Desenvolvimento de software para análises computacionais de genomas e metagenomas marinhos

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2013
Autor(a) principal: Vieira, Náyra Menezes
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Laboratório Nacional de Computação Científica
Serviço de Análise e Apoio a Formação de Recursos Humanos
BR
LNCC
Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Bioinformática
Genoma
Bioinformatics
Genomes
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
Link de acesso: https://tede.lncc.br/handle/tede/176
Resumo: O estudo da diversidade e taxonomia microbiana é de suma importância para o melhor entendimento da ecologia de microrganismos. A taxonomia microbiana tem passado por importantes transformações com o advento da genômica. Até recentemente a taxonomia dependia exclusivamente da hibridização de DNA-DNA para determinação de espécies e descrição de espécies novas. A partir da análise de assinaturas genômicas (Identidade Média de Aminoácidos (AAI) e Assinatura de Karlin) é possível agora determinar a similaridade entre genomas microbianos. Porém, o cálculo destas assinaturas também consome tempo. A automatização destes cálculos por meio de um software foi o objetivo desta dissertação de mestrado. Para a construção do software foi escolhida a linguagem Java por sua característica multiplataforma, que permite utilização em sistemas operacionais Windows, Linux e iOS. Para o desenvolvimento foi utilizado o software Eclipse VE e arquivos batch para integração com o Blast versão 2.2.25+ utilizado para comparação de identidade entre genomas. O novo software realiza os cálculos de AAI e assinatura de Karlin para múltiplos genomas e metagenomas em tempo real. O novo software permitiu o estudo da taxonomia do gênero Mycoplasma e da espécie Phrochlorococcus marinus. De acordo com as análises da assinatura e AAI esta espécie compreenderia 10 outras espécies, o que indica a necessidade de revisão taxonômica. Já o gênero Mycoplasma é polifilético e compreende possivelmente diferentes gêneros. O presente estudo avança o conhecimento taxonômico de grupos relevantes no meio marinho, além de criar uma ferramenta útil para análise de genomas e metagenomas.
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