Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante
Ano de defesa: | 2011 |
---|---|
Autor(a) principal: | |
Orientador(a): | |
Banca de defesa: | , , |
Tipo de documento: | Dissertação |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
Idioma: | por |
Instituição de defesa: |
Laboratório Nacional de Computação Científica
|
Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional
|
Departamento: |
Serviço de Análise e Apoio a Formação de Recursos Humanos
|
País: |
BR
|
Palavras-chave em Português: | |
Área do conhecimento CNPq: | |
Link de acesso: | https://tede.lncc.br/handle/tede/27 |
Resumo: | Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior |
id |
LNCC_b5765f0d4166adacb9e74cd99cd856a8 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:tede-server.lncc.br:tede/27 |
network_acronym_str |
LNCC |
network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC |
repository_id_str |
|
spelling |
Dardenne, Laurent EmmanuelCPF:49809431104http://lattes.cnpq.br/8344194525615133Magalhães, Camila Silva deCPF:09090909090http://lattes.cnpq.br/5956779016222823Caffarena, Ernesto RaúlCPF:05509835702http://lattes.cnpq.br/8742778337409951Barbosa, Helio José CorrêaCPF:194 306 716 34http://lattes.cnpq.br/0375745110240885Andricopulo, Adriano DefiniCPF:61585556068http://lattes.cnpq.br/5598322661148873CPF:81861630263http://lattes.cnpq.br/2956577623367895Almeida, Diogo Marinho2015-03-04T18:50:32Z2011-11-032011-03-24ALMEIDA, Diogo Marinho. Dockthor:Implementation, upgrade and validation of a receptor-ligand Docking software. 2011. 137 f. Dissertação (Mestrado em Modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, 2011.https://tede.lncc.br/handle/tede/27Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Diogo_Marinho.pdf: 3506314 bytes, checksum: 33551832c16356372e97856d79324b25 (MD5) Previous issue date: 2011-03-24Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel SuperiorOs métodos computacionais de docking receptor-ligante são importantes ferramentas utilizadas em estudos na quimica medicinal, auxiliando o processo de descoberta de novos fármacos para alvos moleculares envolvidos em doenças sem tratamento, ou que necessitam de novos tratamentos quimioterápicos. Estes métodos são parte importante dentro da abordagem conhecida como desenho racional de fármacos baseado em estruturas. Esta dissertação apresenta o desenvolvimento da nova versão do programa Dockthor, para docking molecular de ligante flexível, tendo como inovações: (i) uma nova e completa implementação computacional com o aperfeiçoamento do algoritmo genético não-geracional de múltiplas soluções; (ii) a implementação do campo de força molecular MMFF94; (iii) a criação de ferramentas auxiliares para parametrização automática de ligantes, cofatores e receptores protéicos; (iv) introdução da opção de triagem virtual. A nova versão do programa foi validada utilizando dois conjuntos teste. O primeiro envolvendo cinco ligantes altamente flexíveis do receptor HIV-I protease. O segundo, envolvendo 35 complexos receptor-ligante com uma grande diversidade strutural e química nos ligantes, associados a receptores representativos de 18 famílias de proteínas. A validação do programa foi feita através de experimentos de redocking sem utilizar nenhuma etapa de pré-otimizacão do ligante dentro do sítio receptor. Os resultados obtidos são considerados muito bons nos seguintes aspectos: (i) foi obtida uma taxa de sucesso de cerca de 80% (90%) no redocking de ligantes da HIV-1 protease considerando as solucoes de menor energia (menorRMSD); (ii) foi obtida uma taxa de sucesso de cerca de 94% (99%) no redocking do conjunto mais amplo de ligantes considerando as solucoes de menor energia (menor RMSD); (iii) com exceção de dois casos, todas as soluções de menor energia encontradas apresentavam um RMSD < 2.5 _A com relação a estrutura experimental. Os excelentes resultados obtidos nos experimentos de redocking mostram que o programa está apto para estudos de interações receptor-ligante envolvendo moléculas de interesse na química medicinal. As facilidades introduzidas no programa Dockthor permitirão a sua disponibilização e uso pela comunidade acadêmica e grupos de pesquisa atuantes na área de desenho racional de fármacos.application/pdfhttp://tede-server.lncc.br:8080/retrieve/349/Diogo_Marinho.pdf.jpghttp://tede-server.lncc.br:8080/retrieve/575/Diogo_Marinho.pdf.jpgporLaboratório Nacional de Computação CientíficaPrograma de Pós-Graduação em Modelagem ComputacionalLNCCBRServiço de Análise e Apoio a Formação de Recursos HumanosAlgoritmos genéticosBioinformáticaBiologia molecular- Processamento eletrônico de DadosAtracamento r-liganteDesenho racional de fármacosCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULARDockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-liganteDockthor:Implementation, upgrade and validation of a receptor-ligand Docking softwareinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCCinstname:Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC)instacron:LNCCORIGINALDiogo_Marinho.pdfapplication/pdf3506314http://tede-server.lncc.br:8080/tede/bitstream/tede/27/1/Diogo_Marinho.pdf33551832c16356372e97856d79324b25MD51THUMBNAILDiogo_Marinho.pdf.jpgDiogo_Marinho.pdf.jpgimage/jpeg3184http://tede-server.lncc.br:8080/tede/bitstream/tede/27/2/Diogo_Marinho.pdf.jpgd6459433b40c51e0b0cfbad4d6f8764eMD52tede/272018-07-04 09:59:37.951oai:tede-server.lncc.br:tede/27Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://tede.lncc.br/PUBhttps://tede.lncc.br/oai/requestlibrary@lncc.br||library@lncc.bropendoar:2018-07-04T12:59:37Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC - Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC)false |
dc.title.por.fl_str_mv |
Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante |
dc.title.alternative.eng.fl_str_mv |
Dockthor:Implementation, upgrade and validation of a receptor-ligand Docking software |
title |
Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante |
spellingShingle |
Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante Almeida, Diogo Marinho Algoritmos genéticos Bioinformática Biologia molecular- Processamento eletrônico de Dados Atracamento r-ligante Desenho racional de fármacos CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULAR |
title_short |
Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante |
title_full |
Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante |
title_fullStr |
Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante |
title_full_unstemmed |
Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante |
title_sort |
Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante |
author |
Almeida, Diogo Marinho |
author_facet |
Almeida, Diogo Marinho |
author_role |
author |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Dardenne, Laurent Emmanuel |
dc.contributor.advisor1ID.fl_str_mv |
CPF:49809431104 |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/8344194525615133 |
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv |
Magalhães, Camila Silva de |
dc.contributor.advisor-co1ID.fl_str_mv |
CPF:09090909090 |
dc.contributor.advisor-co1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/5956779016222823 |
dc.contributor.referee1.fl_str_mv |
Caffarena, Ernesto Raúl |
dc.contributor.referee1ID.fl_str_mv |
CPF:05509835702 |
dc.contributor.referee1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/8742778337409951 |
dc.contributor.referee2.fl_str_mv |
Barbosa, Helio José Corrêa |
dc.contributor.referee2ID.fl_str_mv |
CPF:194 306 716 34 |
dc.contributor.referee2Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/0375745110240885 |
dc.contributor.referee3.fl_str_mv |
Andricopulo, Adriano Defini |
dc.contributor.referee3ID.fl_str_mv |
CPF:61585556068 |
dc.contributor.referee3Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/5598322661148873 |
dc.contributor.authorID.fl_str_mv |
CPF:81861630263 |
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/2956577623367895 |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Almeida, Diogo Marinho |
contributor_str_mv |
Dardenne, Laurent Emmanuel Magalhães, Camila Silva de Caffarena, Ernesto Raúl Barbosa, Helio José Corrêa Andricopulo, Adriano Defini |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Algoritmos genéticos Bioinformática Biologia molecular- Processamento eletrônico de Dados Atracamento r-ligante Desenho racional de fármacos |
topic |
Algoritmos genéticos Bioinformática Biologia molecular- Processamento eletrônico de Dados Atracamento r-ligante Desenho racional de fármacos CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULAR |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULAR |
description |
Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior |
publishDate |
2011 |
dc.date.available.fl_str_mv |
2011-11-03 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2011-03-24 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2015-03-04T18:50:32Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
ALMEIDA, Diogo Marinho. Dockthor:Implementation, upgrade and validation of a receptor-ligand Docking software. 2011. 137 f. Dissertação (Mestrado em Modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, 2011. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://tede.lncc.br/handle/tede/27 |
identifier_str_mv |
ALMEIDA, Diogo Marinho. Dockthor:Implementation, upgrade and validation of a receptor-ligand Docking software. 2011. 137 f. Dissertação (Mestrado em Modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, 2011. |
url |
https://tede.lncc.br/handle/tede/27 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Laboratório Nacional de Computação Científica |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
LNCC |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
BR |
dc.publisher.department.fl_str_mv |
Serviço de Análise e Apoio a Formação de Recursos Humanos |
publisher.none.fl_str_mv |
Laboratório Nacional de Computação Científica |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC instname:Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) instacron:LNCC |
instname_str |
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) |
instacron_str |
LNCC |
institution |
LNCC |
reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC |
collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://tede-server.lncc.br:8080/tede/bitstream/tede/27/1/Diogo_Marinho.pdf http://tede-server.lncc.br:8080/tede/bitstream/tede/27/2/Diogo_Marinho.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
33551832c16356372e97856d79324b25 d6459433b40c51e0b0cfbad4d6f8764e |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC - Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) |
repository.mail.fl_str_mv |
library@lncc.br||library@lncc.br |
_version_ |
1797689458672271360 |