VNBLAST : sistema de gerenciamento do NETBLAST

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Santos, Marcio Rodrigo
Orientador(a): Attrot, Wesley [Orientador]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Software
Desenvolvimento
Ferramentas de busca na Web
Bioinformática
Serviços da Web
Web search engines
Bioinformatics
Web services
Software configuration management
Development
Link de acesso: https://repositorio.uel.br/handle/123456789/13003
Resumo: Resumo: O GenBank é um banco de dados público de sequências de nucleotídeos, atualmente gerido pelo NCBI - National Center for Biotechnology Information, que fornece mecanismos para o acesso e processamento de informações armazenadas Uma forma de acesso às informações do GenBank é através da suíte BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) para busca de similaridade local entre sequências genéticas As informações do GenBank podem ser acessadas pelo website do NCBI ou localmente O website NCBI BLAST é uma maneira fácil de encontrar sequências, mas impõe algumas limitações na parametrização da consulta, e pesquisas em lote de larga escala não estão disponíveis Objetivando preencher esta lacuna, este trabalho irá apresentar a ferramenta VNBlast O VNBlast é uma aplicação web amigável que tem como base o NetBlast do NCBI, que oferece um número substancial de parâmetros para a busca e alinhamento de sequências que são efetuadas diretamente no GenBank através de webservices, evitando a necessidade de download dos conjuntos de dados e apresentando como resultado informações constantemente atualizadas O VNBlast foi capaz de executar alinhamentos de forma mais simplificada e intuitiva que o Netblast, apresentou maiores possibilidades de resultados que o site BLAST da NCBI, ofereceu mais parâmetros para busca direta que as ferramentas citadas e possibilitou a execução de buscas em lote
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