Detecção de Leishmania chagasi em Lutzomyia longipalpis por meio de qPCR em tempo real: triagem de genes e métodos quantitativos

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2010
Autor(a) principal: Vasconcelos, Diana Romão Bezerra
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Estadual do Ceará
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://siduece.uece.br/siduece/trabalhoAcademicoPublico.jsf?id=66932
Resumo: A Leishmaniose Visceral é uma doença endêmica no Brasil cujo agente etiológico é o protozoário Leishmania chagasi e o principal vetor é o flebotomíneos da espécie Lutzomyia longipalpis. Estudos epidemiológicos têm utilizado a PCR convencional para mensurar a taxa de infecção de flebotomíneos coletados a campo. Entretanto, a PCR em tempo real consegue detectar cargas parasitária muito baixas, reduzindo a quantidade de falso negativo e quantificando o número de leishmânias no flebotomíneos. Este trabalho objetivou comparar genes com diferentes números de cópias para detectar e quantificar L. chagasi em diferentes pools de L longipalpis através da PCR em tempo real. Foram misturados pools de L longipalpis contendo 1, 10 e 30 exemplares machos com L. chagasi oriunda de dilução seriada, formando grupos com 50, 500, 5.000 e 50.000 parasitos. Para amplificação do DNA de L. chagasi, foram usados primers direcionados para o gene que codifica a polimerase α, a subunidade ribossomal 18S e o kDNA. A especificidade foi determinada pela análise da curva de melting após cada PCR e visualização do produto amplificado em gel de agasose a 1,5%. Os parasitos foram mensurados por quantificação absoluta e relativa. Determinou-se a lineridade (R2 ) e a eficiência (E) das reações de PCR a partir de curvas padrão geradas para cada gene usando diluições seriadas de DNA de leishmânia e flebotomíneo. As curvas padrão foram estabelecidas com amostras variando de 0,23 fg a 2,3 ng de DNA de leishmâmia e 1,46 pg a 14,6 ng de DNA de flebotomíneo. A análise da PCR demonstrou a capacidade de amplificar até 0,004 parasitas. A quantificação dos parasitos usando primers que amplificam o gene da polimerase α apresentou inexatidão, principalmente em grupos com reduzido número de leishmânias. Em relação ao gene que codifica o 18S, a estimativa foi mais exata, porém imprecisa. Os melhores resultados foram observados com os primers que amplificam o kDNA, especialmente na quantificação relativa, onde não houve interferência do tamanho do pool de flebotomíneos. A amplificação do kDNA apresentou a maior sensibilidade dentre os genes testados, bem como mensurações exatas e precisas. Palavras-Chave: Leishmania chagasi, Lutzomyia longipalpis, PCR, genes.
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Foram misturados pools de L longipalpis contendo 1, 10 e 30 exemplares machos com L. chagasi oriunda de dilução seriada, formando grupos com 50, 500, 5.000 e 50.000 parasitos. Para amplificação do DNA de L. chagasi, foram usados primers direcionados para o gene que codifica a polimerase α, a subunidade ribossomal 18S e o kDNA. A especificidade foi determinada pela análise da curva de melting após cada PCR e visualização do produto amplificado em gel de agasose a 1,5%. Os parasitos foram mensurados por quantificação absoluta e relativa. Determinou-se a lineridade (R2 ) e a eficiência (E) das reações de PCR a partir de curvas padrão geradas para cada gene usando diluições seriadas de DNA de leishmânia e flebotomíneo. As curvas padrão foram estabelecidas com amostras variando de 0,23 fg a 2,3 ng de DNA de leishmâmia e 1,46 pg a 14,6 ng de DNA de flebotomíneo. A análise da PCR demonstrou a capacidade de amplificar até 0,004 parasitas. A quantificação dos parasitos usando primers que amplificam o gene da polimerase α apresentou inexatidão, principalmente em grupos com reduzido número de leishmânias. Em relação ao gene que codifica o 18S, a estimativa foi mais exata, porém imprecisa. Os melhores resultados foram observados com os primers que amplificam o kDNA, especialmente na quantificação relativa, onde não houve interferência do tamanho do pool de flebotomíneos. A amplificação do kDNA apresentou a maior sensibilidade dentre os genes testados, bem como mensurações exatas e precisas. Palavras-Chave: Leishmania chagasi, Lutzomyia longipalpis, PCR, genes.Visceral leishmaniasis is an endemic disease in Brazil. Its etiological agent is Leishmania chagasi, and its main vector species is the sand fly Lutzomyia longipalpis. Epidemiological studies have used conventional PCR to measure the rate of infection of sand flies collected in the field. However, real-time PCR can detect lower parasitic loads, reducing the number of false negatives and improving the quantification of Leishmania in the sand fly. This paper aimed to compare genes with various numbers of copies to detect and quantify L. chagasi in various pools of L. longipalpis by real-time PCR. We mixed pools of 1, 10 and 30 male sand flies with L. chagasi from serial dilution, forming groups with 50, 500, 5000 and 50000 Leishmania parasites. For the amplification of L. chagasi DNA, primers targeting kDNA and the genes encoding the polymerase and the 18S subunit of the ribosome were employed. Specificity was determined by melting-curve analysis after each PCR and by visualization of amplicons on 1.5% agarose gels. Parasites were measured by absolute and relative quantification. To determine the linearity (R2 ) and the efficiency (E) of the PCR amplifications, standard curves were generated for each gene using serial dilutions of Leishmania and sand fly DNA. The standard curves were established with samples ranging from 0.23 fg to 2.3 ng of Leishmania DNA and 1.46 pg to 14.6 ng sand fly DNA. The PCR analysis demonstrated the capacity to amplify the DNA equivalent of 0.004 parasites. Parasite quantification using primers targeting the polymerase gene exhibited inaccuracy, especially in groups with reduced numbers of Leishmania protozoans, and the measurements suffered interference from the number of sand flies present in the sample. Conversely, in the case of primers targeting the gene encoding the 18S ribosomal subunit, the estimates were more accurate, but imprecise. The best results were observed with primers targeting kDNA, especially in the relative quantification, which indicated no interference from the pool of sand flies and demonstrated the greatest sensitivity among the genes tested as well as accurate and precise estimates. Keywords: Leishmania chagasi, Lutzomyia longipalpis, PCR, genes.Universidade Estadual do CearáClaudia Maria Leal BevilaquaVasconcelos, Diana Romão Bezerra2011-03-02T00:00:00Z2010info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://siduece.uece.br/siduece/trabalhoAcademicoPublico.jsf?id=66932info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UECEinstname:Universidade Estadual do Cearáinstacron:UECE2011-03-02T00:00:00Zoai:uece.br:66932Repositório InstitucionalPUBhttps://siduece.uece.br/siduece/api/oai/requestopendoar:2011-03-02T00:00Repositório Institucional da UECE - Universidade Estadual do Cearáfalse
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