reSHAPE : montagem híbrida de genomas com foco em organismos bacterianos combinando ferramentas de novo

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2017
Autor(a) principal: Paz, Hério Ênio de Sousa
Orientador(a): Senger, Hermes lattes
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de São Carlos
Câmpus São Carlos
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação - PPGCC
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Sequenciamento
Nova geração
Genomas
Montagem
Bactéria
Pipeline
Área do conhecimento CNPq:
CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
Link de acesso: https://repositorio.ufscar.br/handle/20.500.14289/9508
Resumo: No summary
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Essas tecnologias fazem uso de diversos métodos que paralelizam o processo de sequenciamento, produzindo grandes quantidades de leituras simultaneamente. Algoritmos de montagem de genomas usualmente são desenvolvidos para trabalhar com tecnologias específicas de sequenciamento. No entanto, uma grande quantidade de genomas ainda não foram reunidas em um único fragmento. Com isso diversas abordagens híbridas, que utilizam mais de um tipo de leitura, vêm sendo desenvolvidas. Um dos objetos de estudo deste trabalho é a bactéria Pseudomonas aeruginosa CCBH4851, um agente causador de infecções hospitalares, e ainda não tinha o seu genoma completamente montado. Motivado pelo problema de montagem desse genoma, este trabalho propõe o desenvolvimento do reSHAPE: um pipeline híbrido para montagem de genomas de bactérias, que possibilite tanto gerar novas montagens quanto melhorar montagens já existentes de diversos genomas, por meio da integração de diversos métodos e ferramentas de novo. A partir da montagem gerada pelo reSHAPE, foi possível finalizar o genoma da P. aeruginosa manualmente em apenas um fragmento. Além disso, o reSHAPE foi capaz de melhorar a atual montagem de outras bactérias, obtendo resultados superiores ao estado da arte dos montadores híbridos.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)porUniversidade Federal de São CarlosCâmpus São CarlosPrograma de Pós-Graduação em Ciência da Computação - PPGCCUFSCarSequenciamentoNova geraçãoGenomasMontagemBactériaPipelineCIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAOreSHAPE : montagem híbrida de genomas com foco em organismos bacterianos combinando ferramentas de novoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis6 meses após a data da defesa6006002947c428-30b1-4d14-8369-e5871a4d7accinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFSCARinstname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)instacron:UFSCARLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81957https://repositorio.ufscar.br/bitstreams/97d0bc83-a907-4892-8f7c-65bf86c00eb8/downloadae0398b6f8b235e40ad82cba6c50031dMD53falseAnonymousREADORIGINALPAZ_Hério_2018.pdfPAZ_Hério_2018.pdfapplication/pdf1198077https://repositorio.ufscar.br/bitstreams/de6a9b87-f7fa-4ac8-842e-a966b329ffa4/downloade6f5ff12fb551b83ccef4ea6b49b7ce3MD54trueAnonymousREADTEXTPAZ_Hério_2018.pdf.txtPAZ_Hério_2018.pdf.txtExtracted texttext/plain124711https://repositorio.ufscar.br/bitstreams/4d9fa014-4df4-45c0-8982-9e702c1498dd/download1938cbbcfeca20371b2252ebe52482f4MD57falseAnonymousREADTHUMBNAILPAZ_Hério_2018.pdf.jpgPAZ_Hério_2018.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg8391https://repositorio.ufscar.br/bitstreams/739d7cbe-e629-4812-b496-229ba31417f0/downloadab5f6c939764b36738778f9ff27bbdfeMD58falseAnonymousREAD20.500.14289/95082025-02-05 17:42:03.745Acesso abertoopen.accessoai:repositorio.ufscar.br:20.500.14289/9508https://repositorio.ufscar.brRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufscar.br/oai/requestrepositorio.sibi@ufscar.bropendoar:43222025-02-05T20:42:03Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)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