Análise consensual de redes complexas integradas de transcriptoma e metiloma para o estudo do dimorfismo sexual no Transtorno do Espectro da Esquizofrenia

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: Feltrin, Arthur Sant'Anna
Orientador(a): Martins Junior, David Corrêa
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal do ABC
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Neurociência e Cognição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Link de acesso: http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=122240&midiaext=79489
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Resumo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nivel Superior
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spelling info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisAnálise consensual de redes complexas integradas de transcriptoma e metiloma para o estudo do dimorfismo sexual no Transtorno do Espectro da Esquizofrenia2020-12-16Martins Junior, David CorrêaFeltrin, Arthur Sant'AnnaUniversidade Federal do ABCPrograma de Pós-Graduação em Neurociência e CogniçãoUFABCporTRANSTORNO DO ESPECTRO DA ESQUIZOFRENIAINTEGRAÇÃO DE DADOS BIOLÓGICOSINTERAANSCHIZOPHRENIA SPECTRUM DISORDESINTEGRATION OF BIOLOGICAL DATAPROTEIN-PROTEIN INTERCATIONCOMPLEX NETWORK ANALYSISPROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM NEUROCIÊNCIA E COGNIÇÃO - UFABCCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nivel SuperiorO Transtorno do Espectro da Esquizofrenia (SCZ) é caracterizado por ser um transtorno complexo e multifatorial. Variantes genéticas raras - ou seja, variantes com uma frequência do menor alelo < 1% na população e variantes comuns tem contribuição para o SCZ. Por outro lado, a herdabilidade do SCZ varia de 50-80%, indicando que fatores epigenéticos exercem um papel fundamental. O SCZ apresenta um claro dimorfismo sexual: ela costuma ser diagnosticada em homens durante a adolescência - e em mulheres de forma tardia, a partir dos 25 anos. Desta forma, a integração de dados que abordam tanto contribuições genéticas (expressão gênica) e/ou ambientais (metilação de DNA), podem refletir de uma forma mais abrangente as alterações das vias biológicas importantes no contexto da doença. Em sua maioria, os algoritmos que propõem a integração desses tipos de dados utiliza genes diferencialmente expressos (DEG) e genes diferencialmente metilados (DMG). Entretanto, essas propostas atuais resultam em um pequeno conjunto de genes, que pode não refletir os genes e vias biológicas alterados no SCZ. O NERI é um algoritmo capaz de integrar dados de PPI, genes sementes e expressão gênica. Ele utiliza a análise de caminhos mínimos entre todos os pares de semente da rede, selecionando os melhores caminhos através da concordância dos valores de co-expressão e comparando esses valores entre duas condições (sub-redes) diferentes. Adaptamos o algoritmo NERI para utilizar além da expressão gênica, a metilação de DNA (provenientes do córtex pré-frontal dorsolateral de homens e mulheres), por meio de uma nova abordagem integrativa, não dependentes da utilização de DEG ou DMG. Utilizamos 3 conjuntos de genes sementes que apresentam risco para SCZ, expressos no cérebro fetal em 3 períodos da gestação distintos. Selecionamos os genes que apresentavam a maior concordância entre as sub-redes de co-expressão e co-metilação. Demonstramos que os genes com maior concordância: I) apresentam concordância somente quando analisados no contexto de redes de co-expressão e co-metilação - existe baixa correlação entre os sinais de expressão gênica e metilação de DNA; II) homens e mulheres com SCZ apresentam genes concordantes únicos - porém, apontam para vias metabólicas semelhantes, sugerindo que estes genes fazem parte do mesmo módulo na rede do interatoma humano; III) apresentaram altíssima importância estrutural dentro da rede do interatoma humano; IV) genes DEG e DMG no SCZ estariam localizados na periferia da rede do interatoma e apresentaram pouco enriquecimento para vias biológicas. Demonstramos que além de ser possível integrar dados biológicos de diferentes tipos, essa nova abordagem é capaz de encontrar padrões únicos de co-expressão e co-metilação, apontando para genes centrais de elevada importância no interatoma humano - que previamente não foram associados ao SCZ.http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=122240&midiaext=79489http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=122240&midiaext=79489/index.php?codigo_sophia=122240&midiaext=79490application/pdfapplication/pdfreponame:Repositório Institucional da UFABCinstname:Universidade Federal do ABC (UFABC)instacron:UFABCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2026-01-15T21:55:26Zoai:BDTD:122240Repositório InstitucionalPUBhttp://www.biblioteca.ufabc.edu.br/oai/oai.phpopendoar:2024-06-24T14:33:09Repositório Institucional da UFABC - Universidade Federal do ABC (UFABC)false
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