Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Duarte, Felipe Crepaldi
Orientador(a): Perugini, Marcia Regina Eches [Orientador]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://repositorio.uel.br/handle/123456789/16308
Resumo: Resumo: Staphylococcus aureus é um microrganismo versátil que causa grande diversidade de infecções, acomentendo tecidos superficiais ou ocasionando síndromes invasivas, como pneumonias e bacteremias Esse trabalho teve como objetivos analisar a resistência, virulência e as relações epidemiológicas e genéticas de Staphylococcus aures,oriundos de sangue e secreção traqueal, em um hospital terciário do sul do Brasil A identificação dos microganismo, bem como a determinação do perfil de resistência aos antimicrobianos, foi realizada por metodologia manual, de acordo com o CLSI, 218, e automatizada utilizando ossistemasVitek®2 (bioMeriéux-USA), Phoenix® (Becton, Dickinson) e Microscan® (Siemens- Califórnia) A concentração inibitória mímina de vancomicina foi deterinada por fitas de e-test®(bioMeriéux-USA) O DNA total dos isolados, extraido por protocolo enzimático, foi utilizado para pesquisa dos genes mecA, icaA, pvl e tsst, além da análise dos Complexos Clonais e Sequence Typing Foi realizado, para um isolado, sequenciamento genômico total utilizando a plataforma Miseq® (Illumina) Foram avaliados 72 isolados de S aureus provenientes de bacteremia entre os anos de 21-215 Observou-se que, para os antimicrobianos ciprofloxacina, eritromicina, oxacilina e clindamicina houve aumento no percentual de isolados resistentes, com tendência de elevaçãoEnquanto para gentamicina, rifampicina, tetraciclina e sulfametoxazol-trimetoprima houve queda nos percentuais O periodo de avaliação para vancomicina foi de cinco anos (211-215), mostrando elevação nas concentrações inibitórias mínimas Para os anos de 215-216, 15 isolados de S aureus oriundos de sangue e secreção traqueal foram avaliados Verificou-se que 81,9 % dos isolados foram positivos para o gene mecA Na amplificação dos tipos SCCmec o tipo II foi detectado como prevalente, sendo positivo em 61,67%, 23,33% pertenciam ao tipo IV, 13,33% foram do tipo I e apenas uma amostra, 1,67%, continha o tipo III Verificou-se ainda, a presença de 3 Sequence Type e 18 Complexos Clonais, sendo que os mais frequentes foram ST63 (12,16%), ST6 (8,1%) e ST5, 36 e 835 (6,8%) Quanto aos CC os mais prevalentes foram os CC5 (5%), CC7 e CC445 (6,8%) Ao analisar os fatores de virulência percebeu-se que 87,8% das amostras continham o operon icaA, 16,2% apresentaram o operon pvl e 14,9 o tsst Conclui-se que a maioria dos isolados apresentava, como fator de virulência, o operon icaA, eram portadores do gene mecA e pertenciam ao SCCmec tipo II, ST63 e CC5 Quanto ao perfil de sensibilidade aos antimicrobinos houve tendência de elevação no perfil de resistência para oxacilina, ciprofloxacina, clindamicina e eritromicina e tendência e queda para gentamicina, rifampicina e sulfametaxol-trimetoprima Quanto a vancomicina houve tendência de elevação na concentração inibitórima mínina Avaliando o sequênciamento do genoma foi encontrado mutação no gene mecA, bem como o gene femXAB
id UEL_d64eccb3ad450382f57d386d1bcc72aa
oai_identifier_str oai:repositorio.uel.br:123456789/16308
network_acronym_str UEL
network_name_str Repositório Institucional da UEL
repository_id_str
spelling Duarte, Felipe CrepaldiVespero, Eliana Carolina04f55f46-8fd8-45eb-a1f0-d3c86644abd6-1Tognim, Maria Cristina Bronharo96840c15-b756-4d71-8d79-69da09a92520-1Ogatta, Sueli Fumie Yamada [Coorientadora]ccee3b1d-c113-47f4-b368-f369e696d7a4-171cb7341-9f95-4624-8192-59209875deb9ac8212de-09ee-41a5-b462-13e90bb07f27Perugini, Marcia Regina Eches [Orientador]Londrina2024-05-01T15:05:21Z2024-05-01T15:05:21Z2018.0019.03.2018https://repositorio.uel.br/handle/123456789/16308Resumo: Staphylococcus aureus é um microrganismo versátil que causa grande diversidade de infecções, acomentendo tecidos superficiais ou ocasionando síndromes invasivas, como pneumonias e bacteremias Esse trabalho teve como objetivos analisar a resistência, virulência e as relações epidemiológicas e genéticas de Staphylococcus aures,oriundos de sangue e secreção traqueal, em um hospital terciário do sul do Brasil A identificação dos microganismo, bem como a determinação do perfil de resistência aos antimicrobianos, foi realizada por metodologia manual, de acordo com o CLSI, 218, e automatizada utilizando ossistemasVitek®2 (bioMeriéux-USA), Phoenix® (Becton, Dickinson) e Microscan® (Siemens- Califórnia) A concentração inibitória mímina de vancomicina foi deterinada por fitas de e-test®(bioMeriéux-USA) O DNA total dos isolados, extraido por protocolo enzimático, foi utilizado para pesquisa dos genes mecA, icaA, pvl e tsst, além da análise dos Complexos Clonais e Sequence Typing Foi realizado, para um isolado, sequenciamento genômico total utilizando a plataforma Miseq® (Illumina) Foram avaliados 72 isolados de S aureus provenientes de bacteremia entre os anos de 21-215 Observou-se que, para os antimicrobianos ciprofloxacina, eritromicina, oxacilina e clindamicina houve aumento no percentual de isolados resistentes, com tendência de elevaçãoEnquanto para gentamicina, rifampicina, tetraciclina e sulfametoxazol-trimetoprima houve queda nos percentuais O periodo de avaliação para vancomicina foi de cinco anos (211-215), mostrando elevação nas concentrações inibitórias mínimas Para os anos de 215-216, 15 isolados de S aureus oriundos de sangue e secreção traqueal foram avaliados Verificou-se que 81,9 % dos isolados foram positivos para o gene mecA Na amplificação dos tipos SCCmec o tipo II foi detectado como prevalente, sendo positivo em 61,67%, 23,33% pertenciam ao tipo IV, 13,33% foram do tipo I e apenas uma amostra, 1,67%, continha o tipo III Verificou-se ainda, a presença de 3 Sequence Type e 18 Complexos Clonais, sendo que os mais frequentes foram ST63 (12,16%), ST6 (8,1%) e ST5, 36 e 835 (6,8%) Quanto aos CC os mais prevalentes foram os CC5 (5%), CC7 e CC445 (6,8%) Ao analisar os fatores de virulência percebeu-se que 87,8% das amostras continham o operon icaA, 16,2% apresentaram o operon pvl e 14,9 o tsst Conclui-se que a maioria dos isolados apresentava, como fator de virulência, o operon icaA, eram portadores do gene mecA e pertenciam ao SCCmec tipo II, ST63 e CC5 Quanto ao perfil de sensibilidade aos antimicrobinos houve tendência de elevação no perfil de resistência para oxacilina, ciprofloxacina, clindamicina e eritromicina e tendência e queda para gentamicina, rifampicina e sulfametaxol-trimetoprima Quanto a vancomicina houve tendência de elevação na concentração inibitórima mínina Avaliando o sequênciamento do genoma foi encontrado mutação no gene mecA, bem como o gene femXABDissertação (Mestrado em Fisiopatologia Clínica e Laboratorial) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Fisiopatologia Clínica e LaboratorialAbstract: Staphylococcus aureus is a versatile microorganism that causes a wide range of infections, involving superficial tissues or causing invasive syndromes, such as pneumonia and bacteremia The objective of this study was to analyze the resistance, virulence and epidemiological and genetic relationships of Staphylococcus aureus isolated from blood and tracheal secretion in a tertiary hospital in southern Brazil The identification of the microorganisms, as well as the determination of the antimicrobial resistance profile, was performed by manual methodology, according to the CLSI, 218, and automated using Vitek®2 (bioMeriéux-USA), Phoenix® (Becton, Dickinson) and Microscan® ( Siemens-California) The minimum inhibitory concentration of vancomycin was determined by e-test® tapes (bioMeriéux-USA) The total DNA of the isolates, extracted by enzymatic protocol, was used to investigate the mecA, icaA, pvl and tsst genes, in addition to the Clonal Complex and Sequence Typing analysis We performed, for one isolate, total genomic sequencing using the Miseq® (Illumina) platform A total of 72 isolates of S aureus from bacteremia were evaluated between 21-215 It was observed that, for the antimicrobials ciprofloxacin, erythromycin, oxacillin and clindamycin, there was an increase in the percentage of resistant isolates with a tendency to increase While for gentamicin, rifampicin, tetracycline and sulfamethoxazole-trimethoprim, there was a decrease in percentages The vancomycin evaluation period was from five years (211-215), showing an increase in the minimum inhibitory concentrations For the years 215-216, 15 S aureusisolated from blood and tracheal secretion were evaluated It was found that 819% of the isolates were positive for the mecA gene In the amplification of SCCmec types, type II was detected as prevalent, 6167% followed by type IV, 2333% and type I, 1333% Only one isolate had type III, 167% The presence of 3 Sequence Type and 18 Clonal Complexes was also observed, with ST63 (1216%), ST6 (81%) and ST5, 36 and 835 (68%) being the most frequent The most prevalent CCs were CC5 (5%), CC7 and CC445 (68%) When analyzing the virulence factors, it was observed that 878% of the samples contained the icaA operon, 162% had pvl operons and 149 tsst It was concluded that most of the isolates presented, as a virulence factor, the icaA operon, were carriers of the mecA gene and belonged to SCCmec type II, ST63 and CC5 As for the antimicrobial susceptibility profile, there was a tendency to increase the resistance profile for oxacillin, ciprofloxacin, clindamycin and erythromycin and tendency and fall for gentamicin, rifampicin and sulfamethoxol-trimethoprim As for vancomycin, there was a tendency to increase the minimum inhibitory concentration Evaluating the genome sequencing was found mutation in the mecA gene as well as the femXAB genesporPneumoniaEstafilococos aureosAgentes antibacterianosDrogasResistência em microorganismosPneumonitisStaphylococcus aureusAntibacterial agentsVirulence (Microbiology)Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidadeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisMestradoFisiopatologia Clínica e LaboratorialCentro de Ciências da SaúdePrograma de Pós-graduação em Fisiopatologia Clínica e Laboratorial-1-1reponame:Repositório Institucional da UELinstname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)instacron:UELinfo:eu-repo/semantics/openAccess183382vtls000218261SIMvtls000218261http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls00021826164.00SIMhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls0002182615839.pdf123456789/8802 - Mestrado - Fisiopatologia Clínica e LaboratorialORIGINAL5839.pdfapplication/pdf976843https://repositorio.uel.br/bitstreams/3d208a6f-bd63-432d-917c-3e7d0ffe9390/download4cb3e03de5210264293f870b4eee643dMD51LICENCElicence.txttext/plain263https://repositorio.uel.br/bitstreams/cf6713c9-bf98-4c75-969d-8234949290df/download753f376dfdbc064b559839be95ac5523MD52TEXT5839.pdf.txt5839.pdf.txtExtracted texttext/plain197004https://repositorio.uel.br/bitstreams/3f2de14e-417b-4fe3-90d7-aca7a6d95459/downloadf2d82aec1761fbc1eea497a38291e2ffMD53THUMBNAIL5839.pdf.jpg5839.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3954https://repositorio.uel.br/bitstreams/602f0818-96ce-4079-8a82-2d4465ed4715/downloadd24620e06f2d45f67f0b5730674af0f3MD54123456789/163082024-07-12 01:19:30.177open.accessoai:repositorio.uel.br:123456789/16308https://repositorio.uel.brBiblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bibliotecadigital.uel.br/PUBhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/OAI/oai2.phpbcuel@uel.br||opendoar:2024-07-12T04:19:30Repositório Institucional da UEL - Universidade Estadual de Londrina (UEL)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade
title Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade
spellingShingle Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade
Duarte, Felipe Crepaldi
Pneumonia
Estafilococos aureos
Agentes antibacterianos
Drogas
Resistência em microorganismos
Pneumonitis
Staphylococcus aureus
Antibacterial agents
Virulence (Microbiology)
title_short Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade
title_full Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade
title_fullStr Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade
title_full_unstemmed Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade
title_sort Staphylococcus aureus isolados de pneumonia e bacteremia em um hospital terciário do sul do Brasil : resistência aos antimicrobianos, fatores de virulência e clonalidade
author Duarte, Felipe Crepaldi
author_facet Duarte, Felipe Crepaldi
author_role author
dc.contributor.banca.pt_BR.fl_str_mv Vespero, Eliana Carolina
Tognim, Maria Cristina Bronharo
dc.contributor.coadvisor.pt_BR.fl_str_mv Ogatta, Sueli Fumie Yamada [Coorientadora]
dc.contributor.author.fl_str_mv Duarte, Felipe Crepaldi
dc.contributor.authorID.fl_str_mv 71cb7341-9f95-4624-8192-59209875deb9
dc.contributor.advisor1ID.fl_str_mv ac8212de-09ee-41a5-b462-13e90bb07f27
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Perugini, Marcia Regina Eches [Orientador]
contributor_str_mv Perugini, Marcia Regina Eches [Orientador]
dc.subject.por.fl_str_mv Pneumonia
Estafilococos aureos
Agentes antibacterianos
Drogas
Resistência em microorganismos
Pneumonitis
Staphylococcus aureus
Antibacterial agents
Virulence (Microbiology)
topic Pneumonia
Estafilococos aureos
Agentes antibacterianos
Drogas
Resistência em microorganismos
Pneumonitis
Staphylococcus aureus
Antibacterial agents
Virulence (Microbiology)
description Resumo: Staphylococcus aureus é um microrganismo versátil que causa grande diversidade de infecções, acomentendo tecidos superficiais ou ocasionando síndromes invasivas, como pneumonias e bacteremias Esse trabalho teve como objetivos analisar a resistência, virulência e as relações epidemiológicas e genéticas de Staphylococcus aures,oriundos de sangue e secreção traqueal, em um hospital terciário do sul do Brasil A identificação dos microganismo, bem como a determinação do perfil de resistência aos antimicrobianos, foi realizada por metodologia manual, de acordo com o CLSI, 218, e automatizada utilizando ossistemasVitek®2 (bioMeriéux-USA), Phoenix® (Becton, Dickinson) e Microscan® (Siemens- Califórnia) A concentração inibitória mímina de vancomicina foi deterinada por fitas de e-test®(bioMeriéux-USA) O DNA total dos isolados, extraido por protocolo enzimático, foi utilizado para pesquisa dos genes mecA, icaA, pvl e tsst, além da análise dos Complexos Clonais e Sequence Typing Foi realizado, para um isolado, sequenciamento genômico total utilizando a plataforma Miseq® (Illumina) Foram avaliados 72 isolados de S aureus provenientes de bacteremia entre os anos de 21-215 Observou-se que, para os antimicrobianos ciprofloxacina, eritromicina, oxacilina e clindamicina houve aumento no percentual de isolados resistentes, com tendência de elevaçãoEnquanto para gentamicina, rifampicina, tetraciclina e sulfametoxazol-trimetoprima houve queda nos percentuais O periodo de avaliação para vancomicina foi de cinco anos (211-215), mostrando elevação nas concentrações inibitórias mínimas Para os anos de 215-216, 15 isolados de S aureus oriundos de sangue e secreção traqueal foram avaliados Verificou-se que 81,9 % dos isolados foram positivos para o gene mecA Na amplificação dos tipos SCCmec o tipo II foi detectado como prevalente, sendo positivo em 61,67%, 23,33% pertenciam ao tipo IV, 13,33% foram do tipo I e apenas uma amostra, 1,67%, continha o tipo III Verificou-se ainda, a presença de 3 Sequence Type e 18 Complexos Clonais, sendo que os mais frequentes foram ST63 (12,16%), ST6 (8,1%) e ST5, 36 e 835 (6,8%) Quanto aos CC os mais prevalentes foram os CC5 (5%), CC7 e CC445 (6,8%) Ao analisar os fatores de virulência percebeu-se que 87,8% das amostras continham o operon icaA, 16,2% apresentaram o operon pvl e 14,9 o tsst Conclui-se que a maioria dos isolados apresentava, como fator de virulência, o operon icaA, eram portadores do gene mecA e pertenciam ao SCCmec tipo II, ST63 e CC5 Quanto ao perfil de sensibilidade aos antimicrobinos houve tendência de elevação no perfil de resistência para oxacilina, ciprofloxacina, clindamicina e eritromicina e tendência e queda para gentamicina, rifampicina e sulfametaxol-trimetoprima Quanto a vancomicina houve tendência de elevação na concentração inibitórima mínina Avaliando o sequênciamento do genoma foi encontrado mutação no gene mecA, bem como o gene femXAB
publishDate 2024
dc.date.defesa.pt_BR.fl_str_mv 19.03.2018
dc.date.created.fl_str_mv 2018.00
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2024-05-01T15:05:21Z
dc.date.available.fl_str_mv 2024-05-01T15:05:21Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.uel.br/handle/123456789/16308
url https://repositorio.uel.br/handle/123456789/16308
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.confidence.fl_str_mv -1
-1
dc.relation.coursedegree.pt_BR.fl_str_mv Mestrado
dc.relation.coursename.pt_BR.fl_str_mv Fisiopatologia Clínica e Laboratorial
dc.relation.departament.pt_BR.fl_str_mv Centro de Ciências da Saúde
dc.relation.ppgname.pt_BR.fl_str_mv Programa de Pós-graduação em Fisiopatologia Clínica e Laboratorial
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.coverage.spatial.pt_BR.fl_str_mv Londrina
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UEL
instname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)
instacron:UEL
instname_str Universidade Estadual de Londrina (UEL)
instacron_str UEL
institution UEL
reponame_str Repositório Institucional da UEL
collection Repositório Institucional da UEL
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.uel.br/bitstreams/3d208a6f-bd63-432d-917c-3e7d0ffe9390/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/cf6713c9-bf98-4c75-969d-8234949290df/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/3f2de14e-417b-4fe3-90d7-aca7a6d95459/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/602f0818-96ce-4079-8a82-2d4465ed4715/download
bitstream.checksum.fl_str_mv 4cb3e03de5210264293f870b4eee643d
753f376dfdbc064b559839be95ac5523
f2d82aec1761fbc1eea497a38291e2ff
d24620e06f2d45f67f0b5730674af0f3
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UEL - Universidade Estadual de Londrina (UEL)
repository.mail.fl_str_mv bcuel@uel.br||
_version_ 1856675726757986304