Análise computacional da diversidade genética e investigação da estabilidade da vacina brasileira contra a Febre Amarela

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Andrade, Amanda Araújo Serrão de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Laboratório Nacional de Computação Científica; Coordenação de Pós-Graduação e Aperfeiçoamento (COPGA); Brasil; LNCC; Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional
• Palavras-chave em Português: Febre amarela; Estabilidade genética vacinal; Vacinas atenuadas virais; CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE::MEDICINA::CLINICA MEDICA::DOENCAS INFECCIOSAS E PARASITARIAS
• Link de acesso: https://tede.lncc.br/handle/tede/325

A vacina contra a Febre Amarela é produzida a partir da atenuação do vírus causador da doença Febre Amarela e atualmente possui duas linhagens: 17D e 17DD. A linhagem 17D é utilizada para a produção vacinal em diversos países, enquanto que a linhagem 17DD é utilizada exclusivamente no Brasil. As altas taxas de diversidade genética inerentes aos genomas de vírus de RNA criam diferentes populações virais contidas em um mesmo ambiente, chamadas de quasispecies. O surgimento de quasiespecies em lotes vacinais ocorre durante a replicação viral realizada por meio de passagens celulares que caracterizam o sistema lote semente de produção vacinal. O número de passagens celulares realizadas entre o lote semente primário, o lote semente de trabalho e os lotes vacinais influencia a existência de quasispecies que podem causar alterações na estabilidade genética e na imunogenicidade de genótipos atenuados, através do aumento da atenuação ou do aumento da virulência. O presente trabalho tem como objetivo principal investigar a diversidade e a estabilidade genética de lotes vacinais da linhagem 17DD utilizando abordagens de biologia computacional. A partir do sequenciamento de nova geração, foram realizadas a caracterização genômica e a análise de diversidade genética entre os lotes da vacina brasileira contra a Febre Amarela, produzidos por BioManguinhos - Fiocruz e utilizados durante 11 anos de vacinação no Brasil. Foi desenvolvido o workflow computacional V2IDA que realizou a análise da diversidade genética a partir da identificação de polimorfismos de nucleotídeos únicos e da reconstrução de quasiespecies presentes em lotes vacinais da linhagem 17DD. Além disso, o workflow foi utilizado para identificar as divergências genéticas entre vírus pertencentes a cada linhagem atenuada (17D e 17DD) e o vírus ancestral patogênico. A utilização do workflow permitiu a identificação de quasispecies virais, forneceu relação entre a diversidade genética, mantida através do sistema lote semente e a confirmação de estabilidade genética de lotes da vacina brasileira contra a Febre Amarela. O presente trabalho abre precedentes para a utilização do workflow V2IDA na análise da diversidade genética e investigação in silico da estabilidade de vacinas atenuadas virais, facilitando a vigilância genética durante o processo de produção vacinal