Integração de análises in silico e transcriptoma espacial para o estudo de vias biológicas e estruturas cell-in-cell no carcinoma oral de células escamosas

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Rocha, Leonardo de Oliveira Siquara da
• Orientador(a): Rocha, Clarissa Araújo Gurgel
• Banca de defesa: Leitão, Águida Cristina Gomes Henriques, Araújo, Iguaracyra Barreto de Oliveira, Santos, Jean Nunes dos, Santos, Washington Luis Conrado dos, Rocha, Clarissa Araújo Gurgel
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal da Bahia
• Programa de Pós-Graduação: Pós-Graduação em Patologia Humana e Patologia Experimental (PGPAT)
• Departamento: Faculdade de Medicina da Bahia
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Carcinomas de células escamosas orais; Formação de célula em célula; Transcriptoma
• Área do conhecimento CNPq: Ciências Biológicas
• Link de acesso: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/42692

INTRODUÇÃO: O carcinoma oral de células escamosas (COE) é um tumor agressivo cuja progressão é influenciada pelas interações no microambiente tumoral. Fibroblastos associados ao câncer (CAFs) e estruturas cell-in-cell (CIC) têm emergido como elementos críticos na modulação da plasticidade tumoral, remodelação tecidual e evasão imune. Contudo, a influência espacial dos CAFs sobre a expressão gênica tumoral, particularmente relacionada à formação de CICs, ainda é pouco compreendida. OBJETIVO: Investigar os transcritos tumorais associados a processos biológicos de remodelação tecidual, adesão celular e plasticidade tumoral (incluindo a formação de estruturas CIC), bem como a influência dos CAFs e do microambiente tumoral no transcriptoma espacial de esferoides e tecido de COE, respectivamente. MÉTODO: Foi realizada uma análise in silico utilizando dados do TCGA para identificar transcritos tumorais com maior variabilidade de expressão e estabelecer redes de correlação gênica e enriquecimento funcional. Análises adicionais de expressão gênica foram realizadas em linhagens tumorais. Modelos tridimensionais de esferoides de COE foram gerados por bioprinting magnético (NanoShuttle-PL™, Greiner Bio-One) utilizando células tumorais (SCC-4 e H357) e fibroblastos normais e ativados (NHOF e NHOF-MYO). Após fixação, processamento e construção de TMA, foi realizada análise de transcriptoma espacial com a plataforma Xenium™ (10x Genomics). Um caso clínico de COE também foi analisado por transcriptoma espacial Visium™ (10x Genomics) e histologia para avaliação translacional dos achados. RESULTADOS: A análise in silico identificou os transcritos tumorais mais variáveis associados a remodelamento da matriz extracelular, plasticidade tumoral e adesão celular, além de redes funcionais associadas. A análise espacial revelou padrões de expressão gênica associados à presença de fibroblastos ativados nos esferoides tumorais e no caso clínico, envolvendo genes ligados a fenótipos mais agressivos e formação de estruturas CIC. CONCLUSÕES: O estudo sugere que fibroblastos associados ao câncer podem influenciar a expressão gênica de tumores de COE de forma espacialmente organizada, favorecendo perfis associados a remodelamento tecidual, plasticidade e formação de estruturas CIC. A abordagem integrativa envolvendo análises in silico, modelos tridimensionais e casos clínicos reforça o caráter translacional da pesquisa e contribui para uma compreensão mais abrangente das interações tumor-estroma no COE.