo, ambos identificados no Simplicillium sympodiophorum, indicando uma coinfecção. Um micovírus de ssRNA negativo também foi detectado em Mucor irregularis. Estes três vírus são espécies novas, e para eles sugerimos os nomes Combu double-strand RNA mycovirus (CDRV), Combu positive-strand RNA mycovirus (CPRV) e Combu negative-strand RNA mycovirus (CNRV). Esses novos vírus são filogeneticamente próximos dos vírus da família Amalgaviridae, no gênero Ourmiavirus e da ordem Bunyavirales, respectivamente. Nossas análises mostram a necessidade urgente de um método expandido de organização taxonômica para esses novos micovírus e outros micovírus ainda não classificados relatados na literatura.