wCReF : uma interface web para o método CReF de predição da estrutura 3D aproximada de proteínas

• Ano de defesa: 2015
• Autor(a) principal: Machado, Vanessa Stangherlin
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul; Faculdade de Informática; Brasil; PUCRS; Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação
• Palavras-chave em Português: Bioinformática; Servidores de Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas; Usabilidade; Interface Web; Avaliação Heurística; CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
• Link de acesso: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7698

A predição da estrutura terciária de proteínas é um problema da Bioinformática Estrutural ainda não solucionado pela ciência. O desafio é entender a relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína e sua estrutura tridimensional 3D, que está relacionada à função destas macromoléculas. Dentre os métodos relacionados à predição de estruturas de proteínas está o Método CReF (Central Residue Fragment-based Method), proposto por Dorn & Norberto de Souza (2008), para predição da estrutura 3D aproximada de uma proteína ou polipeptídio. Nesta dissertação, apresentamos o wCReF, a interface Web para o método CReF desenvolvida com o enfoque em usabilidade. Com esta ferramenta o usuário informa a sequência de aminoácidos de sua proteína alvo, e como resultado obtém a estrutura 3D aproximada de uma proteína, de forma automatizada, sem a necessidade de instalação das ferramentas necessárias para sua utilização. Para definir os requisitos necessários para seu desenvolvimento foram realizadas avaliações de usabilidade, realizadas por especialistas em Interação Humano-Computador e da área de domínio, a bioinformática, em três servidores de predição de estruturas de proteínas - I-TASSER, QUARK e Robetta - todos participantes do CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction). As inspeções foram realizadas através do método de Avaliação Heurística, utilizando as 10 heurísticas de Nielsen. Como resultado, foram encontradas violações em todas as heurísticas e detectados 89 problemas de usabilidade. Eles foram classificados em 5 severidades, 29 pontuados como sendo de alta prioridade de solução e 25 problemas de resolução imediata. Os resultados das avaliações serviram como orientação norteadora dos principais recursos que o wCReF deveria possuir, compilados em um documento de requisitos de software, para sua implementação. A partir desta etapa foi realizada a prototipagem, vislumbrando a detecção de novos problemas de usabilidade, com os usuários finais, através da adaptação do questionário de satisfação de Ssemugabi. Como produto final, apresentamos o servidor wCReF alicerçado na preocupação com a usabilidade e interação com seus usuários. Além disso, este estudo pode contribuir para melhoria da usabilidade das aplicações de bioinformática já existentes, dos servidores de predição analisados e no desenvolvimento de novas ferramentas científicas.