Associação genômica para a característica marmoreio em diferentes linhagens de suínos

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Netto, Mathias Sunye
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: eng
• Palavras-chave em Português: genes candidatos; gordura intramuscular; qualidade da carne; melhoramento genético; GWAS
• Link de acesso: https://repositorio.udesc.br/handle/UDESC/23472

O marmoreio é a gordura intramuscular (IMF), característica essencial para a qualidade da carne suína, pois influencia sabor, maciez e apelo visual. Por ser multifatorial e poligênica, é regida por mecanismos genéticos complexos. Estudos de associação genômica ampla (GWAS) têm avançado o entendimento do controle genético de características complexas, especialmente aquelas com herdabilidade moderada a alta, permitindo melhorias genéticas rápidas em suínos. Este estudo identificou regiões genômicas e genes associados ao marmoreio em cinco linhagens suínas: três puras (Duroc, Large White e Pietrain) e duas sintéticas (Sintética e HS). Foram genotipadas 2.475 porcas de linhas machos, nascidas entre 2012 e 2024, usando painéis Illumina de 50K e 80K SNPs. O GWAS foi conduzido com o PLINK 2.0 e as análises funcionais foram realizadas com os bancos de dados Ensembl, Revigo, DifferentialNet e BioMart para anotação e enriquecimento de genes. Identificaram-se 237 regiões genômicas significativas em 18 cromossomos, incluindo regiões não mapeadas. A linhagem HS apresentou o maior número de SNPs significativos representativos (80), com destaque para o cromossomo 13 (25 SNPs), seguidos pelos cromossomos 12 (13 SNPs), 15 (8 SNPs) e 6 (7 SNPs). A linhagem Sintética exibiu 23 SNPs, concentrados no cromossomo 13 (6 SNPs), enquanto a Pietrain apresentou 15 SNPs, majoritariamente no cromossomo 6 (14 SNPs). Duroc e Large White tiveram 8 e 4 SNPs, respectivamente, com a maior concentração de SNP das linhagens ocorrendo nos cromossomos 14 (2 SNPs) e 6 (2 SNPs). Diversos genes candidatos foram identificados, incluindo o RYR1, SCPEP1 e NLK, previamente associados ao marmoreio, e também novos genes candidatos, como CEBPA, CEBPG, PTGR2, SERPINE1, BCAR1, CTNNA1, TPM1, CLU, DLX3, DLX4, ZPLD1 e ACTN4, entre outros. Alguns genes se destacaram por estarem sobrepostos a regiões de QTL previamente identificadas para marmoreio, como GRIK5, RABEP1 e ZNF594, ou com QTLs para IMF, como ZNF792, ZNF566, CUBN, BMS1, CSGALNACT2, CCDC6 e ENSSSCG00000011030. Os resultados ampliam o conhecimento sobre os mecanismos genéticos envolvidos com marmoreio, formando uma base para o desenvolvimento de marcadores genéticos que, após validados, poderão ser utilizados em programas de melhoramento de suínos. Essas descobertas podem aprimorar a qualidade da carne suína nas populações estudadas por meio da seleção genômica, contribuindo para avanços na suinocultura.