Diversidade taxonômica de estirpes simbiontes de Chamaecrista fasciculata e descrição de uma nova espécie do gênero Bradyrhizobium
| Ano de defesa: | 2024 |
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Resumo: | Resumo: Os microrganismos são capazes de interagir positivamente com as plantas em sistemas agrícolas e ecossistemas sustentáveis, proporcionando ganhos nutricionais para ambos os parceiros envolvidos A principal contribuição para a fixação biológica de nitrogênio (FBN), processo chave para a manutenção do balanço de nutrientes na agricultura, ocorre pela associação simbiótica entre leguminosas pertencentes à família Fabaceae e bactérias do solo coletivamente referidas como rizóbios Bactérias do gênero Bradyrhizobium são consideradas como os microssimbiontes predominantes em leguminosas tropicais Nos últimos anos, um número crescente de estudos filogenéticos relata alta diversidade genética dentro desse gênero, que se destaca pela taxa de crescimento lenta (5 a 7 dias) in vitro a 28 oC, ampla distribuição geográfica e gama de hospedeiros, incluindo leguminosas basais da subfamília Caesalpinioideae A ocorrência de nodulação é rara entre os gêneros de Caesalpinioideae, sendo Chamaecrista o maior gênero nodulífero dentro dessa subfamília Neste estudo, foi conduzida uma análise polifásica com 11 estirpes isoladas de nódulos radiculares de Chamaecrista fasciculata, uma herbácea anual multifuncional dos estados do centro-oeste, leste e sul dos EUA Com base na filogenia do gene 16S RNAr, as estirpes foram agrupadas no superclado de B japonicum A análise da seqüência de multilocus (MLSA, multilocus sequencing analysis) com quatro genes housekeeping (glnII, gyrB, recA e rpoB) corroborou a classificação das 11 estirpes como um novo grupo, compartilhando menos de 95,2 % de identidade nucleotídica com outras espécies de Bradyrhizobium A alta diversidade genética entre as estirpes foi confirmada nas análises do espaço intergênico entre os genes 16S RNAr e 23S RNAr (ITS), MLSA e BOX-PCR A média de identidade de nucleotídeos (ANI, average nucleotide identity) e a análise da hibridação DNA-DNA digital (dDDH, DNA-DNA hybridization) apresentaram valores abaixo do limiar de delimitação de espécies quando comparados com as espécies descritas de Bradyrhizobium, com valores de 8974 % e 4 %, respectivamente Além disso, outras propriedades fenotípicas, genotípicas e simbióticas foram avaliadas Cabe destacar a particularidade de crescimento rápido, três dias, de todas as 11 estirpes in vitro a 37 °C, sugerindo um mecanismo eficiente de tolerância a altas temperaturas Os dados obtidos neste estudo suportam a descrição das 11 estirpes como representantes de uma nova espécie, para a qual foi sugerido o nome radyrhizobium frederickii sp nov |
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Urquiaga, Maria Clara de OliveiraDelamuta, Jakeline Renata Marçon0472a595-5b67-469a-88dd-c7620be0965e-1Ribeiro, Renan Augusto28403616-10d8-4692-8e40-5f3285406e15-1Delamuta, Jakeline Renata Marçon [Coorientadora]c67b9eda-ac62-4e05-818c-6c246776fe7f-18f049569-0154-4b22-a708-965c0e05458141b75259-d339-4584-9061-eb55f11cde10Hungria, Mariangela [Orientador]Londrina2024-05-01T12:14:03Z2024-05-01T12:14:03Z2019.0012.08.2019https://repositorio.uel.br/handle/123456789/10078Resumo: Os microrganismos são capazes de interagir positivamente com as plantas em sistemas agrícolas e ecossistemas sustentáveis, proporcionando ganhos nutricionais para ambos os parceiros envolvidos A principal contribuição para a fixação biológica de nitrogênio (FBN), processo chave para a manutenção do balanço de nutrientes na agricultura, ocorre pela associação simbiótica entre leguminosas pertencentes à família Fabaceae e bactérias do solo coletivamente referidas como rizóbios Bactérias do gênero Bradyrhizobium são consideradas como os microssimbiontes predominantes em leguminosas tropicais Nos últimos anos, um número crescente de estudos filogenéticos relata alta diversidade genética dentro desse gênero, que se destaca pela taxa de crescimento lenta (5 a 7 dias) in vitro a 28 oC, ampla distribuição geográfica e gama de hospedeiros, incluindo leguminosas basais da subfamília Caesalpinioideae A ocorrência de nodulação é rara entre os gêneros de Caesalpinioideae, sendo Chamaecrista o maior gênero nodulífero dentro dessa subfamília Neste estudo, foi conduzida uma análise polifásica com 11 estirpes isoladas de nódulos radiculares de Chamaecrista fasciculata, uma herbácea anual multifuncional dos estados do centro-oeste, leste e sul dos EUA Com base na filogenia do gene 16S RNAr, as estirpes foram agrupadas no superclado de B japonicum A análise da seqüência de multilocus (MLSA, multilocus sequencing analysis) com quatro genes housekeeping (glnII, gyrB, recA e rpoB) corroborou a classificação das 11 estirpes como um novo grupo, compartilhando menos de 95,2 % de identidade nucleotídica com outras espécies de Bradyrhizobium A alta diversidade genética entre as estirpes foi confirmada nas análises do espaço intergênico entre os genes 16S RNAr e 23S RNAr (ITS), MLSA e BOX-PCR A média de identidade de nucleotídeos (ANI, average nucleotide identity) e a análise da hibridação DNA-DNA digital (dDDH, DNA-DNA hybridization) apresentaram valores abaixo do limiar de delimitação de espécies quando comparados com as espécies descritas de Bradyrhizobium, com valores de 8974 % e 4 %, respectivamente Além disso, outras propriedades fenotípicas, genotípicas e simbióticas foram avaliadas Cabe destacar a particularidade de crescimento rápido, três dias, de todas as 11 estirpes in vitro a 37 °C, sugerindo um mecanismo eficiente de tolerância a altas temperaturas Os dados obtidos neste estudo suportam a descrição das 11 estirpes como representantes de uma nova espécie, para a qual foi sugerido o nome radyrhizobium frederickii sp novDissertação (Mestrado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em MicrobiologiaAbstract: Microorganisms can interact positively with plants in agricultural systems and sustainable ecosystems, providing nutritional gains for both partners involved The major contribution to the biological nitrogen fixation (BNF), a key process for maintenance of the nutrients balance in agriculture, occurs by the symbiotic association between legumes belonging to the Fabaceae family and soil bacteria collectively referred as rhizobia Bradyrhizobium is considered as the dominant symbiotic genus of tropical legumes In the last few years, an increasing number of phylogenetic studies report high genetic diversity within the genus Bradyrhizobium, which stands out due to their slow growth rate (5 to 7 days) in vitro at 28 oC, broad geographic distribution and wide host range, including basal legumes of the subfamily Caesalpinioideae Among the Fabaceae subfamilies, nodulation has long been known to be rare in Caesalpinioideae Chamaecrista is considered the largest genus of nodulating caesalpinioids In this study a polyphasic analysis was performed with 11 strains isolated from root nodules of Chamaecrista fasciculata, an annual multi-functional native legume of USA Based on the 16S rRNA gene phylogeny, the strains were clustered in the B japonicum superclade Multilocus sequence analysis (MLSA) with four housekeeping genes (glnII, gyrB, recA and rpoB) confirmed the new group, sharing less than 952 % nucleotide identity with other species Noteworthy, high genetic diversity among the strains was confirmed in the analyses of the intergenic space between the 16S rRNA and the 23S tRNA (ITS), MLSA and BOX-PCR Average nucleotide identity (ANI) and digital DNA–DNA hybridization (dDDH) values were below the threshold of described Bradyrhizobium species, with values of 8974 % and 4 %, respectively Other phenotypic, genotypic and symbiotic properties were evaluated It is important to highlight the unusual fast growth-three days-by all 11 strains in vitro at 37 °C, suggesting a very efficient mechanism of growth tolerance at high temperatures The data obtained in this study support the description of the 11 strains as representatives of a new species, for which the nomenclature of Bradyrhizobium frederickii sp nov has been suggestedporRizóbioMicroorganismos fixadores de nitrogênioCesalpinaceaNitrogênioFixaçãoRhizobiumNitrogen-fixing microorganismsCaesalpiniaceaeNitrogen - FixationDiversidade taxonômica de estirpes simbiontes de Chamaecrista fasciculata e descrição de uma nova espécie do gênero Bradyrhizobiuminfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisMestradoMicrobiologiaCentro de Ciências BiológicasPrograma de Pós-Graduação em Microbiologia-1-1reponame:Repositório Institucional da UELinstname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)instacron:UELinfo:eu-repo/semantics/openAccess28077vtls000229256SIMvtls000229256http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls00022925664.00SIMhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls0002292568095.pdf123456789/2502 - Mestrado - MicrobiologiaORIGINAL8095.pdfapplication/pdf4302362https://repositorio.uel.br/bitstreams/31379aa1-c346-4f8f-974b-85978bda3dbf/downloadeace700badd85c8a277d0e0ebed228eaMD51LICENCElicence.txttext/plain263https://repositorio.uel.br/bitstreams/74f2db10-eb4e-4668-b404-fa19278e0072/download753f376dfdbc064b559839be95ac5523MD52TEXT8095.pdf.txt8095.pdf.txtExtracted texttext/plain267720https://repositorio.uel.br/bitstreams/046b2d8f-e8d2-48c6-bb34-09f5ae721a13/downloade2c51f999787c5033e542a6be73ebd10MD53THUMBNAIL8095.pdf.jpg8095.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3905https://repositorio.uel.br/bitstreams/846ada08-95d2-4c97-bc82-73f5b4b11d2b/downloadd7ebb7a9e3faf35bec78713dde4fefdeMD54123456789/100782024-07-12 01:19:58.215open.accessoai:repositorio.uel.br:123456789/10078https://repositorio.uel.brBiblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bibliotecadigital.uel.br/PUBhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/OAI/oai2.phpbcuel@uel.br||opendoar:2024-07-12T04:19:58Repositório Institucional da UEL - 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Diversidade taxonômica de estirpes simbiontes de Chamaecrista fasciculata e descrição de uma nova espécie do gênero Bradyrhizobium Urquiaga, Maria Clara de Oliveira Rizóbio Microorganismos fixadores de nitrogênio Cesalpinacea Nitrogênio Fixação Rhizobium Nitrogen-fixing microorganisms Caesalpiniaceae Nitrogen - Fixation |
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Resumo: Os microrganismos são capazes de interagir positivamente com as plantas em sistemas agrícolas e ecossistemas sustentáveis, proporcionando ganhos nutricionais para ambos os parceiros envolvidos A principal contribuição para a fixação biológica de nitrogênio (FBN), processo chave para a manutenção do balanço de nutrientes na agricultura, ocorre pela associação simbiótica entre leguminosas pertencentes à família Fabaceae e bactérias do solo coletivamente referidas como rizóbios Bactérias do gênero Bradyrhizobium são consideradas como os microssimbiontes predominantes em leguminosas tropicais Nos últimos anos, um número crescente de estudos filogenéticos relata alta diversidade genética dentro desse gênero, que se destaca pela taxa de crescimento lenta (5 a 7 dias) in vitro a 28 oC, ampla distribuição geográfica e gama de hospedeiros, incluindo leguminosas basais da subfamília Caesalpinioideae A ocorrência de nodulação é rara entre os gêneros de Caesalpinioideae, sendo Chamaecrista o maior gênero nodulífero dentro dessa subfamília Neste estudo, foi conduzida uma análise polifásica com 11 estirpes isoladas de nódulos radiculares de Chamaecrista fasciculata, uma herbácea anual multifuncional dos estados do centro-oeste, leste e sul dos EUA Com base na filogenia do gene 16S RNAr, as estirpes foram agrupadas no superclado de B japonicum A análise da seqüência de multilocus (MLSA, multilocus sequencing analysis) com quatro genes housekeeping (glnII, gyrB, recA e rpoB) corroborou a classificação das 11 estirpes como um novo grupo, compartilhando menos de 95,2 % de identidade nucleotídica com outras espécies de Bradyrhizobium A alta diversidade genética entre as estirpes foi confirmada nas análises do espaço intergênico entre os genes 16S RNAr e 23S RNAr (ITS), MLSA e BOX-PCR A média de identidade de nucleotídeos (ANI, average nucleotide identity) e a análise da hibridação DNA-DNA digital (dDDH, DNA-DNA hybridization) apresentaram valores abaixo do limiar de delimitação de espécies quando comparados com as espécies descritas de Bradyrhizobium, com valores de 8974 % e 4 %, respectivamente Além disso, outras propriedades fenotípicas, genotípicas e simbióticas foram avaliadas Cabe destacar a particularidade de crescimento rápido, três dias, de todas as 11 estirpes in vitro a 37 °C, sugerindo um mecanismo eficiente de tolerância a altas temperaturas Os dados obtidos neste estudo suportam a descrição das 11 estirpes como representantes de uma nova espécie, para a qual foi sugerido o nome radyrhizobium frederickii sp nov |
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