[en] PROVENANCE FOR BIOINFORMATICS WORKFLOWS

• Ano de defesa: 2011
• Autor(a) principal: LUCIANA DA SILVA ALMENDRA GOMES
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: MAXWELL
• Palavras-chave em Português: [pt] WORKFLOW; [pt] PROVENIENCIA; [pt] BIOINFORMATICA; [en] WORKFLOW; [en] PROVENANCE; [en] BIOINFORMATICS
• Link de acesso: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=18566&idi=1; https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=18566&idi=2; http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.18566

[pt] Muitos experimentos científicos são elaborados como fluxos de tarefas computacionais, que podem ser implementados através do uso de linguagens de programação. Na área de bioinformática é muito comum o uso de scripts ad-hoc para construir fluxos de tarefas. Os Sistemas de Gerência de Workflow Científico (SGWC) surgiram como uma alternativa a estes scripts. Uma das funcionalidades desses sistemas que têm recebido bastante atenção pela comunidade científica é a captura automática de dados de proveniência. Estes permitem averiguar quais foram os recursos e parâmetros utilizados na geração dos resultados, dentre muitas outras informações indispensáveis para a validação e publicação de um experimento. Neste trabalho foram levantados alguns desafios na área de proveniência de dados em SGWCs, como por exemplo (i) a heterogeneidade de formas de representação dos dados nos diferentes sistemas, dificultando a compreensão e a interoperabilidade; (ii) o armazenamento de dados consumidos e produzidos e (iii) a reprodutibilidade de uma execução específica. Estes desafios motivaram a elaboração de um esquema conceitual de proveniência de dados para a representação de workflows. Foi implementada também uma extensão em um SGWC específico (BioSide) para incluir dados de proveniência e armazená-los utilizando o esquema conceitual proposto. Foram priorizados neste trabalho alguns requisitos comumente encontrados em workflows de Bioinformática.